结合国家对上海的要求和期望，结合上海的比较优势，上海继续在自贸试验区制度创新和开放领域保持领先，必须探索新结构。
首先，上海自贸试验区必须继续探索原创性的、系统性的制度创新，而不是边际性的制度改良。虽然目前其他三个自贸试验区都在定期发布创新性举措，但大多还是在复制和推广上海自贸试验区经验基础上的小范围的改良。
原创性的、系统性的制度创新很难：一是涉及现有权力和利益的调整，因此往往阻力很大；二是涉及现有框架和格局的调整，涉及中央与地方之间、不同部门之间的协调和配合，复杂性高；三是其收益大多是长期的、隐性的、公共产品性质的，难以在短期形成独享的、显性的、地方性的收益，因此地方政府往往缺乏动力；四是由于缺乏先例，且有失败的可能，因此需要有试错的勇气。
但从自贸试验区为全国全面深化改革和进一步扩大开放探索新路径、积累新经验的历史使命来看，原创性的制度创新是自贸区各项探索和试验的核心，是党和国家赋予自贸区的最重要的历史任务。从调研情况来看，其他三个自贸试验区目前还没有能力，也没有意愿提供正外部性强的制度性公共产品，比如规则、标准、示范等。上海自贸试验区也最有条件继续“想国家所想、急国家所急”，探索原创性的、系统性的制度创新。因此，上海自贸区试验过去、现在和未来都要矢志不渝地以原创性和系统性制度创新作为最主要的试验内容。
其次，上海自贸试验区的制度创新和开放要结合上海承担的国家任务，结合上海的比较优势，有所为且有所不为，在重点领域集中力量，加大力度，保证制度创新和开放试验实现“提到的就能做到”“做到的就能做好”。根据前文提到的上海承担的国家重任和比较优势，上海自贸试验区下一步改革开放的重点领域包括政府职能转变、金融创新和开放、“双自”联动、对接“一带一路”和长江经济带战略，以及进一步扩大产业开放等五个方面。
再次，上海自贸试验区探索开放和制度创新的途径应该是多元的。上海自贸试验区要在《总体方案》和《深化方案》两份文件框架内，积极通过或联合其他自贸试验区通过国务院自由贸易试验区工作部际联席会议，积极争取或联合其他自贸试验区争取国家部委的支持，在产业开放、投资和贸易便利化、金融开放与创新等领域寻求新的突破。上海自贸试验区要在没有法律法规明确的领域、在上海市层面积极探索，在制度创新和开放领域有所创新。制度创新除了突破和扩权以外，现有的改革开放政策和举措的协调和整合也是创新。事实上，我们在上海自贸试验区调研中发现，政策的碎片化、“大门开、小门不开”、不同部门间的“蜂窝煤”状态、办事程序中的“肠梗阻”等，都是阻碍自贸试验区政策落地、阻碍营商环境改善的重要因素。当然，对接“一带一路”和长江经济带等国家重大战略、与上海“四个中心”和科创中心建设联动也是上海自贸试验区以需求为导向、提供原创性制度创新的有效途径。
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