在上海自贸试验区以“一线放开、二线管住”为特征的贸易便利化改革框架下，海关在知识产权保护体系中的重要性不言而喻。根据《总体方案》，促进贸易便利化与“一线放开、二线安全高效管”构成海关机制创新的基本原则。上海海关部门也在主动研究自贸区内知识产权海关保护工作的新机制，尤其是在“一线放开，二线管住”的海关监管模式下，为自贸区知识产权保护积极探索新制度，在知识产权海关保护上做出了许多创新与突破。
1．加强海关知识产权保护措施的适用
根据《条例》，海关部门在自贸区负责货物进出境所涉及的边境知识产权保护工作，承担了自贸区知识产权保护的首要任务。我国在20世纪90年代开始建立海关知识产权保护制度，《中华人民共和国海关法》、《知识产权海关保护条例》和《中华人民共和国海关关于〈中华人民共和国知识产权海关保护条例〉的实施办法》等法律法规共同构成了海关知识产权保护的法律制度基础。上海自贸试验区作为我国海关特殊区域之一，主要有保税区、保税物流园区、保税港区等。但目前针对特殊保护区域的海关知识产权监管，还没有专门的法律制度，在上述海关特殊区域里仍实施现行的海关知识产权保护制度。
从实际情况来看，上海自贸试验区内涵盖的四个海关特殊监管区域，特别是洋山海关，每年都查获大量的侵犯知识产权案件。海关一直积极加强自贸区的知识产权保护，打造更加公平有序的口岸贸易环境。[5]2013年，上海海关共查获侵犯知识产权案件607起，同比上升74．4%。[6]上海自贸试验区成立以后，海关通过加大对上海自贸试验区内企业知识产权保护力度，助推企业提升创新能力和核心竞争力，支持推动国内外知识产权资源集聚，有效打击侵权违法行为。
2014年5月12日海关总署印发《中国（上海）自由贸易试验区海关监管服务模式改革方案》通知。在其中主要措施和任务第五项“安全化”中规定了“依法实施海关知识产权保护”。
2．推进贸易便利化的海关监管服务创新与加强知识产权保护
推进贸易便利化是海关监管服务创新的主要目标与内容。《条例》以“一线放开，二线安全高效管住，区内自由流转”原则，规定（1）对上海自贸试验区和境外之间进出货物，允许自贸区内企业凭进口舱单信息将货物先行提运入区，分步办理进境申报手续。口岸出口货物实行先报关、后进港。（2）对自贸区和境内区外之间进出货物，实行进出境备案清单比对、企业账册管理、电子信息联网等监管制度。根据《管理办法》，上海自贸试验区还将积极发展国际中转、集拼和分拨业务，推行“一次申报、一次查验、一次放行”模式；简化自贸区内货物流转手续，按照“集中申报、自行运输”的方式，推进自由贸易区内企业间货物流转。
贸易便利化海关监管服务创新的同时也为海关知识产权保护工作带来了新挑战，为此海关进一步改进工作，加强知识产权保护。
一是加强人员配置，适应海关监管服务创新制度给知识产权保护工作带来的新变化。海关实施了“先进区、后报关”的制度、简化备案清单的制度，拓展了海关监管货物的时空概念，但也相应延展了知识产权海关保护的过程。针对这一情况，自贸区海关加大了知识产权监管的人员配置，以应对通关程序简化后的知识产权监管挑战。
二是海关针对跨境电子商务，建立知识产权授权许可制度。跨境电子商务是自贸区新型业态，特点在于，境外来源复杂，进货渠道多，包括国外品牌工厂、国外折扣店等，商品进境时品牌众多，种类丰富；多为个人消费。跨境电子商务也对知识产权保护提出新要求。针对这一情况，海关引入了知识产权授权许可白名单建设，并引导跨境电子商务企业通过对商户信息和商品信息进行备案，便利合法授权商品快速通关以及争议商品确权。
3．推进知识产权进出境保护和境内保护的协同管理
根据《条例》第五十一条规定：“实行知识产权进出境保护和境内保护的协同管理和执法配合。”边境保护和境内保护的协同，是自贸区知识产权保护工作的趋势。上海自贸试验区海关与公安机关建立重大案件联合办理机制，在打击知识产权犯罪行为方面取得了显著成效。在自贸区内，海关也在加强与其他知识产权执法机构的执法协作，在信息共享、案件通报等方面加强合作，合力构筑知识产权严密监管网络。
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