1．促进贸易便利化与加强知识产权保护应当取得平衡
促进贸易便利化与加强知识产权保护也是我国自由贸易试验区的重要创新目标。上海自贸试验区设立之初，海关就积极推行贸易便利化措施，如货物可以先入区，再申报，建立统一备案清单等。知识产权管理与保护创新工作也受到高度重视，知识产权行政管理与执法制度不断探索创新经验，建立知识产权纠纷多元化解决机制，加强知识产权进出境保护和境内保护的协同管理和执法配合等，为自贸试验区贸易投资便利化创造了良好的知识产权环境。[10]但是也要看到，自贸试验区贸易便利化与加强知识产权保护尚未形成深度融合。尤其是海关部门，对于贸易便利化中的知识产权风险还需要进一步探索有效的监管举措。未来自贸试验区海关应当平衡处理贸易便利化和知识产权保护之间的关系，通过建立良好的知识产权保护环境，促进自由贸易的可持续发展，既不能让自由贸易区成为侵权的避风港，也不能让知识产权的监管来妨碍自由贸易的实现。[11]
2．贸易便利化目标下的海关知识产权保护挑战
（1）海关知识产权监管体制有待完善。
从海关内部来看，目前还存在着知识产权监管资源配置不平衡的问题。自贸试验区海关便利化措施创新显然有利于贸易便利化，但也增加了海关对货物知识产权保护有效监管的工作压力。备案清单的简化，进出境手续进一步便捷，造成进出境货物量剧增。但是海关知识产权监管人员配置没有相应增加，面临较大的监管资源缺口。[12]
从海关外部来看，“一线放开，二线管住”模式下的自贸试验区二元监管机制尚未成熟完善。“一线放开，二线管住”是自贸试验区的基本特征，二线区域内的市场监管部门要同海关密切配合，共同分担与化解知识产权风险。但是目前自贸试验区还缺乏二元监管体制下相互支持配合的具体措施。以上海自贸试验区为例，管委会总体负责区内知识产权行政管理工作，但同海关之间的联动机制也仅限于工作协调，而缺乏在职能分工配合的明确规定。[13]根据相关法律规定，海关对被扣留的侵权嫌疑货物进行调查，请求知识产权主管部门提供协助的，有关知识产权主管部门应当予以协助，但是上海自贸试验区还没有形成知识产权局协助海关的具体措施。海关和其他行政部门在知识产权执法上亦存在这一问题。这一状况导致上海自贸试验区知识产权管理与保护，仍处于事实上的二元分割状态，海关的知识产权监管压力并没有得到有效分散与缓解。
（2）海关查处知识产权侵权面临新问题。
一是备案清单模式下知识产权监管时空上被压缩。海关监管便利化创新也相应大幅度压缩了知识产权海关保护监管的时空。备案清单模式下贸易便利化与高效监管之间的矛盾凸显，更为及时高效的查处侵权货物，风险甄别手段与监管问题成为海关知识产权保护的现实难题，而海关知识产权保护监管人员的缺口又加剧了这一矛盾。
二是重新包装货物的侵权信息获取困难。自贸试验区内一些知识产权侵权活动表现为对货物进行重新包装、贴牌等行为。产品的原产地被改变，混淆了海关视听，修改了其侵权风险分析参数，加大了海关查获侵权产品的难度。但是由于海关本身具有的特殊性，各国之间合作平台缺乏，抑制了侵权货物信息在各国海关之间的交流，致使货物的知识产权信息难以在较短时间内被跟踪核实（许春明等，2015）。
三是新型贸易业态中的知识产权监管问题。随着自贸试验区投资与服务开放的不断扩大，加上技术的发展，将产生越来越多形式的贸易业态，对于所产生的跨境电子商务、互联网文化产业等新型业态中的知识产权问题，如行邮方式的海外代购、网络版权侵权等，如何进行有效的知识产权监管，也给海关带来更多更新的挑战。
四是知识产权监管措施灵活适用问题。海关法等一系列的法律对上海自贸试验区中的过境货物知识产权侵权查处没有做出特别规定，因而试验区海关查处此类侵权货物存在着法律依据的适用问题，目前存在较多的争议。海关在试验区以及在原来的保税区从来没有对过境货物采取知识产权的边境措施，目的在于促进贸易便利化。但是一些知识产权国际保护新规则开始要求成员对过境货物的知识产权侵权行为进行查处，很多国家也采取了此类做法。自贸试验区要与国际贸易规则相接轨，逐渐提高知识产权保护水准，未来在过境货物的知识产权查处上采取何种政策，如何适用法律，需要权衡利弊，慎重选择。
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