辛亥革命推翻了清朝的封建统治。宣统皇帝于1912年2月被迫退位，袁世凯取得了民国临时大总统之职，并在北京就职。南京的民国临时政府迁往北京，由此进入北洋政府统治时期。
民国成立后，取缔前清教育制度。蔡元培出任教育总长，决心建立现代教育体制。他组织人员将英、美、德、法、俄、日等国学制尽行译出，计划舍短取长，创造适合中国的新学制。但后来发现各国条文与中国当时的情况多不相合。经多方讨论，最后决定主要效法日本学制。[1]
1912年9月3日，教育部颁布《学校系统令》，确定了包括大、中、小各级学校以及专科学校等的整个学校系统制度。[2]10月22日，又颁布《专门学校令》，规定了法、医、药、农、工、商、美术、音乐、外语等各专门学校的制度。[3]11月14日，颁布《公立私立专门学校规程》，规定各公立、私立学校均应呈报教育总长认可，并规定了办校应具备的基本条件。11月22日，颁布了《医学专门学校规程令》（部令第25号）和《药学专门学校规程令》（部令第26号）。1913年1月，颁布《大学规程》，规定了“大学医科之科目”，其中包括医学门与药学门。但以上所有条文中，并无一字提及中医中药。国内中医中药界对此十分警觉。成立于1912年的神州医药总会，是当时国内规模较大的中医药社团，会长余伯陶对学校规程漏列中医中药一事感到十分诧异，于是通函各省，与各地医药团体联系，组织“医药救亡请愿团”，此举获得19个省市的学术团体响应。1913年10月，神州医药总会通过组织医药救亡请愿团案，联合各地代表赴京请愿。请愿团于1913年11月23日启程，提交了著名的《神州医药总会请愿书》，其中要求：
合词请求贵院呈请大部，统筹全局，准予提倡中医中药。除前次西法学校业已颁布通行外，请再厘定中学医药科目，另颁中学医药专门学校规程。一方以西法补助中学，一方以中学补助西法，相辅而行，互为砥砺，可以富国，可以强种，实于国计民生，大有裨益。如蒙赞同俯允，则会员等当益加奋勉，共负责任。其进行之筹办，厥有数端：
一则设立中国医药书编辑社。汇集名流，互相讨论，源本圣训，采辑百家，去其繁冗，删其偏驳，编成各科讲义及历代医案、历代医药书提要、历史沿革、医药字典等书。呈请教育部、大部审定，颁行天下，共同遵守，以求医药之统一。
一则开设医院以资实验。中西并重，比较成绩，得失相衡。使优者获交换之益，劣者兴奋勉之思，以求医学之进化。
一则分设补习学校。培植人材以为升入专门之预备。
一则规定诊察手续及方案程式。以免医家之粗率，而坚病家之信从。
一则删补丸散膏丹暨各项药品。画一仿帖，详论性味治验及用法并炮制收藏各法，以杜药肆之冒滥，而得方剂之真相。
一则设立医药藏书楼、药品陈列所。以供各界同胞之参考。
一则设药品化验所。用西人化分化合之法，辨其性质，提撷其精华，以供医家之配合。
一则编辑医学报。参考中西异同得失，并译述各种生理、解剖、卫生、理化诸书，沟通中西，使旧者知墨守之非，新者获砥砺之益，以为增进智识之导线。凡此数者，造端宏大，固非一蹴所能已。然既合众志以成城，万不致半途而中辍。所望贵院、大部通过，各界赞助，则会员等振发精神，共效攘流之助，似于强国保种，不无裨益。至庸医伪药之误人，应如何取缔之处，乃内部行政范围，自有医师法及卫生警察法之规定。大部为全国教育总司，必能下顺舆情，俯加采择，当无畸轻畸重之虞。所有请求、恳请建议提倡中医中药，准予另设专门学校各缘由，除向教育部呈请、议会请求外，理合抄具简章，呈请俯充批示祗遵。不胜迫切待命之至。谨呈。[4]
请愿团到北京后，经人介绍前往教育部向时任教育总长汪大燮递呈请愿书，但汪大燮拒绝接受。请愿团于是另行向北洋政府国务院递呈请愿书。在社会高度关注的当口，汪大燮在12月29日对京师医学会代表谈及此事时竟表态称：“余决意今后废去中医，不用中药。所谓立案一节，难以照准。”[5]但由于舆论界一致声援请愿，广受抨击的教育部不得不于1914年1月8日函复请愿团，辩称：
中国医药上自神农黄帝，下至民国，名医辈出，力起沉疴，活人无数。若能沟通中西医学，以科学方法研究整理，则我国医界必有可观。惟现在世界大同，科学日精，凡讲授专门科学，须以最新学说为衡……此项规定系由临时教育会议共同决议，并由本部延聘医学专家详细讨论，始行颁布。本部对于医学只期学术完备，求合于世界进化之大势，然后检疫卫生诸政冀可推行无碍，并非于中医西医有所歧视也，所请另颁中学医药专门学校之处应勿庸议。[6]
该部复函自称“并非于中医西医有所歧视”，但对另颁中医学校规程的请求根本不予考虑，称原规程经过医学专家讨论，并由临时教育会议议决，如改动应由内务部批示。而1月16日北洋政府国务院也下发批文，态度则较为缓和，批文称：
查中国医学肇自上古，传人代起，统系昭然，在学术上固已蔚为专科，即民生亦资其利赖。前此部定医学课程专取西法，良以歧行不至，疑事无功，先其所争，致难兼采，初非有废弃中医之意也。来呈陈述理由五端，尚属持之有故，拟办各事亦均具有条理。除厘定中医学校课程一节暂从缓议外，其余各节应准分别筹办，仍仰随时呈明地方行政长官立案，俾资查考而便维持。[7]
国务院批文虽肯定请愿书列举的中医中药价值，但仍表示“厘定中医学校科程一节暂从缓议”，相当于认可了教育部不颁中医课程亦即不将其纳入教育系统的做法，只是同意中医学校可以在地方立案。中医兴办学校实际仍未获得教育行政部门认可，但总算开了一扇小门。1915年，上海丁泽周等人发起筹办的上海中医专门学校，成为第一个得到内务部允准备案的中医学校，1917年正式开学。1918年包识生等也在上海创办神州医药专门学校，此后又有多个地方的中医学校陆续开办。
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