在清朝初叶，中医似乎还在继续辉煌，但不难看出这些辉煌都是在明朝基础上的延续，甚至是将先进的理念重归旧路。所以在满人真正坐稳江山后，一切全都改变了，闭关锁国，所有新鲜的事物都遭到抑制，中国进入了大倒退的时代。
在清朝，科技的交流停止了，自己不能搞，向外国学习也不行，当欧洲列强突飞猛进向着现代化迈进的时候，中国却在睡大觉。例如在医学方面，有人考证过，法国传教士曾经用满、汉两种文字翻译过《解剖学》进献给康熙，满文本藏于北京文渊阁、畅春园和承德避暑山庄，汉文本则秘藏不许刊行，只允许近臣阅读并严禁外借。爱好科学的康熙大帝只是在作秀，《解剖学》不过是供他一人解闷的罢了。而且有证据表明，不许这本书刊行的命令就是爱好科学的康熙大帝本人（《明季西洋传入之医学》），据说其中一个重要原因就是康熙认为，脑主思维意识活动是明显的错误。从后世王清任的《医林改错》中看，他完全没有接触到西方解剖学，而是在中医传统解剖学的基础上进行研究的。民主和科技这两位“老先生”就此在中华大地销声匿迹，辛亥革命后当他们再次回归中国大地的时候，我们已经对他们“儿童相见不相识”了，陈独秀甚至给这两位“先生”起了外国名字“德先生和赛先生”。
在这样的环境下，我们中国的传统文化变了味道，逐渐偏离了自己的航道。这些也影响到自然科学的研究方面，欧洲的医生要求必须有理论才能指导临床；而中医则更注重实践，经常是先去实践，再去总结理论。在解剖研究被抑制甚至被禁止的封建社会，西医1000多年间无所作为，而中医则蓬勃发展，担负起人类医疗保健的重任。但在欧洲文艺复兴后，科学研究得到飞速发展，不断有新的理论被提出和被否定，在这些理论的指导下，西医进行了临床实验，在得出结论后，再进一步进行理论研究，于是进入良性循环。而中国封建社会结束得太晚，没能够充分地将实践经验进行理论的总结，所以科技也从领先到落后，医学也是如此，一个又一个的新理论被西医发现，不仅如此，他们还将其他领域的科技成果运用到医学上，现代物理学、现代化学、现代生物学、现代统计学……现代医学确实是日新月异，飞速发展；而反观中医则似乎是死气沉沉，毫无进展，还是那些旧的理论、旧的治疗方法，一点进步都没有。中医之所以能够存在数千年就是在于不断地推陈出新，而推陈出新的源泉则在于不断地和当时的科技相结合；与其他的医学相交流，在清朝，中医的这两项传统受到了抑制，所以中医也从此走向了没落之路。
由于中国传统文化具有实用性和对自然崇拜的特性，所以必然具有实事求是、虚心学习、知错必改、海纳百川的态度。但在清朝这些都不见了，取而代之的是谎话连篇，知错不改，或狂妄自大，或妄自菲薄。这些思想仍然在很大程度上影响着现代的中医，现代有人无视中医的疗效和对人类的贡献，认为中医就是骗人的垃圾，什么作用也没有；而另一部分人无视中医落后的现实，称中医是艺术、是超科学的，仿佛可以凌驾于现代科技之上！当有人提出改革后，他们就用中医是中国传统文化来搪塞，拒绝中医的现代化，其实他们所谓的传统不过是变了味的传统，他们才是中国传统文化的真正敌人！
自然规律是无法违背的，即便清朝如此倒退，中医还是想尽一切办法为解开人体之谜而努力！其中最具代表的就是被后世称为医林改错，越改越错的王清任了！
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