《内经》中的内容主要有：整体观念、阴阳五行、藏象、经络、病因病机、病证、诊法、治疗、养生和运气、预防等诸多方面的内容，其中整体观念、阴阳五行、藏象学说和治未病学说成为中医的基础理论核心内容，对后世医家的影响最大。
现代有许多人说中医的理论多是不科学的，已经无法指导现代的临床治疗。这是因为对中医不了解造成的，《内经》中有一段话“是故圣人不治已病治未病；不治已乱治未乱，此之谓也。夫病已成而后药之，乱已成而后治之，譬犹渴而穿井，斗而铸锥，不亦晩乎！”仅凭这一段话，《内经》就足以被称为不朽之作了。正是在这种“治未病”（未病先防）思想的指导下，中医十分重视对预防医学的研究，从饮食、运动、药物到免疫方面都取得了巨大的成就，为全人类的繁衍做出了巨大的贡献。早在晋朝，中医就有了免疫学思想的萌芽；在明清两代，“种痘术”已经日臻成熟，并沿丝绸之路传播到欧洲，在此方法的影响下，西医发明了牛痘，开创了免疫学的先河，“种痘术”则被誉为免疫学的鼻祖（后面将有详细介绍）。这一理论被越来越多的现代医生所重视，尤其是国外的大腕西医，他们正沿着这条路大踏步前进。现代医学发现许多疾病的病因是人体基因造成的，如果改变基因，这些疾病就可能消失，这绝对是“不治已病治未病”的圣人所为，可惜致力于这方面研究的既不是中医，也不是中国的西医！
在《内经》出版前欧洲出了一位名医——希波克拉底，他被称为医学之父，他的誓言成为所有医务工作者的宣言（当然要除去“不给妇女打胎药”这一句），他提出的医学理论和《内经》有许多相似之处。例如他把世界上的物质分为空气、水、火和土四种元素，很像中国的五行，甚至有人说这两个学说是孪生兄弟，其实两者有很大的区别，认识不到这一点就不能说真正明白什么是五行学说（具体将在《中医基础篇》中再讲）。由于《内经》的编辑里可能有许多阴阳家，所以阴阳五行的内容出现其中也就不足为奇了，这方面的内容也将放到《中医基础篇》中再讲。
此外希波克拉底认为，人的肌体是由血液、黏液、黄胆汁和黑胆汁这4种体液组成的。疾病正是由4种液体的不平衡引起的，而体液的失调又是外界因素影响的结果，似乎很像中医的调节阴阳平衡。看起来在这一时期，中、西医之间似乎是完全可以相互交流、相互贯通的。事实上，中西医产生的分歧正是开始于此，如果把医学比喻成一棵大树的话，中西医这两个最茂盛的树枝正是从这里开始分叉的。
许多人指出学习中医不能脱离中国的传统文化，因为中医的发展受到了中国传统文化的很大影响。其实西医也是一样，它的发展也受到了西方文化的影响，无论是传统的西医还是现代的西医。西方传统文化中对西医影响最深的恐怕就是原子论了，原子论起源于古希腊，这个理论认为万物的本原是原子和虚空。原子是一种最后的、不可分割的物质微粒，它的基本属性是“充实性”，每个原子都是毫无空隙的。虚空的性质是空旷，原子得以在其间活动，它给原子提供了运动的条件。受到这种思想的影响，西医更注重从微观的、单一的方面进行研究，总是希望能够找到单一的一种致病因素，单一的一种化学成分作为药物，单一的一种药物用于临床治疗。而中医则在中国传统文化的影响下提出了整体观念，更多地在宏观的、综合的方面进行研究，指出人是一个整体，是自然界中的一部分，所以在医疗过程中不仅要考虑到局部，还要上升到整体水平，甚至要考虑到整个自然界的影响。现代医学甚至已经研究到分子水平；而中医则早在两千年前就已经将某一局部的症状和全身联系到一起，并扩展到整个自然界甚至是全宇宙。这是我能够找到的中西医之间最大的区别，大概也是唯一的区别（具体内容将在《中医基础篇》中介绍）！这也是为什么中、西医在此后的1000多年中几乎都停止了对解剖学的研究，西医碌碌无为，而中医却欣欣向荣的原因。而中医整体观念这一基础理论的确立恰恰是来源于《内经》这本书。
虽然在《内经》中有很多解剖学的内容，但许多人认为，解剖学是现代西医发展的基石，中医的医学理论体系特殊，没有以解剖知识为基础。但事实上解剖学是包括西医、中医、印度医学、埃及医学在内的一切医学的基础。在《灵枢·经水篇》中有一段记载：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之，其藏之坚脆、府之大小、谷之多少、脉之长短、血之清浊、气之多少，十二经之多血少气，与其少血多气，与其皆多血气，与其皆少血气，皆有大数”，解剖一词便来源于此。近2000年后，日本学者用这个词来翻译英文单词anatomy，即西方医学的“解剖学”（小川鼎三，《医学用語の起り》）。可见当时的中医不但进行了医学解剖，而且对此项工作还十分重视。
《内经》中的藏象学说就是在古代解剖学基础上，通过临床观察并加以总结而形成的对人体内部器官解剖和生理的认识。其中许多内容已经被现代医学所证明，例如，肺主气；心主血脉……但由于当时解剖技术有限，所以有许多内容与现代解剖学不符（具体内容详见《中医基础篇》），因此，现代一些人居然鼓吹中医理论的产生根本和解剖学没有关系，并以此为由，拒绝更正那些已经被证实了的中医中的错误认识，甚至将古人已经更正了的错误再次“更正”，不知道这算不算是欺师灭祖？否认中医理论体系是建立在古代解剖知识的基础上，那么中医理论体系又会是从哪里来的呢？难道是从神仙那学来的（神仙又是怎么知道的呢）？这种认识的实质不过是不愿承认自己的错误罢了，结果却是将中医推向巫术。
在一些人的心目中，手术似乎是西医的专利，中医根本就不应该和它沾边。但早在《内经》中就有关于手术的诸多记载，其中包括痈疮成脓后要切开排脓；坏疽的病人要及时截肢等内容（《长刺节论》《九针论》）。在《灵枢》中还记载了用于腹水引流的腹部穿刺术，据考证这是世界上首次由文字记载的此类手术。顺便提一句，马王堆出土的《五十二病方》中已经有关于痔、瘘手术方法的记载，术式之高超，设计之巧妙，令人叹为观止，据称这些技术西医是在公元14世纪才开始试用的。
关于“五运六气”一节，因为多数人认为是唐朝的王冰补入的，加之有唯心之嫌，所以并没有仔细研究过。但最近网上有许多人称周围有这方面的高手，运用此学说推算出许多事情，甚至是一年的天气预报，据说准确率大大超过了气象台。因为笔者周围没有这样的高人，所以无法考证。果真如此的话，倒想给这些高人出个主意：不要说自己是运用五运六气推算出一年的天气，假说自己有能够预测未来天气的特异功能，然后找一个叫司马南的人，经受他的测试，如果通过的话，就可以得到他提供的1000万元人民币的奖金。接着由他领到美国去接受另一个测试，如果还能通过的话，能得到1000万美金的奖励，虽然美金在贬值，但两项奖金加在一起也有近亿元人民币！这样既可以弘扬祖国文化，又可以拉动我国的GDP增长，还可以改善自己的生活，做许多善事。总之，于国、于民、于己都有利，何乐而不为？
现代有人认为西医是科学，中医是巫术，说这些话的人真应该好好看看《内经》，因为其中有一句话“拘于鬼神者，不可与言至德”（《素问·五藏别论》）。这说明中医早在《内经》成书之时就已经宣布和巫术决裂，因此，那些搞巫术的人绝不是真正的中医。
讲到这里，有的朋友是不是会说“你们中医总是在讨论2000多年前的东西”，客气的会说“这样可能会妨碍中医的发展”。不客气的则会说“中医就是这个样子，只能靠2000多年前的东西混饭吃”。其实这些话是有些道理的，我们现代的中医学习《内经》究竟是学习它的什么呢？治疗手段？就那13个原始的方子，不要说是现代，就连1000年前的中医都已经不再使用了！诊察手段？在《内经》中提到的诸多古老的脉法，在《难经》出版时就已经被淘汰了！解剖、生理、病理知识？《内经》中的这些知识如果在2000多年前还算得上是领先的话，那么在如今和现代的解剖、生理、病理成果比起来就是天壤之别了！
那么为什么还要费这么多笔墨讲《内经》呢？这不是在浪费大家的时间吗？其实中医和西医真正的区别恰恰就是来自这部《内经》，书里讲到的中医思路才是指导中医不断发展的基础，才是我们现代中医学习的方向。
总之，《内经》是一部伟大的著作，即使其中有错误也不是什么可耻的事情，这样也绝不会抹杀它的伟大成就。而那些不顾事实真相，拒不承认错误，胡乱进行解释才是真正可耻的事情，这也正是中医在现代被人们误解、受到质疑的重要原因！
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