本篇主要分析神气意志与阴阳虚实所生的病状，指出“神”是针灸与中医诊断的基础，所以篇名叫“本神”，本篇内容对于普通人的调摄修炼也有重要意义。
黄帝问岐伯说：“凡是针刺的原则，首先必须以神为根本。血、脉、营、气、精、神，都包藏在五脏中，是其正常运作的力量之源，如果嗜欲过度，这些精气就会游离出内脏，以致意识恍惚，精神错乱，魂魄飞扬，并丧失理智，这是由什么原因造成的，是天生的灾难，还是人为的过失呢？什么叫做德、气、生、精、神、魂、魄、心、意、志、思、智、虑？愿闻其详。”
岐伯回答说：“上天赋予人德，大地赋予人气，天德下沉地气升腾，从而使阴阳结合，万物生成变化。所以，生命的本源叫精；男女交感，叫做神；跟随神往来活动的，叫做魂；随同精同时出入的，叫做魄；支配作用它们活动的，叫做心；当心中有所回忆时，叫做意；意存留在心中，令人心生回忆的，叫做志；为实现志而求变的，叫做思；用思想来考虑未来的，叫做虑；因虑而认真思考，以求正确地处理事物的，叫做智。所以，智者的养生之道，在于顺应四时变化，和合喜怒哀乐，以适应寒暑之变，而安于不同的时令及生活环境，调节阴阳刚柔。这样内外邪气就不会侵袭，人的身体健康而不易衰老。
心思过于缜密、审慎，就会伤神，神气受到了损伤，就会惊恐畏惧不止。因为悲伤过度，就会损害内脏，致使神气枯竭而丧失生命。喜乐过度，会使神气涣散而难以集中。愁忧过度，会使神气低迷惶惑而不能流通。勃然大怒，会使神气迷狂而不能自已。极度恐惧，会使神气动荡畏惧而能收藏。
心惊恐或思虑过度，就会伤神，神伤，就会经常感到恐惧，从而失去自我调节能力。天长日久，肌肉就会遭到破坏，肌肉消瘦，毛发枯槁，导致冬天死亡。脾忧愁而难以化解就会伤害意识，意识被破坏，就会胸中闷乱，四肢不能举动，毛发枯槁，从而致使春季死亡。
肝悲哀过度，牵动内脏，就会伤魂，魂被伤，人就会狂躁不止，萎靡不振，阴囊收缩，筋脉痉挛，两胁无法活动，毛发枯槁，导致秋季死亡。肺喜乐无度就会伤魄，魄遭到伤害，会使人狂妄自满，无法与人相处，皮肤极度粗糙干枯，毛发枯槁，就会在夏季死亡。肾大怒不止就会伤害志，志受伤，人就会健忘，从而使腰脊无法俯仰屈伸，而后毛发憔悴，死在夏季。恐惧而无法解除，就会伤精，精被伤，骨节就会酸痛、痿厥，并有遗精症状。因此，五脏是藏纳精气的，不能受到伤害，万一受伤就会导致阴虚，阴虚则正气就会消失，人也无法存活了。因而给病人施针时，要注意观察病者的情况，以明了精、神、魂、魄的存亡得失，如果五脏精气已被损伤，那么就不能施针了。
肝脏藏血，血藏纳魂，肝气虚弱，人就会产生恐惧，肝气盛壮，就容易发怒。脾藏营气，意被收纳在营气之中，脾气虚，四肢就无法运动，五脏也会安定，脾气太实，就会导致腹胀，大小便不利。心脏藏脉，脉收纳神，心气虚弱了，就易产生悲哀情绪，心气过实，人就会常常大笑不止。肺脏藏气，气收纳魄，肺气虚弱了，就会鼻塞，肺气太实，就会导致哮喘、胸部满实，只能仰面呼吸。肾脏藏精，精收纳志，肾气虚弱，手足会厥冷，肾气太实，就会腹胀。以上情形都会使五脏不能正常运行，所以必须审察五脏病情变化及虚实，再谨慎地加以调节。”
五脏病状表
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