病因探索的基本步骤可概括为四个方面：观察现象→提出假设→验证假设→导出结论。
（一）观察现象
应用描述性研究观察疾病在人群中发生发展特点、规律以及与疾病发生可能有关的因素，为进一步深入研究提供线索。
前面已述，描述性研究是其他研究的基础，通过疾病现象的观察描述，目的在于提供病因线索，以便形成假设，进一步开展研究。观察疾病现象的方式如下。
1．现况调查 采用现况调查描述疾病的分布现象。
2．历史回顾性调查 动态性地调查回顾某人群某病发生情况并通过比较，分析可能的发病因素。
3．观察临床特殊病例特点 对于病因不明的疾病通过一些特殊病例临床特点的观察，发现其共性，进而推断可疑的病因线索。
4．疾病监测 通过疾病监测等常规资料的分析，描述某病在不同时间、地点、人群的分布特征，提供病因线索。
（二）提出假设
提出假设是指根据对疾病现象的观察，应用分析、综合、归纳、推理等逻辑方法，提出某病的发生可能原因是什么。提出假设的目的在于为进一步研究指出方向。
提出假设的过程是经过逻辑思维，对所掌握的资料和信息进行科学的分析和归纳，找出可能致病因素的过程，以便提供进一步研究的线索与思路。
提出假设的方法有多种，较多应用的有归纳法，类比法，历史法等。在病因研究中常用Mill准则。
1．求同法 求同法（method of agreement）也称契合法，就是找事物发生的共性。假设在多种不同情况或场合下，引起某种疾病的发生均有一个共同因素，那么这个共同因素就是可疑病因。
例如，白血病高发人群有放射科医生、铀矿工人、孕期接受X线辐射的婴儿。这是三种不同情况，但是引起白血病高发有一个共同因素，这就是放射线。因此，推测放射线是白血病的病因。
2．求异法 求异法（method of deference）是在差异中找原因，即在相似的事件中找不同点。假如在两种不同的情况、环境下，某种疾病的发生频率有显著差别，一种情况某种因素存在较多，而在另一种情况下该因素较少甚至没有，那么推测这种因素就是该病病因。例如，1958年新疆察布查尔县发生一起原因不明的疾病流行，临床表现为头痛，头晕、复视、视物模糊、声音嘶哑、吞咽困难等。经调查，该县有锡伯族、维吾尔族和哈萨克族杂居，而只有锡伯族发病。锡伯族和其他民族是两个不同情况，分析其不同点，认为该病发生与生活饮食习惯有关。最后经调查验证，锡伯族有食一种称米送糊糊（相当于面酱半成品）食品的习惯，这种发酵食品形成厌氧环境，常常易被肉毒杆菌污染。因此该病事实上是肉毒中毒，当时由于病因不明，故被命名为察布查尔病。
3．共变法 共变法（method of concomitant variation）是寻找与某一事物一起变动的偕同变异。如果某一疾病的发生频率随着某一现象（因素）数量的变化而相应变化，则推测这一现象就是该病的病因。例如，水土中含氟量与氟斑牙发生率的关系；食盐量与高血压发生率的关系。
4．排除法 排除法（method of exclusion）也称剩余法，即在引起某病的诸多可能因素中，运用逻辑推理排除不可能的因素，剩余的就是可能的病因。通常是根据疾病主要的发生和分布特点提出可能的致病因素，然后再根据其他方面的特点排除不可能的。例如，某高校发生一起以消化道症状为主要表现的疾病暴发，经初步了解，该病在学生中高发，教工发病较少。根据这些发病情况与分布特点，可考虑引起发病的原因为学生居住区水源污染或食堂食品污染。进一步观察发现常在一食堂就餐的学生发病，而在二食堂就餐者不发病。由此特点，可排除因水源污染而引起发病的假设。
5．类推法 类推法（method of analogy）是用一种病因明确的疾病推断某种病因不明疾病的发生原因。如果某种原因不明的疾病其分布特征与另一种疾病的分布相似，则考虑有相同的病因。例如，1978年以来，湖北省农村发生较多的瘫痪病例，临床认为是一种原因不明的脑动脉炎。通过流行病学病例对照研究，证实该病是由钩端螺旋体感染所致。在此同时还研究了烟雾病的病因问题。烟雾病（Moya disease）自1961年首次由Takeuck报道以来，关于其病因一直是学术界探讨与争论的问题。在研究中发现烟雾病的临床特点与分布特点与上述原因不明脑动脉炎极其相似，受此启发，提出烟雾病是由钩端螺旋体感染所致。最后经证实该病并非独立的疾病，而是由多种原因引起的临床综合征，主要由于钩端螺旋体感染脑动脉所引起。
在建立假设过程中，必须从实际出发，以客观信息为依据，充分利用国内外有关资料，应用医学、生物学及逻辑学等多学科知识进行综合分析，决不能主观臆断，以偏概全，更不能凭空捏造。
（三）验证假设
验证假设是选择专门的人群进行调查或实验，说明某病的发生是否与所研究的因素存在联系，即检验所提出的假设是否正确。
验证假设所用的方法有病例对照研究、队列研究和实验性研究。具体方法已在有关章节详细叙述，不再赘述，在病因研究中这些方法的应用注意如下几点。
1．在分析性研究中，病例对照研究简便易行，所需样本小，所用时间短，尤其便于临床医生开展；而且其适用于发病率低的病；能够对一种疾病与多种因素的关系作出分析。因此，在病因研究中应用较多的是病例对照研究。其不足之处在于不能直接确立病因关系。因此，通常在病因研究中首先应用病例对照研究筛选有意义的致病因素，在此基础上进行队列研究或实验研究。
2．队列研究所需样本大，时间长，开展难度大，适用于常见病多发病的研究，而且主要是解决某一种因素与某病（可多病）的关系问题。因此，其多在病例对照研究的基础上进行。
在实际工作中，对暴发（流行）因素的调查，常采用回顾性队列研究，以缩短调查时间，尽快查明暴发（流行）原因，采取有效措施，控制暴发（流行）的进一步蔓延。
3．实验研究是验证病因假设的最佳方法，但在病因研究中，由于医德等原因，它的应用受到极大限制。对于某些疾病可通过预防性实验来反证病因问题。对于如化学元素引起的疾病可通过水、土及食物中化学元素的实验室测定等辅助手段，分析与发病的关系，说明病因问题。
（四）导出结论
病因研究最终目的就是确定影响某病发生的原因是什么。导出结论就是根据验证假设过程所得结论，运用综合分析方法，说明所提出的假设病因是否为真正的病因，即确定疾病与因素间的因果关系。
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