PCR检测的标准化，其宗旨是通过一定的标准操作程序，来保证检测结果准确可靠。为了达到这样的目标，还必须做到以下几点。
(一)试剂配制、分装及保存
1.在PCR试剂准备区超净工作台中配制及分装试剂，工作之前紫外线消毒不少于20min。
2.试剂注意冷藏或-20℃保存，防止酶试剂失活及有机大分子降解。
3.选用有卫生部批准文号的试剂盒，优先选择含UNG的试剂盒，不使用未标明批号及出厂日期的试剂盒。
4.冷冻试剂经充分融化后混匀，离心后再开盖，保持试剂均匀性。
5.试剂应即时分装使用，尽量避免反复冰融。
6.不同PCR试剂盒中的同类试剂不能混用。
7.每次配制或分装试剂应有详细记录。
8.扩增管、样品处理管及吸头等实验用品，均需经高压消毒(0.15MPa/126℃下30min)。
9.在配制用于RNA实验试剂时，除应注意上述要求外，所有实验用的器皿均需用焦碳酸二乙酯(DEPC)处理，或经180℃干烤8h，以消除RNA酶的影响。
(二)标本的采集与处理
1.依据不同的检测项目，正确采取标本。
2.抗凝血标本的抗凝剂宜选用EDTA盐或枸橼酸钠抗凝剂，避免使用肝素抗凝。
3.标本采集后应按要求存放，并在规定的时间内进行DNA或RNA模板的提取。
4.标本处理应在标本处理区指定的生物安全柜内进行，实验前应打开风机5～10min，待柜内空气净化并气流稳定后再进行实验操作。
5.在DNA或RNA模板提取过程中，应注意去除样品中影响扩增检测的物质，如尿及血标本中的Taq酶抑制剂等。
6.为防止标本间交叉污染，在打开离心管前短暂离心，并使用离心管专用扳手开盖。
7.每一个标本都要使用新的消毒吸头。
8.标本处理要严格按照操作说明书进行，应做到处理时间充分，以保证标本中的DNA或RNA完全释放。
(三)基因扩增及其实验条件的选择
1.反应液中加入模板后应适当混匀。
2.设立阴性对照、试剂空白对照和阳性对照，并置于被测标本之后，以达到：①样品的制备(设立阴性对照，可以确定提取过程有无污染；已知量的阳性模板的提取，可以确定标本中核酸提取的回收率)；②试剂配制和准备(试剂空白对照，可以确定试剂有无污染；阳性对照，可以确定反应混合液酶试剂等是否有活性)；③PCR反应的效率测试，确定RT和PCR反应条件是否合适，酶及反应试剂是否失活，推断基因扩增所使用的酶和试剂的质量。
3.每月定期对扩增仪的温度等参数进行1次检测，并有详细记录。
4.依据不同检测项目的要求，设定PCR工作参数，经专业主管制订的操作手册，任何人不得随意更改。
5.扩增条件不一样的检测项目，不得一起扩增。
(四)扩增产物检测
1.扩增产物DNA片段特异性应通过限制性核酸内切酶酶切及特异性分子探针进行核酸杂交等手段检测；1.5%～2.5%琼脂糖凝胶电泳可作初步判断依据。
2.基因表达水平mRNA的RT-PCR检测应设立内参照，并进行电泳后的凝胶图像分析。
3.上述检测及分析结果均应有可靠的实验数据或图片和图谱记录资料。
(五)PCR结果的判读
以往临床PCR检测结果，由于下列因素而经常产生错判和误判。①缺少必要的对照；②检测PCR产物方法(琼脂糖电泳)特异性差；③人为因素的影响。随着PCR检测的不断规范和标准化以及新的分子探针标记自动检测技术，如Roche公司的COBAS、PE5700和Ampli Sensor等自动化酶标和荧光脉冲读数分析仪的诞生，使得PCR基因诊断检测的结果，可以通过酶显色的A值及荧光脉冲强弱的记录而得到判读。每一种方法均有明确的判读结果的参数(如Cut-off值)。
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