在运输、储存过程中如何确保疫苗的质量安全，也是公众关注的焦点。
前述外资药企疫苗部人士介绍称，其所在公司不但要保证产品上市前的“批签发”检测合格，而且还会考量从原材料到生产、储存、运输整个过程中药品的质量安全。
卫生部免疫规划专家咨询委员会委员刁连东曾指出，乙肝疫苗要求在2℃-8℃条件下运输和避光储存。冷链建设，正是以前制约乙肝疫苗纳入计划免疫范畴的主要原因。
上述人士称，对于他们公司来说，如果温度不在规定范围内，一般工厂会做相应的实验以及论证，通过非常严格的评估过程之后，如果认为没有问题，才可以上市，如果不能确定，则会全部销毁。
在基层如何保障疫苗的冷链运输，一直被视为难点，特别是在中国的农村地区。一位医药行业咨询人士告诉财新记者，在他们团队的调研过程中，曾见到有些农村将疫苗直接装上摩托车运输到相应接种地点的情况，这让疫苗的质量很难得到保障。
由于疫苗对温度敏感，从疫苗生产、贮存、运输、分发到使用的整个过程都必须有妥善的冷藏设备。冷链的配套设备包括贮存疫苗的低温冷库、冰徘速冻器、运送疫苗专用冷藏车、冰箱、冷藏箱、冷藏背包以及计算机和零配件等。
为打造“冷链”，根据国家疾控中心公布的数据，2002年-2003年，中央财政支持中西部项目地区冷链设备经费合计2500万元；2004年，中央转移经费项目中支持西部省份冷链建设2597万元；2008年，中央财政安排3.74亿元支持中西部省份冷链建设。各省、市、县级部门也有不同程度的拨款。
即使如此，多位业内人士一致认为，冷链仍然是免疫规划中最薄弱的环节。2008年，广西贵港市疾控中心谭雄林发表文章《计划免疫人力资源及财政投入与冷链设备现况调查》，指出“43.77%的冷链设备已使用10年以上，22.15%损坏报废，其中，疫苗运输车、普通冰箱、冷背包的损坏程度较为严重”。
广西岑溪一位村医告诉财新记者，每次到乡里要走两个多小时山路，所以往往连办事、取药、取信、购物一起置办。“很多卫生所冰箱都是坏的，村医提的冷藏箱也是坏的。不可能单独拎个箱子，我们都挑担，而且就赶几个人打几针。”
在疑似病例所在地——湖南省衡阳市衡山县白果镇江东乡旺州村，破旧的江东卫生院甚至无法提供最基本的发热和外伤救治服务，村里500人都需要经两个小时路程，辗转到临近乡镇医院求医。村里略有威望的村医也不再以医术为生，而是转行做红白喜事的生意，“兼职”为村民看看病打打针。
“村医是最不愿意打疫苗的，因为打疫苗是没有钱的，疫苗都是国家免费提供的，我们也是白给打。”这位广西岑溪村医一人身兼多职，“我卖东西，也帮人买东西、送信、打电话，主要还是开商店赚些钱。”
这位广西岑溪村医所在的村，320多口人分布在山涧和山腰上，从村医家到最远的村民家，要步行40分钟，中途穿过一条小河。“你说我跑那么远，就为了白给他打一针？”这位村医问。
从2009年起，为做好预防接种查验和补漏工作，各地开始发放《预防接种证》，并将证件查验工作纳入儿童入托、入园、入学报名程序。“很多人打疫苗就是为了盖个戳，有的急着上学的，也就给盖，不打针了。”广西岑溪村医坦承，“打疫苗确实有点乱。”
从2004年起，乡村医生需要经过注册及培训考试，才能以正式名义执照开业。目前，中国有乡村医生近百万人，但考取执照的不到10%，因此拥有财政拨款发放的“工资”者凤毛麟角，尤其在2009年逐步取消药品加成后，乡村医生收入微薄。
“以前经费有保障，现在人员都留不住，以前接种医生打二类疫苗有提成，现在收支两条线，村医大多没什么收入。”国家疾控中心计划免疫中心有关人士对财新记者透露。
2009年，时任中国疾病预防控制中心免疫规划中心主任梁晓峰也曾指出，免疫规划的财政投入主要用于购买疫苗、注射器以及相应的硬件设备。“没有工作经费，现在要求地方政府解决人员的经费，包括一些病的监测和疫苗效果的监测或者其他异常反应处理等，由地方政府解决。”
但实际上，“中西部很多地区财政很紧，根本没有钱拨下去。”新疆石河子疾控中心人士表示，“即使拨下去，很多村医没有注册，身份没法确认，也拿不到钱，总不能钱跟着疫苗走，疫苗要过很多级别很多人手，怎么分？”
基层防保队伍薄弱带来隐患重重。2011年1月，山东茌平县疾病预防控制中心于湘熹在《计划免疫》发表文章指出，中国基层防保队伍大多存在人员学历及专业技术结构偏低、业务水平较差、岗位职责不明、人员不稳定及年龄老化等问题。
“在山东省某市153个乡镇基层防保专业队伍中，共有防保人员1204人，具备大专以上学历人员仅占9.8%，中专学历者占34.0%，高中及以下人员占56.2%；具备中级职称者占21.3%，初级职称者占69.9%，无技术职称者占8.8%。除国家正式在编职工外，尚有100多名临时工。”于湘熹表示。
乙肝疫苗接种时间分别在出生时、第一个月和第六个月各一剂。“新生儿高发死亡就在围产期，也就是产后一周，另外，新生儿抵抗力、生命体征各方面都不稳定，如果免疫人员缺乏相关知识，非常容易出问题。”湖南省衡阳市疾控中心人士表示。
北京友谊医院肝病中心教授贾继东介绍，按照接种乙肝疫苗的规程，新生儿中早产儿、低体重儿等暂时不予接种。另外，按照乙肝疫苗接种“七禁忌”，发热者、过敏体质、现患病者、免疫抑制剂使用患者等都不宜接种。
但在疑似病例接种医院——湖南省衡阳市衡山县第二人民医院，除了“当天不要洗澡”的嘱咐，医生没有任何接种前检查和询问，也没让监护人签署《乙肝疫苗接种知情同意书》，以告知必要的信息，如不良反应、禁忌、注意事项等。
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