制度是用于约束人们行为的规章或准则。高校创新人才培养的相关制度规定了相关人员的行为规范，健全完善的高校创新人才培养制度有助于目标的完成，当然，不合理的制度也会给创新人才培养的实施带来不利影响。所有的高校都有各自相应的教育教学制度，但从创新人才培育的角度来看，还需要在课程体系设置、科研制度两方面给予格外关注。
课程体系设置是否合理直接关系到学生的知识结构和综合能力，涉及高校的专业设置、学分制度和课程安排等。在一系列相关的制度设计时，要充分考虑到创新人才的复合型特点，将科学知识学习和人文知识学习紧密融合，注重跨学科的知识结构。因此课程体系中不仅仅要有专业课程，还要求相关的扩展课程锻炼学生的创造性思维、提升其人文素养，帮助学生成为综合性的创新性人才。
科研活动是创新人才的重要工作内容，科研制度也是高校一项必不可少的制度设计。通过健全完善的科研制度，鼓励教师和学生积极参与科学研究，进行探究性教学和学习。很多高校在校内设定一些创新项目，并附有明确的项目管理规定，例如实践创新研究项目、创业研究项目等。还有一些高校设计的产学研合作制度，引导学生将书本学到的知识应用到实践中，在巩固基础知识的同时促进学生在实践活动中发现新的问题，找到解决问题的新方法，提高创新能力。总之，各项教学和科研等制度的完善是高校创新人才培养成功实施的重要保证和条件。
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