目前，我国大学、科研院所还是知识创新的主体，但创新主体正向企业转换。虽然真正意义上的企业研究机构仅有几家，但这种转轨却初现端倪。第一，国家科技体制改革已使许多国家级的研究机构与企业合并合作。第二，一些高校科研院所的科研经费有了新的供给来源——不断成长的校（所）办企业。第三，随着市场化进程的加快和企业竞争压力的加大，中国企业界已形成共识：只有以高新技术为基础的新型公司才会有前途。国内企业迫切需要通过知识创新寻求生存与发展，从而提高企业的竞争能力。企业的角色意识在转换，变被动接受知识创新的客体成为知识创新的主体，今后必然会投入越来越多的研究经费，但又限于创新能力不足，这些经费必然会有相当部分流向大学和科研院所。大学及科研院所在国家知识创新工程实施过程中逐步地向客体转化，从而也加快推动企业逐渐成为知识创新工程的实施主体。
目前，我国作为知识创新主体的企业行为有以下几种情况：第一，自办国际水平的科研机构，目前我国仅有海尔、华为等少数几家企业实现了这样的目标。第二，企业与大学科研院所共同投资联办。第三，企业进行课题招标。第四，设立企业博士后工作站，根据企业需要设立课题，与大学及科研院所博士后科研流动站联合招收博士后研究人员。在知识创新工程实施主客体转换过程中，企业博士后科研工作站成为大学科研机构与企业主客体转换的结合点。
知识创新工程未来的发展方向是，更多的企业将拥有国际水准的科研机构，这些机构直接成为培养企业所需前沿创新技术的温床。这种创新模式不仅成为企业竞争的有力工具，而且可以为企业带来新的市场。但是，目前我国由企业创办更多的高水平的科研机构尚待时日，大多数企业依然采取主动与大学、科研院所合作的方式，设立企业博士后工作站是重要而有效的合作方式之一。在某个领域的专家——博士后进入工作站，一方面他已拥有成熟的前沿研究成果，拥有大学或国家科研院所博士后流动站专家群体和先进实验室设备等全面的软硬件支持系统；另一方面，企业有明确的研究课题，包括内容、目的和时间要求，以及提供充足的经费保证。这就保证在企业急需创新的领域里，能够直接吸收和消化最前沿的成果，变成推动企业发展的现实生产力，完成将知识通过商品这个载体实现经济价值的重大跳跃。
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