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组合化学信息管理系统

时间:2022-02-14 理论教育 版权反馈
【摘要】:合成反应信息管理软件需要计算机获取、管理、搜寻、检索合成反应,包括反应物、产物的结构式及其反应的有关信息。数据库需输入子结构和类似物搜索以及反应类型、反应使用范围等。组合化学是一门将化学合成、组合理论、计算机辅助设计及机器人结合为一体的技术。组合化学库在药物设计中起着十分重要的作用,可以作为QSAR研究、进行虚拟筛选和基于结构的组合配基设计。主要的组合化学信息管理软件如表7-4所示。

7.2.1 信息管理软件

在药物设计中,合成反应是很重要的一个环节,从反应数据库中寻找和检索合成反应已成为药物研究与开发中的一个重要步骤。合成反应信息管理软件需要计算机获取、管理、搜寻、检索合成反应,包括反应物、产物的结构式及其反应的有关信息。

7.2.1.1 输入

与化学信息管理软件的输入类似。需要输入反应物和产物的结构,软件需要自动处理结构式,分析反应中,哪些原子及键会发生变化。需要提供其他一些信息,如温度,产率等。数据库需输入子结构和类似物搜索以及反应类型、反应使用范围等。

7.2.1.2 搜索

合成反应信息管理软件提供的搜索数据库的方法有很多,一般用户可以指明产物或反应物的结构,软件借此来搜索数据库。通常也允许用户指明反应物中哪些键被打断,哪些键将生成。

7.2.1.3 商业信息管理软件及数据库

一些化学反应数据库如表7-3所示。

表7-3 化学反应数据库

7.2.2 组合化学信息管理软件及数据库

组合化学是一门将化学合成、组合理论、计算机辅助设计及机器人结合为一体的技术。它根据组合原理在短时间内将不同构建模块以共价键系统地、反复地进行连接,从而产生大批的分子多样性群体,形成化合物库(compound-library);然后,运用组合原理,以巧妙的手段对化合物库进行筛选、优化,得到可能的有目标性能的化合物结构的科学

化合物库的数据量十分巨大,一般需要储存数千万乃至数亿个化合物。化合物既可以是分子实体,也可以是批量合成的、按特定方式或一定规律组合的不同分子实体混合物。根据化合物种类的不同,有寡聚核苷酸库、肽库、类肽库、寡糖库以及小分子库等等。

组合化学库在药物设计中起着十分重要的作用,可以作为QSAR研究、进行虚拟筛选和基于结构的组合配基设计。主要的组合化学信息管理软件如表7-4所示。

表7-4 组合化学信息管理软件

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