虽然联合国具有前面所述诸多不可替代的组织优势，在当今和未来的全球治理中被寄予厚望，但联合国在其创建过程中就是各种思想与各种力量整合的结果，是战后世界大国妥协的产物，因此在《联合国宪章》中以及在联合国组织机构的设置和创立上，都充满与生俱来的矛盾性和分裂特性。联合国自身的局限性和缺陷，加上其他国际组织和集团的发展与日益活跃，使联合国在当今和未来全球治理中的地位和作用面临更多挑战。
（一）一个庞杂的、充满矛盾的组织
联合国是一个建立在主权国家之上、受主权国家制约的组织，但同时又具有从事一些超越主权、干预主权国家事务的权力。这就形成一个似乎是无法克服的矛盾，正如摩根索对这一矛盾关系的论述：这一冲突就是主权国家和有效国际组织之间的冲突。我们已经看到，这两个概念在理论上和实践上都是不可调和的。国际组织要有效，就必然损害它的成员的行动自由；成员国要是强调它们的行动自由，就必然损害国际组织的有效性。《宪章》本身就说明这一解决不了的冲突，它一方面强调所有会员国“主权平等”，另一方面给予安理会常任理事国特权地位，这种地位相当于一个小型世界政府。[12]这就是说，《联合国宪章》赋予联合国某种超国家的权力，赋予它管理全球性事务的责任；同时，作为联合国主体和权力授予者的国家，其主权得到保护，其内政不可干涉。这意味着联合国的权限与主权国家的权限之间存在难以克服的冲突关系。
联合国会员国来自不同地区，有着不同的历史、文化、政治背景，处于不同的社会和经济发展阶段，国家力量对比相差悬殊，这使的联合国会员国在任何问题上都很难有相同的看法，更多是不同利益和不同立场。联合国内部缺乏一致性，在政治认同、利益认同和价值认同上都处于矛盾和分裂状态，其分裂程度和矛盾程度也比其他国际组织更大。联合国几乎容纳所有种族、民族、宗教、政治制度和地理方面的差异，容纳所有的意识形态、价值和文化认同方面的差异。联合国曾经被东西方冷战的意识形态阵营所分裂，如今仍然存在西方和非西方国家之间的政治文化差异，被不同种族、民族、宗教影响下的政治文化和全球及地区范围的权力斗争和利益冲突所分裂。
作为一个庞杂的全球性机构，联合国存在机构重复、效率低下、不作为与不能作为等顽症。安南当选为联合国秘书长后，改革联合国成为他面临的迫切任务。随后，联合国出台了一系列改革措施，包括提高效率、压缩经费、加强协调、精简机构等。但无论如何，联合国组织存在的缺陷和局限制约了联合国在全球治理中的作用。
（二）一个面临更多竞争者的组织
活跃在当今全球舞台上的各类组织和集团日益增多，且具有各自的优势。一些区域组织、次区域组织，甚至专门组织和非政府组织，有着比联合国更悠久的历史。由于在地理和地区认同上的密切，以及在专门问题上的能力和效率，它们在地区问题和全球问题的解决方面显现出更大的优越性。
人们关注最多的当然是G7、G20、金砖国家这类非正式集团的兴起。与联合国相比，这类由西方大国或新兴经济体大国构成的集团，比联合国更精悍、更灵活、更高效。2012年有些评论注意到一个事实，发达国家领导人全体出席了该年在墨西哥举行的G20峰会，但却几乎“集体缺席”了规格更高的“里约+20”峰会，这足以说明发达国家对G20峰会的重视。随着区域组织的发展与完善，区域组织在能力和制度建设方面得到提升。这一趋势使联合国在全球治理中的能力、效力及合法性都受到挑战，联合国的作用和权力面临被边缘化、被转移的可能。
联合国虽然具有更广泛的代表与合法性，但缺乏效率、难以协调，因而G20在全球舞台被给予希望。2010年3月联合国大学举办了关于“全球治理：G20与联合国”的研讨会，讨论内容涉及如何确保G20的行动和决策能够加强联合国而不是损害联合国，以及如何建立一个能够协调联合国和G20关系的框架。这方面的讨论不仅反映出不同的学术观点，也反映出目前全球各组织和集团之间在全球治理上的竞争。2010年9月，在一般性辩论开幕式上，瑞士前联邦主席、56届联大主席戴斯（Joseph Deiss）提醒人们关注联合国面临的边缘化威胁，称该组织的影响力有可能随着其他国际集团的发展而被“遮掩”起来。因此，他呼吁成员国警惕这一风险，与联合国携手共建真正的“全球伙伴关系”。戴斯的发言代表了一些国家对联合国可能被G20等国际组织弱化和边缘化的担忧。[13]
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