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引物的保守性

时间:2022-02-09 理论教育 版权反馈
【摘要】:尽管如此,近年来在鱼类、贝类、甲壳类等海洋生物中都报道了近缘种之间微卫星高度保守侧翼区的存在,指出部分微卫星位点种间扩增的可行性。Jensen等利用在邓杰内斯蟹的研究中筛选的6个微卫星引物,在9种同属的蟹类中进行检测分析。除了一个位点在C. irroratus中未扩增出微卫星位点,在所被检测的所有其他同类中,6个引物对都产生了与在邓杰内斯蟹中观测到的大小范围类似的微卫星位点。

微卫星大多存在于基因组中碱基置换率较高的非编码区,无法像线粒体DNA一样,针对微卫星DNA设计所谓的“通用引物”( universal primer),因而大部分物种的微卫星都必须重新分离,这也是微卫星应用上的最困难之处。尽管如此,近年来在鱼类、贝类、甲壳类等海洋生物中都报道了近缘种之间微卫星高度保守侧翼区的存在,指出部分微卫星位点种间扩增的可行性。

Gopurenko等(2002)利用在青蟹(沙)中筛选到的5个微卫星位点对青蟹属另外3种蟹的少量样品进行了分析,包括S. olivacea(n55),S. paramamosain(n52)和S. tranquebarica(n54),结果显示,这5个微卫星位点不仅能运用到青蟹(沙)的遗传分析上,同样能广泛地应用在青蟹属的其他品种的遗传问题探寻上。Jensen等(2004)利用在邓杰内斯蟹的研究中筛选的6个微卫星引物,在9种同属的蟹类中进行检测分析。这9种蟹为C. antennarius,C. branneri,C. gracilis,C. oregonensis,C. productus(北美太平洋海岸),C. borealis,C. irroratus( 北美大西洋沿岸),C.setosus(智利)和 C. pagurus(欧洲)。除了一个位点(Cma2)在C. irroratus中未扩增出微卫星位点,在所被检测的所有其他同类中,6个引物对都产生了与在邓杰内斯蟹中观测到的大小范围类似的微卫星位点。

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