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个体识别率

时间:2022-02-09 理论教育 版权反馈
【摘要】:根据Fisher等方法,计算EN0033和RS062两对微卫星标记的个体识别率,分别为0.914和 0.876,计算其累积个体识别率则高达0.989。与Dean等的实验结果相比,笔者的研究中用两对微卫星就可以完全区分4个中国对虾家系。一方面由于实验中的80个个体仅来自4个家系,共8个亲本,因此进行鉴别相对容易。关于微卫星标记在中国对虾家系鉴别中的应用,我们将增加微卫星位点和研究家系进行更深入的研究。

根据Fisher等(1951)方法,计算EN0033和RS062两对微卫星标记的个体识别率,分别为0.914和 0.876,计算其累积个体识别率则高达0.989。

水产动物亲子关系的鉴定主要依靠合适的遗传标记。早期使用的遗传标记主要是同工酶电泳、RFLP和 RAPD等。上述方法除RAPD外,多态信息含量普遍较低,而RAPD的重复性、稳定性和可比性又较差。微卫星DNA变异度极高,是确定人和动物个体间相互关系以及群体遗传学研究最有效的新遗传标记之一(Weber et al,1989;Bowcok et al,1994)。有关对虾类亲缘关系鉴定方面,Sugaya等(2002)用日本对虾5个微卫星位点确定了7个家系的亲缘关系,证明这5个微卫星标记可以用于确定日本囊对虾的亲缘关系。Wolfus等(1997)将微卫星标记应用于对虾的养殖选育计划,对高健康虾品系中的6个地理种群共16个家系312尾对虾进行了微卫星Ml的分析,阐明了每一家系的亲代与其后代之间的遗传关系。

但是,Dean等(2004)在6个微卫星位点,对由30个母本和150个假定父本组成的1个日本囊对虾捕获野生群体进行分析,将子代成功地分配给其“真实”母本的概率只有47%。认为无效等位基因和由于低质量的 DNA造成的等位基因缺失是产生这种情况的原因。因此,应用DNA作为在对虾选择孵化过程中获得谱系信息的方法还有待讨论。

与Dean等(2004)的实验结果相比,笔者的研究中用两对微卫星就可以完全区分4个中国对虾家系。一方面由于实验中的80个个体仅来自4个家系,共8个亲本,因此进行鉴别相对容易。另一方面研究种类及微卫星标记不同也是造成这两个结果差距较大的原因之一。笔者将选取更多的家系来更深入地检测EN0033和RS062这两对微卫星引物在中国对虾家系鉴别中的应用性。本研究所得出的结果对于将微卫星标记应用于中国对虾养殖中的家系混养具有重要意义。

在本实验中,仅3#家系在EN0033位点,4#家系在RS062位点极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P , 0.01),此外均符合Hardy-Weinberg平衡(P . 0.05)。在两个微卫星位点4个家系都表现了杂合过剩(F , 0)。这种现象可能有以下几种原因:①具有无效等位基因的个体,事实上是纯合的;② 这些杂合过剩位点具有很高的突变率,导致许多不同的等位基因;③ 这些家系不是随机交配的,导致杂合过剩,因此,不符合Hardy-Weinberg平衡;④ 取样误差造成。Nei等(1974)认为杂合度的理论值或期望值比观察值更适于在小样本中用来评价种群的杂合度水平。

此外,只在4#家系中发现1个家系特异性等位基因337,仅在4#家系中存在子代,20个个体中有8个子代存在这一特异性等位基因,在亲本中发现的特异性等位基因只在部分子代中出现。Allendorf(1986)认为在等位基因的遗传过程中,特异性等位基因的丢失可能会很严重。据此Motoyuki等(2003)认为应用具有特异性等位基因的微卫星标记来监测孵化群体的遗传多样性是十分有效的。本研究中,由于4#家系在EN0033 位点存在家系特异性等位基因,因此可以将4#家系与其他4个家系相区别。EN0033可以作为4#家系的特异性标记用于鉴别4#家系。这对于养殖上不同家系的混养及鉴别具有十分重要的应用意义。也表明家系特异性等位基因对于家系鉴别具有十分重要的作用,但其具体的应用还有待进一步的研究。

个体识别率在法医学上常用作评价遗传标记在个体识别和亲权鉴定中应用价值的重要参数,一般当DP . 0.8时,表明所研究的遗传标记具有较高的应用价值(2002),本研究中两个微卫星标记的个体识别率均高于0.8,累积个体识别率则达到0.989,属于高识别力的遗传标记系统,充分证明可以利用它们进行中国对虾的亲缘关系鉴定。关于微卫星标记在中国对虾家系鉴别中的应用,我们将增加微卫星位点和研究家系进行更深入的研究。

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