原核中的转录装置

五、原核中的转录装置

1.解释下列现象：(1)RNA核心聚合酶能够微弱地转录T₄噬菌体DNA，而全酶则能很好地转录；(2)核心酶能够和全酶一样很好地转录小牛胸腺DNA。

2.Bautz等人如何证明E.coli全酶对T₄噬菌体极早期基因具有特异性，而核心酶没有特异性？

3.Bautz等人如何证明全酶非对称性地转录T₄DNA，而核心酶则是对称性地转录？

4.通常如何阻断病毒晚早期转录和晚期转录？如何只阻断晚期转录？解释原理。

5.简述一个检测DNA-蛋白质复合体解离率(dissociationrate)的实验。分别给出强弱结合的结果。如果核心酶和全酶与含有启动子的DNA结合，结果如何？

6.温度对聚合酶-启动子复合物的解离率有什么影响？从中可以发现该复合物的哪些性质？

7.作图比较关闭的和开放的启动子复合物的不同。

8.画出一种典型的原核启动子和有UP元件的启动子。不需要具体序列。

9.实验是如何证明E.coliRNA聚合酶的异常终止转录(abortivetranscripts)的？

10.作图说明E.coli中转录起始的四个步骤。

11.用实验证明σ因子影响转录起始和延伸速率。

12.如何证明σ因子不能加快转录过程中的延伸速率？

13.从前面两个问题的实验中，可以得出什么结论？

14.用实验证明σ因子能够重复使用。同时用实验证明核心酶对利福平(rifampicin)的抗性作用。

15.画出“σ-循环”示意图。

16.用实验证明当RNA聚合酶结合启动子时，哪些碱基对发生了解链？解释原因。

17.如何用实验给出在E.coliRNA聚合酶转录过程中最佳的解链碱基估计数。

18.用实验检测聚合酶-启动子相互作用区的5ˊ端。如何改进上述实验可以对相互作用区的3ˊ端进行检测？

19.σ因子的什么区域参与下列序列的识别：(1)启动子-10区；(2)启动子-35区。无需指出具体氨基酸残基，说明这些结论的遗传学证据。

20.用实验证明σ因子4.2区和启动子-35区相互作用。

21.B.subtilisσ⁴³要比E.coliσ⁷⁰因子小很多，它也缺少E.coliσ⁷⁰因子的一个功能。这个功能是什么？如何证明E.coliσ和B.subtilisδ因子提供该功能？

22.举例证实E.coliRNA聚合酶的α亚基参与启动子UP元件的识别。

23.解释蛋白酶解用于定义蛋白质域的局限性，比如E.coliRNA聚合酶的α亚基。

24.用实验证明聚合酶的哪个亚基对利福平(rifampicin)和利迪链菌素(streptolydigin)有抗性或敏感性。

25.用实验证明E.coliRNA聚合酶的β亚基含有形成磷酸二酯键的活性位点。

26.简述证明E.coliRNA聚合酶的β亚基与DNA弱结合而βˊ和β亚基则与DNA强结合的模板转移实验(templatetransferexperiment)及结果。

27.简述证明转录延伸复合体中存在RNA-DNA杂合区至少有8bp长的RNA-DNA交联实验。

28.画出细菌RNA聚合酶核心的X光晶体学结构图。指出酶的亚基、催化中心和利福平结合位点。基于该图，简述利福平抑制转录的机制。

29.简述两种模型，说明当RNA聚合酶沿着DNA模板滑动时，能够维持解链DNA的泡状结构。哪种模型更被认可？简述证据。

30.内部转录终止子的两个重要元件是什么？有什么证据表明其重要性？

31.什么证据表明内部转录终止子中的发卡结构并不是转录停止所必需的？

32.什么证据表明终止位点上游RNA的碱基配对是内部终止所必要的。

33.什么是ρ依赖性终止子？ρ因子在该终止子中的作用是什么？

34.画出茎区8bp、环区5bp的RNA发卡结构。写出一段能形成发卡结构的序列，以及形成的发卡结构。

35.如何证实ρ因子引起RNA(netRNA)合成量的下降，而不引起链合成起始的下降？简述实验过程及结果。

36.实验如何证明在ρ因子存在的条件下能够产生较短的转录产物，同时证明ρ因子不是简单地起着核酶的作用。

37.实验如何证明ρ因子将转录产物从DNA模板上释放出来？