从对哲学基本问题，即思维与存在关系问题的描述来看，好像只涉及了本体论问题和认识论问题，没有涉及方法论问题。因为方法论和认识论、本体论之间存在密切联系，因而谈哲学基本问题也不能脱离开方法论问题。方法论是专门研究方法的理论，有哲学方法论和科学方法论之分，此处只探讨与本体论和认识论相关的最普遍、最一般的哲学方法论。在哲学方法论中与哲学基本问题关系最密切的当属辩证法与形而上学。唯物主义与唯心主义、辩证法与形而上学被称为哲学史上的两个对子。哲学基本问题是如何表现在辩证法与形而上学的对立关系中的呢？这是研究哲学基本问题需要进一步引申的问题。
辩证法与形而上学这对对子中仍然贯穿着哲学基本问题，即思维与存在的关系问题。“在对哲学基本问题的理解中，不能把‘辩证法’问题排斥在外，而把哲学基本问题仅仅归结为‘本体论’问题和‘认识论’问题。”[52]根据对世界发展状况的不同回答，哲学可以划分为辩证法与形而上学的观点。它们是两种对立的发展观，与唯物主义和唯心主义一起统称为哲学上的两大对子。辩证法认为世界上的一切事物都是运动变化和发展的，事物发展的根本原因在于事物内部的矛盾性。一般认为，辩证法坚持发展的观点、联系的观点和全面的观点。与其相对，形而上学则是用孤立、静止、片面的观点看世界，认为世界如果有变化也只是数量的增减和场所的变更，事物的变化是外力推动的。辩证法可以分为主观辩证法与客观辩证法，主观辩证法是人的认识、思维矛盾运动的辩证法；客观辩证法是关于客观世界矛盾运动的辩证法。在恩格斯看来，人的认识、思维与客观世界遵循同样的运动规律，恩格斯提出：“我们的主观的思维和客观的世界服从于同样的规律，因而两者在自己的结果中不能互相矛盾，而必须彼此一致，这个事实绝对地统治着我们的整个理论思维。它是我们的理论思维的不自觉和无条件的前提。”[53]因而，主观辩证法与客观辩证法并不是割裂开来的，思维过程与自然过程是统一的。这种统一又有着唯物主义的理解和唯心主义的理解，也称为唯物辩证法与唯心辩证法。前者如辩证唯物主义，后者如黑格尔的辩证法。从以上分析可以看出，辩证法与形而上学的对立和分歧从属于唯物主义和唯心主义的派别斗争，我们不仅要理清辩证法与形而上学的观点，而且从根本上还要看该观点是属于唯物主义还是唯心主义派别，这样才能对哲学理论和观点做出较为确切的理解和较为中肯的评价。这就要做到，“必须把辩证法同哲学基本问题统一起来，从思维和存在的关系问题去定义和解释辩证法理论，真正揭示辩证法理论的世界观、认识论和方法论的统一”。[54]
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