作为上海自贸试验区首项也是最基本的制度框架依据，国务院2013年9月18日印发的《总体方案》，也为上海自贸试验区的知识产权制度创新提出了要求。
《总体方案》第二部分“主要任务和措施”中“加强政府职能转变”一节，明确规定将知识产权纳入集中统一的市场监管综合执法体；建立知识产权纠纷调解、援助等解决机制。上海自贸试验区建设的重要任务之一是深化行政管理体制改革，加快转变政府职能，改革创新政府管理方式，按照国际化、法治化的要求，积极探索建立与国际高标准投资和贸易规则体系相适应的行政管理体系，推进政府管理由注重事先审批转为注重事中、事后监管。自贸区知识产权保护创新首先是知识产权行政管理体制改革，直接涉及以下两个方面：
1．将知识产权纳入集中统一的市场监管综合执法体系
上海自贸试验区知识产权行政管理改革首先是加强同其他监管部门的职能整合与配合，建立自贸区行政管理体系，提升市场整体监管效能。
2．建立知识产权纠纷调解、援助等解决机制
上海自贸区重视知识产权的争议的有效解决，除通过司法途径解决外，还提供多元化的争议解决方式，便利当事人争议解决，充分保障合法权益，促进公平竞争。
《总体方案》中的其他部分内容虽未直接涉及知识产权规定，但是从未来具体适用上也可以涵盖知识产权方面。《总体方案》第二部分“主要任务和措施”第二项“扩大投资领域的开放”，其中“扩大服务业开放”和“探索建立负面清单的管理模式”及“构筑对外投资服务促进体系”的相关规定，第三项推进贸易发展方式，“深化金融领域的开放创新”等规定为自贸区知识产权服务业的开放与国际化发展提供了基本制度依据。《总体方案》第三部分“营造相应的监管和税收制度环境”中“创新监管服务模式”、“坚决实施二线高效管住”、“进一步强化监管协作”等规定，为自贸区海关知识产权保护创新奠定了基本目标与措施基础。
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