税务稽查风险存在于税务稽查管理的各环节中，稽查选案、实施、审理、执行四个执法环节中均存在着税务稽查执法风险问题，具体表现在以下几个方面：
（一）违法案件事实调查不清
在税务稽查过程中，容易出现对当事人涉税违法事实调查不细致，造成违法事实不清就草率作出税务处理或者处罚决定，引起败诉的风险。例如，在对纳税人增值税纳税情况进行检查时，涉税违法行为发生的所属时期含糊不清，纳税义务发生的时间未严格按月份来划分等问题，都是事实不清的常见表现，如果这样的问题未得到及时纠正，侵犯了纳税人的合法权益，在诉讼中败诉的风险极大；或者造成少征税款，使国家税收蒙受损失，也易造成失职、渎职，甚至触犯刑律。
（二）定案证据不足
证据是用来证明案件真实情况的依据，对于涉税违法行为的定性起着决定性的作用。但在实际工作当中，重事实而轻程序、重程序而轻证据的现象时有发生，稽查人员缺乏证据链意识，加之一些客观原因造成案件证据不足或缺失，对案件结论的正确性产生很大影响。特别是当《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》等具体行政行为一经作出，如果证据不足，或者是没有证据，就不具备法律效力。如果作出的决定是错误的，不仅侵犯了被查对象的合法权益，对税务机关和税务人员来说也是一种过错，不仅存在行政诉讼中败诉的风险，问题严重的税务机关将受到《国家赔偿法》的追究，税务人员也将受到行政责任的追究。
（三）法律依据引用不准确或引用错误
在办理涉税违法案件时应以事实为依据，以法律为准绳。在实际工作当中，对查出的涉税违法行为在法律依据引用上不准确，甚至出现错用法律法规的情况。有的属于法律级次应用错误的问题，应该适用上位法的适用了下位法，应该适用法律法规的，适用了规范性文件；有的属于适用了已失效法律法规或者规范性文件的问题；还有的属于错用法律法规的问题，造成很大的执法风险。比如，错用法律法规将导致涉税违法行为定性的准确性，从而侵害被查对象的合法权益，在行政诉讼中存在败诉的风险。
（四）检查程序违法
税务行政执法程序最重要的原则和特征就是程序法定。程序合法在税务稽查中极为重要，程序合法要求检查人员必须严格遵循法律法规中关于检查方式、步骤、时限、顺序、权限的各项规定。在检查环节，违反法定程序行使税收执法权，从而导致执法过错，往往容易被执法人员忽视。常见的有《税务检查通知书》、《询问通知书》等文书的滞后下达；稽查期间单人上岗；调取账簿等会计资料时不按规定办理手续，调取的资料不退还或仅退还部分资料；稽查局局长权限实施不当等等。以上执法程序的违法，必然直接侵犯纳税人的合法权益，导致税务机关在行政复议、行政诉讼中败诉，执法人员将承担民事赔偿责任，同时，也将受到行政处分，情节严重的将构成玩忽职守罪和滥用职权罪。
（五）违反合理行政原则
依法行政应当遵循公平、公正的原则。对稽查查出的问题的处理，不但要做到事实清楚，证据确凿，程序合法，而且要定性准确，税务处理要与违法性质、情节、程度相适应，做到处理适当。但在实际工作中，一些执法人员违反“比例法则”，即行政处理手段与违法行为造成的危害性不成比例，在税务行政处罚上体现为违反“过罚相当原则”；滥用行政职权，违法裁量；多种行政手段能达到行政目的时，采取了损害纳税人权益的方式。滥用税务行政自由裁量权必然带来具体行政行为被撤销。
（六）执法中未履行保密义务
《中华人民共和国税收征收管理法》明确规定，税务机关应当依法为纳税人、扣缴义务人保守个人隐私以及商业秘密。例如，检查人员因直接接触纳税人各类资料，并对检查中获取的秘密信息公开披露，导致他人利用该技术信息和经营信息谋取经济利益，则可能构成侵犯商业秘密罪；检查证券公司、上市公司时，检查人员对涉及证券的发行、交易或者其他对证券价格有重大影响的信息进行披露，将可能构成内幕交易、泄露内幕信息罪；检查金融、军工、部队、尖端科学等保密单位时，如果不注意保密，将有可能承担过失泄露国家秘密罪。
（七）执法中滥用职权
行政执法的原则是“行政主体无明文规定的行政行为违法；民事主体无明文禁止的行为合法”。因此，税务机关只能就法律授权的检查项目和范围进行检查，不能随意改变和扩大执法权力，否则就会有滥用职权之嫌。
一是滥用检查权，侵犯公民人身权、住宅权。《中华人民共和国税收征收管理法》赋予了检查人员在纳税人的生产、经营场所和货物存放地的实地检查权，但在纳税人的生产、经营场所和货物存放地与其住所一致时，能否进行检查，相关法律并无规定，该权力的行使不当，将构成非法搜查罪。纳税人（尤其是个体户、私营企业）的生产、经营场所、货物存放地等业务场所与生活居住场所合用的情况比较普遍，税务机关应当区分业务场所与生活居住场所的界限。纳税人即便不配合、拒绝检查，把部分进货、销售单据、货物存放在生活居住场所拒绝税务人员进入，稽查人员也不能强行搜查、实施现场检查权。
二是强行搜查获取证据。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十四条规定，税务机关有权检查纳税人的账簿、记账凭证、报表和有关资料，检查扣缴义务人代扣代缴、代收代缴税款账簿、记账凭证和有关资料；有权责成纳税人、扣缴义务人提供与纳税或代扣代缴、代收代缴税款有关的文件、证明材料和有关资料。但是，法律并未赋予税务机关类似公安、安全、检察等机关所享有的搜查权力。检查与搜查的含义有着很大的区别，税务人员只有检查权而没有搜查权，检查的度把握不好就有可能成为搜查，强行“检查”变成“搜查”，是不可取的。
三是违规行使调账权。如果调取账簿之后在限期内查不完怎么办?《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第八十六条规定，经县以上税务局(分局)局长批准，可以将纳税人以前会计年度的账簿、记账凭证、报表和其他有关资料调回税务机关检查，但是税务机关必须开付清单，并在3个月内完整退还；有特殊情况的，经设区的市、自治州以上税务局局长批准，可以将当年的账簿资料调回检查，但是必须在30日内退还。超过了这个期限，而检查尚未结束时，是否可以实施连续调账的方法，即再下达一个调账通知书，把纳税人的账簿调回。对民事主体而言，法无明文禁止即自由，没有禁止的都可以为之；而对行政主体而言，法无授权即禁止，没有授权的都不可以为之。法律没有规定可以连续调账，则就无权连续调账，这种延期调账行为的程序是不合法的，程序不合法将导致证据无效。因此，只能在规定期限内将账簿资料退还给纳税人，在纳税人处继续检查账簿、凭证等资料。
四是税收保全措施、强制执行措施过当。《中华人民共和国税收征收管理法》规定，纳税人在税务机关采取税收保全措施后，按照税务机关规定的期限缴纳税款的，税务机关应当自收到税款或者银行转回的完税凭证之日起1日内解除税收保全；查封、扣押商品时，查封、扣押财产价值不得超过应纳税额、滞纳金和扣押、查封、保管、拍卖、变卖所发生的费用总和，并且不得查封、扣押纳税人个人及其所扶养家属维持生活必需的住房和用品。如果执行过当，则有可能构成滥用职权罪。
（八）执法中玩忽职守和徇私舞弊
一是玩忽职守，导致违法犯罪。检查人员严重不负责任，不履行或者不认真履行职责，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失。例如，检查人员应该外调的案件不外调，应该函查的案件不函查等，除承担行政责任外，给国家税收利益造成重大损失的，可能构成玩忽职守罪。审理人员在日常工作中，对检查情况不加审查，即认定处理；对案件证据不进行审查，证据是否合法有效、是否与案件有关联等不进行审查；对已有证据与认定事实之间的印证关系没有进行审核；对事实不清、证据不足、资料不全的案件未要求进行补正，草率定案，造成税款的多征或少征；不按相关税种的规定结算方式计算查补税款，造成多征或少征税款。税务处理决定下达后，如纳税人未按期及时缴纳税款，稽查执行人员应按规定程序采取强制措施，确保税款及时、足额入库。对于纳税人有可供执行的财产，执行人员如不作为，将有可能涉嫌玩忽职守罪。
二是徇私舞弊，涉嫌犯罪。检查中，检查对象为亲戚、朋友的情况不可避免，如果不按照规定进行回避，并且为徇私情对应当查补征收的税款不查补征收或少查少补。或者隐瞒案件情况、指使检查对象掩盖违法事实、帮助纳税人毁灭、伪造证据材料等行为，如果致使国家税收损失累计达l0万元以上的，或涉及税款不满10万元，但具有索取或者收受贿赂等情节，即达到了刑事立案标准，则构成徇私舞弊不征、少征税款罪，帮助毁灭、伪造证据罪等。
三是不按规定移送，涉嫌犯罪。《中华人民共和国税收征收管理法》明确规定，对纳税人涉嫌犯罪的案件均应依法移送公安机关处理。但在实际工作中，这一点往往容易被忽视，一些稽查人员认为，只要税款、罚款能够追缴回来，不给国家造成损失就可以了，可不追究法律责任。这种心理极其错误，将给稽查人员造成很大的执法风险，法律明确规定，涉税检查过程中，因移送而未移送的案件，造成当事人走逃，国家税收利益损失的，执法机关将可能构成徇私舞弊、不移交刑事案件罪和玩忽职守罪。
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