基础教育与高等教育投入失衡。教育体制与财政体制不协调，基础教育严重依赖于基层财政。在我国的教育体制中，基础教育以县乡为主，高等教育以中央和省市为主，县乡政府是基础教育任务的主要承担者。而在我国的财政体制中，财政资金的分布与基础教育任务的分布恰好相反，上级政府财力分配权力大于下级政府，地方财力分配主要是在省市，而乡是财力最弱、财权最小的一级政府，财政权力结构的不合理，导致了基础教育与高等教育在财政投入上存在巨大差异，而近年来的研究表明，“对社会而言，在基础教育层次的投资回报要远远高于高等教育层次”[25]。
城乡教育投入比例失衡。虽然，“以县为主”的教育行政体制，再加上2005年农村义务教育保障新机制的施行，城乡教育差异问题在近年来得到有效改善。《中国教育经费统计年鉴2011》显示，2010年，城乡公用教育经费指标基本持衡。但是，在城乡二元结构下，形成了教育资源“城市优先”的价值取向，乡村教育事业缺乏经费投入。而且，除了教育经费的投入外，现行制度在教师编制、学生城乡流动、历史积累问题上还存在一定的障碍。[26]而一直存在的教育城乡二元结构，有些学者认为，已经达到了历史性的高度——“城乡教育的制度性落差，成了一个关乎良心、历史和正义的话题，必须进行道德和价值反思。”[27]
教育资源投入地区差异较大。自实行改革开放以来，我国的国家经济政策都倾向于东部地区，间接地导致了东西部在教育资源投入上的差距，无形加大了教育资源投入上的地区差异。据教育部财政司统计，2010年，我国省际初中教育生均经费，最高的北京为19517.8元，而最低的河南则仅有2691元，相差7倍以上。[28]在现有的财政分权的背景下，中国地区间经济状况是解释教育资源配置差异的最主要原因，[29]再加上政府间转移支付机制的不完善，政府难以有效调节地区间教育水平的差距，导致贫困地区的公共教育资源配置较少、教育水平较低。
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