目前我国尚无专门的行政检查法律规范，有关行政检查的程序性规定散见于一些法律、法规以及地方和行业的规章之中。上海市政府曾颁发文件，实施行政检查、行政处罚、行政强制等“三个行为”告知制度，对行政检查的程序有所规定。在档案领域，一些地方已制定制度，规范档案行政检查的程序，其规定虽不尽完全统一，但总体上是一致的。
根据一些地方的规定和实践，档案行政检查一般有下列程序：
事前通知。事前通知就是档案行政管理部门在实施行政检查前，将检查的时间、内容等事项预先通知检查对象，目的是让对方提前了解检查要求，做好被检查的准备。事前通知对行政管理相对人贯彻执行档案法律、法规还有督促作用。
需要指出的是，事前通知不属档案行政检查的必需程序。事先通知的特点是检查活动在事先就公开化、透明化。但是，并非所有档案行政检查都需要、都可以事先公开化，相反，有些检查活动往往采取突击的方式而需要加强事前保密，如档案行政管理部门对涉嫌档案违法的行政管理相对人的检查就不宜事前通知而需加以保密，以防其隐匿实情。因此，是否事前通知需权衡利弊。事前通知通常适用于档案行政管理部门组织的大范围的检查活动，如一般检查，以及其他对检查有利的情形。
现场告知。现场告知是指档案行政管理部门在检查现场将检查活动的有关事项告知被检查对象。现场告知是档案行政检查的必要程序。这是由于档案行政检查是检查主体以强制性方式实施的行政行为，因此，必须向行政管理相对人告知检查的法律依据、检查机关的法定职权以及检查对象的义务，使双方在检查中均依法履行权利和义务。
现场告知应当采用书面形式，告知的主要内容为：
1.检查的依据，即该档案行政检查活动依据或适用的档案法律、法规、规章、行政决定及其具体内容规定。
2.档案行政管理部门实施行政检查的职权依据。
3.检查内容，即检查的具体内容范围和项目。
4.对档案行政执法人员的法定要求。
5.行政管理相对人对检查活动的权利和义务，主要是有接受依法实施的检查的义务以及对不合法律、法规、规章规定的检查活动有拒绝的权利。
6.检查机关及检查日期。
《行政检查告知书》示例
×××档案局
行政检查告知书
编号：
（被检查人或单位）：
根据《中华人民共和国档案法》《中华人民共和国档案法实施办法》《上海市档案条例》和（按实际情况填写）等规定，本机关现对你（单位）实施行政检查，并将有关事项告知如下：
一、本次行政检查的主要内容是：（按实际检查内容填写）。
二、检查人员应当两人以上，必须至少有两人持有、出示行政执法证。
三、对依法进行的检查，被检查人（单位）应当予以配合。
四、凡检查人员不按规定出示行政执法证表明执法人员身份的，被检查人（单位）可以拒绝接受检查。
×××档案局（公章）
行政执法人员：（签名）
年 月 日
执法人员表明身份。参加检查的档案行政执法人员出示行政执法证件，表明具备行使行政检查这一执法职权的合法资格。档案行政执法人员证件应当是国家档案局或地方政府统一制发的有效证件。
实地检查。档案行政执法人员以听取检查对象有关情况的介绍、抽检档案实体、检查档案目录资料、查看档案管理设施以及检查了解特定的情况等方式实施实地检查。
反馈检查结论。将检查的结果向检查对象反馈。检查结论应当采用书面形式，可以在实地检查之后当场做出，也可以离开检查现场之后制发。凡离开现场后制作书面结论的，应在检查现场先以口头形式反馈检查情况，并在规定日期内尽快制发书面结论。
书面检查结论应载明：
1.检查对象。
2.检查结论意见以及视情作出的整改建议。
3.检查机关及公章。
4.检查日期及制发检查结论的日期。
《行政检查意见书》示例
×××档案局
行政检查意见书
（被检查人或单位）：
本局于 年 月 日对你（单位）进行档案行政检查，认为：
（简要小结、概括被检查人或单位档案工作主要情况）
建议：
（根据实际需要填写）
请你（单位）于 年 月 日前将整改报告报我局。我局将适时组织复查。
×××档案局（公章）
年 月 日
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