（1）因地制宜，合理施用。由酸性火成岩形成的黄、红壤，硼、锌、钼等微量元素较为缺乏，在生产上应有针对性地施用这些微肥。辣椒在合理轮作、增施有机肥料的条件下，一般不易发生微量元素缺乏症，因此施用微肥要有针对性，亦应因地制宜，注意辣椒缺素症的表现。要经分析和测验才能确定是否缺少某种元素，只有有针对性地施用所缺少的微肥，才能提高施用效果，达到促熟、增产的目的。
（2）严格控制微肥施用量。微肥用量过大对辣椒会产生毒害作用，而且还可能污染环境和危害人、畜健康。因此要严格控制微肥用量，力求施用均匀。一般微肥可与氮、磷、钾肥混合施用，但应避免局部浓度过高的危害。根外喷施微肥时，浓度要适宜，不可随意增加用量或提高浓度，如确实需要高浓度，不可超过规定浓度的20％。
（3）配合增施有机肥料。实践证明，增施有机肥料能大大提高施用微肥的效果。因为增施有机肥料既能增加土壤的有机酸，使微量元素呈可利用状态，又能在微肥过量时，缓解微肥产生的毒性。有机肥本身也含有数量较多、种类齐全的微量元素，在微肥缺乏地区尤其要注意加大有机肥料的施用量。
（4）配合施用氮、磷、钾等大量元素。虽然微量元素和氮、磷、钾都是同等重要和不可代替的营养元素，但在农业生产中还是应首先满足辣椒对大量元素的需要。因为只有在施足大量元素的基础上，微量元素的效果才能充分发挥出来。如果忽视了大量元素肥料的施用，一味依靠微肥发挥作用，那是不科学的。微肥必须在氮、磷、钾等大量元素满足的条件下，才会表现出明显的促熟、增产作用。如微量元素充足，而大量元素保持常量，则大量元素将成为促熟、增产的限制因素。
（5）种子处理，包括浸种和拌种两种方法。浸种时将种子浸入微量元素溶液中，种子因吸收溶液而膨胀，肥料随水进入。常用的浓度是0．01％～0．1％，时间是12～24小时。拌种是用少量水将微量元素肥料溶解，将溶液喷洒于种子上，搅拌均匀，使种子外面沾上溶液，然后晾干播种，一般每千克种子用2～6克肥料。
（6）根据不同需要选用不同的施用方法。微量元素肥料的施用方法很多，有土壤施肥、种子处理和根外追肥等。土壤施肥，即作基肥、种肥或追肥时，把微量元素肥料施入土壤。这种施法虽然肥料的利用率较低，但有一定的后效，含微量元素的工业废弃物和缓效性微肥常采用这种施肥方法。从多年生产实践看，凡可以作基肥的微肥，其效果往往优于拌种或喷施，且肥效期长，一般可供下茬作物吸收，故目前推荐微肥作基肥用，既简便易行，又增产明显。但硫酸亚铁一般不直接作基肥，多为叶面喷施。其他微肥基施的亩用量为：硫酸锌1～2千克、硼砂0．5～0．75千克、钼酸铵50～100克、硫酸锰1～2千克、硫酸铜1～1．5千克。施用时，将微肥拌5千克左右干细土，混合均匀，然后撒于地表，翻耕入土。也可以条施或穴施。
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