长期以来，由于农村环境管理和污染治理既缺乏财政资金来源，也缺乏筹资手段，农村环境的基础设施相对滞后，农村环境问题日益突出。随着农村经济的发展和农民生活水平的提高，人们对环境质量的要求越来越高，因此，新形势下的环保工作必须实现“两个转移”：①实现环保工作由城市向城市和农村并重转移。②由工业向工业和农业并重转移。同时针对当前农村环境存在的突出问题，实施对农村环境进行综合整治，这也是建设社会主义新农村的需要。
实施农村环境整治首先必须加大对农村基础设施的投入，多渠道筹集资金是当前加强农村环境管理的必要举措。
一是加大财政资金对农村环境管理的投入力度。各级政府要将解决农村环境资金投入列入财政预算，明确解决农村环境问题的资金渠道和部门责任，使农村的环境管理体系建设和聚居点的污染治理基础设施建设有明确的资金来源。
二是要加大排污资金用于农村环境污染治理的比例，以体现对受害者的补偿。
三是有针对性地解决部门分割、重复建设等问题，对于涉及农村环境问题的治理，应将治理资金集中到一个部门统一调配。
四是对于村民或农村聚居点的公共设施或公共服务投入资金，应逐步建立村民自主决策机制，以“一事一议”的形式由农户投资建设。
五是根据“谁污染谁治理”“谁治理谁收益”的原则，依据相关法规和标准，向所属单位和村民收取相关费用。
六是对一些基础设施的投入可采取市场化的运作方式，吸收外来资金用于公益投入。
七是鼓励社会各界捐资支持参与农村环境整治工作。富裕的农户应该对当地的环境美化提供资金赞助，这是功德无量的善事。
解决农村环境整治经费既要“开源”，也要“节流”。环境整治规划应与经济建设、城乡建设规划相配套，避免重复建设，重复投资。要切实加强对农村环境整治经费的专项管理，力求做到专户储存，专款专用，专项管理。要提高资金的使用效率，对工程经费一律要通过招标并凭中标合同及工程验收报告支付，纪检、审计、财政等部门要对农村环境整治资金进行全程监督管理。对违反规定使用农村环境专项管理经费的必须严肃处理，确保农村环境保护专项经费真正用于农村环境保护工作。
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