20世纪80年代末，学校健康教育除在课堂讲授卫生知识外，还在课外开展健康咨询、家庭访视和卫生服务；到了90年代，在加强心理卫生、青春期卫生的基础上，更加关注营养卫生、环境保护和自我保健方面的教育；进入新世纪以来，加大了控烟宣传教育，以及预防性病、艾滋病和吸毒的宣传力度，丰富了健康教育的内容，对学生增长健康知识，树立健康意识和养成健康行为发挥了重要作用。
表7－14 1990年以后正式出版的学校健康教育教材名录
1990年－2005年间，在国家教委提出的“一纲多本”的原则指导下，学校健康教育教材又添新作，新增课本43套，教学参考20套，为以课堂教学为核心的学校健康教育提供了条件。
开课率是衡量学校开展健康教育的重要指标之一。截至1992年8月，健康教育课已在广东、黑龙江、辽宁等11个省（市）全面铺开。其中深圳、沈阳、大连三个城市的开课率均达到90%以上，山东、上海、吉林、内蒙古、贵州等8省（自治区、直辖市）也有开课率勉强达到50%的地（市）、县。绝大多数学校做到了有课时、有课本、有专（兼）职教师和定期考核制度。
截至1998年，全国爱卫会对32省（自治区、直辖市）的省会市和计划单列市的各3所学校健康教育工作的抽样检查结果表明，所有被检查学校都能认真按照《学校健康教育评价方案》的要求开展健康教育工作。按照《学校健康教育评价方案》要求统计，总符合率为91．0%，其中，学生健康知识知晓率为89．2%。
近10年来，除安排正常的课堂教学外，各地学校还开展了生动活泼、形式多样的传播卫生知识和养成健康行为的课外活动。利用黑板报、墙报、广播等方式传播卫生知识；在班队会上举办卫生知识讲座；开展卫生知识竞赛；举办卫生征文、文艺演出活动；开展自办《小小卫生报》，创作卫生漫画、撰写卫生日记等。有条件的学校还利用幻灯、电影、录像等现代化手段，或利用挂图、模型等直观教具进行健康教育；有的地方还举办中小学生卫生知识电视大奖赛或卫生知识课堂教学赛；有的地方还开办健康教育第二课堂或学生家长健康学校等，均取得了很好的效果。
我国学校健康教育的行政管理与业务指导机构，至20世纪90年代就相当健全和完善。
至2005年，教育部体卫艺司设有学校卫生处，各省、自治区和直辖市及县级教育部门设有体育卫生处或体育卫生科，配备有专人或兼职人员管理学校健康教育工作。不少省市设有中小学生保健所。每个学校一般都有一名校长，会同校医和保健教师负责本校健康教育工作的实施。
（续 表）
在国家卫生系统，卫生部内设有负责学校卫生监督、学生常见疾病防治和学校健康教育工作的卫生法制监督和疾病控制司。在各省、市、县的卫生部门，设有相应的机构和科室，有专职或兼职人员负责学校健康教育工作。在城乡社区卫生服务中，中小学的健康教育工作是他们的重要任务之一。
教育系统和卫生系统相互协作，共同对全国范围内的学校健康教育和健康促进工作进行行政管理与业务指导，形成了我国学校健康教育和健康促进工作的指导与实施网络。
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