1940年，在“为清华服务二十五周年公祝会”上梅贻琦动情地说:“在这风雨飘摇之秋，清华好像一条船，漂流在惊涛骇浪之中，有人正赶上驾驶它的责任，此人必不应退却，必不应畏缩，只有鼓起勇气，坚忍前进，虽然此时使人有长夜漫漫之感，但我们相信，不久就要天明风定。到那时，我们把这条船好好开回清华园;到那时他才能向清华的同仁敢告无罪。”他如此勇敢，又如此坚韧。他如此谦逊，又如此充满自信。其赤诚之心，感动了所有的清华人。
梅贻琦与清华教授评议会成员合影
抗日战争胜利后。梅贻琦先到南京办理西南联大的善后工作。随后联大结束，师生陆续返回北平和天津。回北平后，梅贻琦立即开始了接收校舍、筹备复校的工作，并继续担任清华大学校长，主持清华的工作。梅贻琦和清华师生凭着百折不挠的坚强意志通力合作，在极其困难的条件下，恢复正常的教学。
1946年10月，梅贻琦在清华园主持复校后的第一个开学典礼。他向全校师生公布拟定的《清华复员后院系充实计划》，他对清华即将开始的新时代充满信心:“必使其更发扬而光大，俾能负起清华应负之使命。是则我校同仁在复校工作大致就绪之今日，犹日夜孜孜不敢不努力以赴也。”
清华原址面积只有一千二百亩。复原后清华接受了原日伪土木专科学校及邻近土地，作为增设的农学院校舍。在校园南面又购地几百亩，建设教授住宅，取名“胜因院”，建设教职员住宅区取名“普吉院”。在校园东面购地建设工学院实验馆。到1948年，校园面积扩大到一千六百多亩，建筑面积增至十万平方米。
清华的院系也在增多。在抗战前农业研究所的基础上成立了农学院。文学院增设了人类学系，理学院增设了气象学系，法学院增设了法律学系，工学院增设了航空工程系、化学工程系和建筑工程系。新成立了心理学、地学、社会学、气象学、土木工程、机械工程、航空工程、化学工程、建筑工程、植物病理、植物生理、昆虫学等研究所，共有文、法、理、工、农五个学院，二十六个系，一个研究院和二十三个研究所。全校师生员工三千多人，办学规模远超抗战以前。
梅贻琦办学，一贯主张学术自由，对不同思想兼容并蓄，校方不干预学生和教师的政治思想。林从敏回忆说:“梅校长主持清华，始终以民主思想，学术自由的开明政策为治校原则。他对左右派思想兼容并蓄，从不干涉。例如张申府教授夫妇，是当年在法国介绍周恩来参加国际共产党的人，当时竟然是哲学系教授。”
抗战期间，国民党政府就向梅贻琦施压，要求解聘闻一多、张奚若等左翼教授，梅贻琦不予理睬。抗战后，梅贻琦坚持聘请李广田、费孝通等民主人士来校任教。1948年北平警备司令部指控历史系教授吴晗煽动学生运动，要求查办，梅贻琦及时通知吴晗脱险。
曾担任过梅贻琦秘书的傅任敢回忆说:“做领袖的人有两种:一种使人慑服，一种使人悦服。毫无疑问地，教育工作者应当使人悦服，而不在乎使人慑服。因为教育的出发点是爱，梅校长的品性中深深具有这一点。他爱学校，所以，把他一生献给了学校。他爱国家，所以，在抗日时把他的儿女打发到远征军去。他爱同事，所以待人一视同仁，从无疾言厉色。他尤其爱青年，所以，在每次学潮中他都以自己的力量掩护着青年的安全。”
1945年12月1日，昆明发生震惊中外的“一二·一”惨案。全市大中学校罢课声讨国民党军警镇压教师和学生。梅贻琦在记者招待会上谴责说:“地方最高当局于惨案形成期内，实总揽当地军政大权，对于学生集会，施与高压，应负激成罢课风潮之责任。”“军政当局对于各校学生校内集会尚加干涉，并颁禁令，何以对于暴徒结队杀人，叫嚣过市，置若罔闻。此种矛盾措施，更足以证明暴徒闯入学校，捣毁校具，殴杀学生，实为当时军政当局之责任。”
1948年8月，国民党“特刑厅”连续给清华发来两份拘留名单。梅贻琦一面召开紧急教授会，商讨应对办法;一面把公函内容印制成大字报向全校公布，通篇实际上只有一句话:“你们所要的人，学校里一个也没有。”
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