在牙周基础治疗6～8周后，牙龈炎症基本消退。患者良好的口腔卫生习惯基本建立。此时如果患者身体基本健康，但牙周检查仍有5mm以上的牙周袋且伴探诊出血的位点，可考虑对此位点实施牙周手术。如果患者未建立良好的口腔卫生习惯，或患者为重度吸烟者（＞20支／天），手术的长期疗效往往不佳，可暂缓手术，选择定期进行牙周基础治疗以控制病情。有文献报道，对牙周探诊深度为5～7mm的位点，牙周基础治疗和手术治疗5年后观察疗效相近，而牙周探诊深度＞7mm的位点，采用手术治疗的长期疗效优于基础治疗。
（一）翻瓣术
将袋内壁切除并翻开黏骨膜瓣，在直视下进行根面及软组织清创，同时可对病理性骨突进行修整，以恢复牙周组织的生理形态和功能。翻瓣术是牙周手术的基础。
（二）牙冠延长术
由于牙折、根面龋的原因而造成牙齿修复困难或充填困难时，常需通过牙周手术的方法去除部分牙槽骨以充分暴露断缘或根面龋，并保持正常的生物学宽度，达到修复和保留患牙的目的。进行牙冠延长术前常需和修复医师合作进行手术设计，以达到较好治疗效果。
（三）植骨术
在根分叉区病变或垂直性骨吸收处，通过自体骨、异体骨或骨替代品达到充填骨缺损，达到引导牙周组织再生的目的。
（四）引导性组织再生术
利用可降解或不可降解的生物膜性材料，使牙周膜细胞优先占领术区的根面，形成新的牙骨质、牙槽骨和牙周膜。引导性组织再生术（Guided tissue regeneration, GTR）是较为理想的促进牙周组织再生的术式，常和植骨术结合使用，对三壁骨袋有较好的疗效。
（五）截根术、分牙术、半切术和隧道成形术
这些术式主要针对不同程度的根分叉病变，根据具体情况选择适当的方法以保留患牙。
（六）牙种植术
对于无法保留的患牙拔除后，用外科手段将人工牙根植入牙槽骨内以支持上部结构义齿修复体。
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