在日耳曼语系和汉语语系中，“科学”一词是一个含混的概念，不仅包括自然科学与社会诸学科，有时也当作形容词使用；在其他语言中，如英语、法语、意大利语中，科学仅指自然科学，当且仅当以全称方式直接限定为“社会”科学时才指称社会科学。[13]因此，哲学与具体科学（而非指具体学科）的关系主要表现为哲学与自然科学的关系。自1996年新“科玄”之争以后，[14]隶属哲学领域里的科学哲学家们再无人回到他们原来所属的科学共同体里“指手画脚”。同时，由于自然科学本身的进展，科学哲学家对原来隶属的自然科学诸学科共同体的最新进展引起的新话题，有“资格”参与谈论并提供有益启发的已经鲜见。尤其是原属于自然科学领域下的某学科共同体的成员大多是在被该共同体边缘化后才从事科学哲学研究的，这意味着科学哲学领域已经丧失了继续推动“自然科学哲学问题”研究的能力。即使是科学哲学界依旧有兴趣所谓的“最前沿”问题，如“EPR”争论，也是发生在1935年。后来的哲学家们所能提供的种种解释和理解即使再完美也不可能对几十年前已经发生的事情进行“指导”或直接干预，充其量只能是“事后诸葛亮”的角色。因此，哲学，即使限制或具体到科学哲学领域，它与具体科学的合作在知识的互动层面也无从谈起。
在科学哲学领域，自世纪之交以来，①随着科学技术的发展，新学科和交叉学科的不断涌现，国家于2006年对现行国家标准进行修订并执行。该标准规定了学科的分类与代码，即《中华人民共和国学科分类与代码国家标准》（简称《学科分类与代码》），是中华人民共和国关于学科分类的国家标准，标准号是“GB/T 13745 92”，简称国标。在国标系统自然科学类中，有数学、信息科学与系统科学、力学、物理学、化学、天文学、地球科学、生物学8门。其中，仅次于数学的自然科学就是“信息科学与系统科学”，主要包括：信息科学与系统科学基础学科、系统学、控制理论、系统评估与可行性分析、系统工程方法论、系统工程、信息科学与系统科学其他学科7门类三级学科。该标准的执行既意味着对中国学者在20世纪90年代前后在科学哲学事业下的所谓“新老‘三门’”工作的肯定，也意味着“新老‘三门’”之类的提法已不合时宜，尤其是将其归结为介于包括社会科学诸学科在内的各门具体学科与哲学之间“一般方法论”等提法和分类法的否定。也就是说，原来被认为是从事科学哲学事业下的“一般方法论”工作，现已明确属于自然科学事业而非哲学事业。在这种背景下，在世纪之交原属于科学技术哲学领域的学者出现了分化，一部分回到了经典的人文领域尤其是分析哲学领域；一部分回到了自然科学研究领域（尤其是信息科学与系统科学领域），一些坚持从伦理学角度诠释科技发展中出现的问题，还有一部分从事管理学和社会服务性质的科学技术与社会的研究。
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