对企业而言，技术创新是一种有组织的活动，组织方式直接影响企业创新活动的效率。因此，企业应该综合考虑技术创新项目的战略目标、创新项目的规模、创新的技术变革程度、创新的资源条件、创新人员的素质和创新项目面临的市场环境等因素，设计合适的技术创新组织结构。
在进行创新组织形式选择时，需要着重考虑以下几个方面的问题：
(一)是否设立专门的创新组织机构
在实施一项技术创新任务时，企业在组织形式上有两种选择：一是将R＆D部门作为研究与开发的职能部门，创新过程各个阶段的工作由不同的职能部门分别完成，如R＆D部门负责基础研究和应用研究，然后把研究成果向制造部门转移，最后由营销部门完成销售；二是成立专门的技术创新组织(如新事业发展部，或者战略创新项目团队)，由其完成创新全过程各个阶段的工作。这两种组织形式各有其优点，职能部门分工优点往往是专门创新组织机构的弱点，反之亦然。企业在创新活动中需要根据实际情况权衡利弊，作出最有利的组织方式选择。
由不同的职能部门分别完成技术创新各个阶段工作的优点，表现在三个方面：
一是职能分工可使各个部门把创新的阶段性任务内部化，使创新人员在自己最擅长的领域工作，因而阶段性创新工作效率较高。
二是职能分工可以有效地利用各个部门现有的条件和设施，节约创新资源。
三是职能分工有利于创新过程中各个部门在各自职能范围内的学习和技术积累。
但是，有分工就要有协调，分工越细协调就越困难，协调过程中的交易费用也就越高，创新过程各阶段之间的衔接会因职能部门之间的界限而受到一定的阻碍，从而导致技术创新整体效率的降低。
企业为技术创新任务的实施设立专门组织主要有以下五个方面的好处：
一是创新项目实施过程的各个阶段都会面临各种选择，需要作出决策。设立专门创新组织，便于明确决策的权限与责任，避免因权责不清而造成的效率损失。
二是各个职能部门主要关心本部门任务的完成，比如生产制造部门主要关心完成生产任务，营销部门主要关心销售额，当创新活动与企业日常的生产经营活动存在冲突时，创新活动往往会被放在第二位。专门的创新组织目标和责任明确，会全力推动技术创新，可以加速新技术的市场实现。
三是专门的创新组织内部有明确的分工，如概念开发、原型研制、样品完善、中试生产、市场分析、财务分析乃至包装运输及法律问题等都有专人负责，较好地解决了创新运行过程各阶段的不确定性问题。
四是创新过程也是一个积累经验，不断补充新知识，提高再创新能力的过程，设立各种形式的创新组织可以在不同的范围内和不同的层次上丰富企业的创新实践，以不同的形式进行组织学习，提高企业的市场竞争能力。
五是创新组织的设立从本质上说是一种组织创新，是技术创新推动组织创新的表现。有的创新组织形式能够有效地激励和保护员工的创造性和企业家精神(如内企业家)，有的创新组织形式则可以促进企业的成长与发展(如新产品事业部)。设立专门组织将有助于推动这种创新。
(二)集权与分权
创新过程中的集权是指在创新过程中把较多的决策权集中到企业高层主管人员手中，分权则是指把决策权更多地下放给创新项目或R＆D部门(在国际R＆D情况下，还包括不同的创新地点)，高层主管人员只保留对少数重要问题的决策权。
创新过程中集权的主要优点是：保证创新活动的整体协调和统一，使创新活动始终朝着企业的总体目标推进；能够有效地避免创新各阶段工作的重复，提高创新效率；此外，可保持对创新费用和风险的直接控制，避免产生重大失误和资源浪费。
创新过程中分权的主要优点是：能充分发挥创新项目或R＆D部门的主动性和创造性，有利于针对环境变化迅速作出反应，同时有助于技术创新人员之间的相互学习和交流。
在创新过程中，集权和分权应有机地结合起来，这样才能使技术创新组织既保持统一性又具有灵活性。影响创新过程中集权与分权选择的主要因素有：
1.技术变化的程度
对于重大关键性或激进创新，由于所面临的技术和市场的不确定性因素较多，风险较大，因此集权程度应大一些，而对于渐近性创新，分权程度可大一些。
2.创新产品面临的市场环境
在市场快速变化的情况下，顾客的要求应及时反映到创新决策中去，在这种情况下，分权程度应大一些，需要灵活处置的决策可更多地由创新项目或R＆D部门去做。如果市场比较稳定，则集权程度可以大一些。
3.创新人员的素质
若创新人员素质和技术水平较高，经验比较丰富，则分权程度可大一些，反之，集权程度应大一些。
4.创新项目的规模
小规模的渐近性创新项目是否实施可由具体部门决策，大规模的激进创新项目是否实施则应由高层主管决策。但是，项目规模越大，实施过程中的决策层次就越多，横向协调也就越困难，若权力过于集中则会延误决策时机、降低效率。因此，在保证大规模创新项目整体协调和目标一致的前提下，在具体的实施环节上也可以更多地分权。
(三)正式组织与非正式组织
企业的技术创新有些是由正式的创新组织实现的，有些则是由非正式的创新组织实现的。创新组织的正式或非正式是指创新组织受企业内部的制度及各种行为关系准则制约的程度，并没有一个严格的界限，受企业内部的制度及各种行为关系准则制约的程度越小，非正式程度就越高，反之非正式程度就越低。创新组织的非正式程度可以从组织的专业化程度、规范化程度、标准化程度、集中化程度和层次化程度5个方面加以描述。专业化、规范化、标准化、集中化、层次化程度越低，创新组织的非正式程度就越高。
技术创新是一种有组织的活动，采用正式程度较高的组织形式，有助于把握创新的方向，使创新活动与企业的总体战略目标保持一致，创新活动所需的资源投入也比较有保证。技术创新又是一种创造性的活动，这是它明显区别于企业其他活动的地方。因此，创新组织要解决的核心问题在于既要激发创新人员的主动性与创造性，又要使其服从创新活动的总体要求。但有研究表明，非正式程度较高的创新组织在激发创新人员的主动性与创造性方面有明显的优越性。
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