高速公路特许经营协议是多种关系的结合，这其中既有行政授予的内部法律关系，又有特许经营的外部法律关系，这其中主体包括行政机关、高速公路特许经营权人、第三人。在内部法律关系中，行政机关通过采用“行政合同”的方式授予了某个市场主体特许经营权，行政机关对特许经营权人的监督也是行政监督。而在外部法律关系中，特许经营权人与市场中第三人形成的法律关系属于民事合同。如果行政机关随意撤销对于特许经营权人的特许经营权，或者特许经营权人没有完全履行自己的义务，双方都可以基于特许经营协议而采取法律途径维护自己的权益。
在高速公路特许经营立法当中，要区分特许经营协议行政授予的内部法律关系和特许经营的外部法律关系。特许经营协议内部法律关系中出现的问题要通过内部途径去解决，特许经营协议外部法律关系出现的问题要通过外部途径去解决。尤其是在特许经营协议的外部法律关系中，在某些特定的情况下，特许经营权人与作为市场主体的行政主体或者市场主体第三人发生法律关系，行政主体不能采取一些单方行为来解决问题。简单来说，就是不能采取行政命令的方式去解决市场主体之间的问题。
特许经营协议是援用民法上的契约模式来达到行政目的的，在本质上必然符合契约的基本属性。正因合意才成为合同，这也是特许经营协议自身的优点和特征之一，即契约性。从这个角度看，意味着行政机关权力与相对人权利关系的重新配置，是权利对权力的一种有效控制，即行政机关权力的收缩和相对人权利与自由的扩大，它是以行政程序保障处于不对等地位的双方当事人之间平等协商的实现[12]。
高速公路特许经营协议是行政机关在公共管理领域为推行行政政策、实现行政目的服务的。在协议中，双方当事人形成的主要是行政法上的权利义务关系，这种权利义务关系与民法上的权利义务关系非常不同。民法上的权利和义务具有相对性，权利可以放弃也可以免除。而在行政法上，对于行政主体而言，权利和义务具有同一性，表现为权利的同时也表现为义务，权利既不能放弃也不能免除，必须行使，这也是行政合同的属性之一即行政性之所在。表现为行政主体对行政合同享有的行政优先权，即签订合同选择权、履行过程指挥权、单方解除合同权、违约行为制裁权。
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