随着农村个体私营经济的发展，城乡和地区之间资本流动的增多，农村非农产业资源配置方式的转型，特别是20世纪90年代中期乡镇企业改制后，农村集体建设用地的占有、使用、流转情况发生了很大变化，农村集体建设用地使用权流转的实际情形已远远超出法律的边界（国土资源部，2001；孟祥舟，2013）。虽然1998年修订后的《土地管理法》第六十三条规定“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设”，但突破这一禁止性规定的政策信号不时发出，实践中的突破性做法更是大范围存在。2003年中共中央3号文件《中共中央国务院关于做好农业和农村工作的意见》明确提出，“各地要制定鼓励乡镇企业向小城镇集中的政策，通过集体建设用地流转、土地置换、分期缴纳土地出让金等形式，合理解决企业进镇的用地问题”。2004年国务院28号文件《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》发出了互相矛盾的信号。一方面，重申“禁止农村集体经济组织非法出让、出租集体土地用于非农业建设”，“禁止城镇居民在农村购置宅基地”，这是在维护1998年以后形成的禁止集体建设用地使用权流转的制度安排；另一方面，却又提出“在符合规划的前提下，村庄、集镇、建制镇中的农民集体所有建设用地使用权可以依法流转”，这是在有限度地承认集体建设用地使用权流转的现实。2007年党的十七届三中全会《决定》提出，“在土地利用规划确定的城镇建设用地范围外，经批准占用农村集体土地建设非公益性项目，允许农民依法通过多种方式参与开发经营并保障农民合法权益”，“逐步建立城乡统一的建设用地市场，对依法取得的农村集体经营性建设用地，必须通过统一有形的土地市场，以公开规范的方式转让土地使用权，在符合规划的前提下与国有土地享有平等权益”。
国土资源部早在1999年就在一些地方部署集体建设用地流转试点。很多地方以党中央、国务院的文件为政策依据，陆续制定了集体建设用地流转管理办法（见表8）。2005年广东省率先以省政府令的形式发布《广东省集体建设用地使用权流转管理办法》，2006年、2008年湖北省和河北省也先后以省政府令的形式发布《湖北省农民集体所有建设用地使用权流转管理试行办法》、《河北省集体建设用地使用权流转管理办法（试行）》。2009年、2010年湖南省、上海市先后以政府办公厅转发的形式发布相关办法。江苏省尽管没有在全省推行集体建设用地流转试点，但1996年苏州市就出台了集体建设用地流转办法，1999年国土资源部将苏州市作为全国集体建设用地使用权流转的试点，2002年省政府批准昆山和海门为全省集体建设用地使用权流转试点单位，2006年又新增宿迁为试点单位，目前无锡、南京等地也在开展集体建设用地使用权流转（陈利根等，2009）。
表8 部分地区集体建设用地使用权流转探索
发文时间
发文方式
发文名称
适应范围
突破性措施
禁止性措施
1996年
苏州市政府文件
《苏州市农村集体存量建设用地使用权流转管理暂行办法》
苏州市城区规划区、县级市人民政府所在地的镇以及国家、省级开发区范围外的集体建设用地
集体建设用地（不含农民建房宅基地）的使用权通过有偿、有限期转让（包括作价投入和交换等）、出租等方式流转
流转的集体建设用地，不得举办大型娱乐和高档房地产开发项目
2002年
安徽省政府文件
《安徽省集体建设用地有偿使用和使用权流转试行办法》
省国土资源行政主管部门批准的试点乡（镇）
集体建设用地使用权可以转让、抵押、出租，农村村民宅基地使用权可以进行流转
集体建设用地使用权流转不得用于经营性房地产开发
2005年
广东省政府令
《广东省集体建设用地使用权流转管理办法》
全省
集体建设用地使用权可以出让、出租、转让、转租和抵押；兴办各类工商企业，包括国有、集体、私营企业，个体工商户，外资投资企业，股份制企业，联营企业等，可以使用集体建设用地；村民住宅用地使用权可随地上建筑物、其他附着物转让、出租和抵押
通过出让、转让和出租方式取得的集体建设用地不得用于商品房地产开发建设和住宅建设
2006年
湖北省政府令
《湖北省农民集体所有建设用地使用权流转管理试行办法》
全省
集体建设用地使用权可以出让、出租、转让、转租、抵押、入股以及以其他经双方协商一致的方式流转
严禁使用集体建设用地用于房地产开发和住宅建设
2008年
河北省政府令
《河北省集体建设用地使用权流转管理办法（试行）》
城市和镇规划区以外地区
集体建设用地使用权可以出让、出租、转让、转租和抵押
集体建设用地不得用于商品住宅开发
2008年
湖南省政府办公厅文件
《湖南省集体建设用地管理暂行办法》
全省
集体建设用地使用权可以出让、出租、作价出资（入股），可以使用集体建设用地兴办各类工商企业
商品房开发和城镇居民住宅建设禁止使用集体建设用地
2010年
上海市政府办公厅文件
《转发市规划国土资源局市农委关于开展农村集体建设用地流转试点工作若干意见的通知》
全市凡符合土地利用总体规划和城乡规划、依法取得的农村集体建设用地使用权，原则上均可流转
农村集体建设用地使用权可以通过租赁、出让、转让、转租等形式流转，用于工业、商业、旅游业、服务业等经营性项目；可以抵押
禁止使用农村集体建设用地进行商品住宅开发建设
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