2000年2月，国务院体改办、原国家计委等八部委联合下发了《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》，提出“合理划分卫生监督和卫生技术服务的职责”。2001年4月，卫生部办公厅下发了《关于疾病预防控制体制改革的指导意见》，明确了各级疾病预防控制机构的职能与任务，对各地进一步实施疾病预防控制体制改革起到了指导作用。2002年4月，经自治区政府批准，把原自治区、市、县级卫生防疫站的卫生执法、卫生监督职能整体划出，成立自治区、地市、县级卫生监督所，将自治区卫生防疫站、自治区劳动卫生与职业病防治所、自治区地方病防治所的疾病预防控制、公共卫生技术管理和服务职能集中，相应增加了预防、控制慢性非传染性疾病等工作职能，成立自治区、地市、县级疾病预防控制中心。各地按照依法行政、政事分开、综合管理的原则，调整卫生资源配置，开展了疾控、监督机构的调整。
2001年，新一轮的农村初级卫生保健（2001～2010年）工作启动。2002年10月，中共中央、国务院下发了《关于进一步加强农村卫生工作的决定》，要求从2003年起到2010年，中央及省、市、县级人民政府每年新增加的卫生事业经费主要用于发展农村卫生事业，包括卫生监督、疾病控制、妇幼保健、健康教育、农村卫生服务网络建设等。2003年3月，新修订的《农业法》正式施行，规定“国家鼓励、支持农民巩固和发展农村合作医疗和其他医疗保障形式，提高农民健康水平”。2003年起，宁夏选择平罗县、隆德县为新型农村合作医疗试点县，开始探索以政府组织引导、大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
1997～2003年，宁夏城市社区卫生处于探索和启动阶段。到2003年，通过医院延伸举办社区卫生服务站，全区建立了71个城市社区卫生服务站。
2003年，宁夏在全国率先建立并推行了食品卫生监督量化分级管理制度，使全区食品安全状况持续好转，食品卫生质量显著提高，食物中毒发生率大幅度下降。2003年8月，卫生部在宁夏召开了全国食品卫生监督量化分级管理经验交流会，将宁夏的工作经验向全国推广。与此同时，公共场所量化分级管理、医疗机构计分管理办法在全区推行。同样取得了显著成效。
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