地方政府反对户籍改革的背后，是他们认为赋予农民工市民化待遇将让地方财政背上巨大的财政包袱，并且短期看没有实际的经济效益。大量关于农民工市民化成本的测算的研究，似乎也在佐证这种观点。不少研究认为，当前农民工市民化的平均成本在10—14万元之间，并以此推论中国未来10—20年将为农民工市民化耗费总额20—50万亿的公共成本（张国胜，2009；国务院发展研究中心，2011；中国社会科学院，2013）。我们认为当前实施市民化政策的成本被严重高估。
一是在核算农民工市民化成本时，忽视了公共服务和基础设施领域存在明显的规模效应，也就是说，对于新增人口所增加的公共服务和基础设施投入要小于现有的平均支出。因此，不能将个人市民化成本进行简单加总，也不能将新增人口的人均成本等同于现有人口的人均公共服务和基础设施支出。
二是在核算农民工市民化成本中进行了大量重复计算。农民工市民化过程是将农民享有的农村基本公共服务转化为城市基本公共服务，新增的成本仅为城乡人均公共服务的差额，而现有核算方法大多仅考虑了农民工市民化后在城市公共服务体系的增加项，而忽视了其放弃农村公共服务的减少项。如2011年中国城乡初中人均财政性教育经费分别为8 181元和7 439元，差额仅为742元；而城乡小学人均财政性教育经费分别为6 121元和5 719元，差额仅为402元。[4]
三是核算农民工市民化成本应严格区分个人成本和公共成本，不应将个人承担部分计算在市民化成本中。在某些成本核算中，将农民工的所有社会保障成本均计算为了市民化成本，忽视了其中大部分是由个人承担的事实。“五险一金”作为居民最主要的社会保障，其绝大部分是由企业和职工个人缴纳，政府补贴的份额很少，如2011年养老保险基金收入平均每人5 951元，而财政对城市居民每人每年的基本养老补助金额仅为772元（丁萌萌、徐滇庆，2014）。此外，大多研究还将农民工的住房成本以建设廉租房的形式计算到了市民化成本当中，这也是存在很大问题的。大量农民工已在城市居住生活，表明其已经通过租赁的形式获得了居住条件，城市并非一定需要新建大量廉租房来满足其居住需要，如有必要仅对部分困难群体给以租房补贴即可。
考虑到以上二、三这两个问题，有研究按照流量核算当年新增市民化支出，每年新增支出仅为6 409亿元（丁萌萌、徐滇庆，2014）。相较于13万亿的财政收入规模，这一市民化成本也并非是难以负担的数字。
在正确估计农民工市民化的成本的同时，应当考虑市民化给经济增长和社会和谐带来的各种收益。对此，本书已经有了全面的论述，不再重复了。
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