广东中医药专门学校的立案文件附有各学年课程设置，已见前述。其课程即参照近现代医学的学科进行了分化，学校的招生及学制课程等后来有适度修改。如1931年招生简章规定，入学考试改为考党义、国文、医学、生理，即要求学生入学前应有一定医学常识。课程方面，除内科学分化出伤寒学、温病学和杂病学外，也增加了西医生理学、西法诊断、西药概要等。学生要在四年内基本学完上述各科，第四年开始安排在门诊见习，第五年则以临床实习为主，实习完毕，须经带教医师鉴定同意者方可毕业。实习期间仍有少量课程讲授。前四年每天上课6—8小时，每学期有两次考试，一为期中考，一为学期考，设有奖学金，凡学期各科总成绩第一名者免交一年学费；第二名则免交半年学费；五年总成绩1—4名者留在附属中医院当医生，以资劝勉。
清代以前的中医教育，大多以现成的著作作为教材。清代太医院的《医宗金鉴》，则是一次较早的组织编纂分科教材的尝试。但《医宗金鉴》形式上仍然以歌诀韵文为主，体现了传统以熟读背诵为主的学习方式。到民国时代，中国教育制度已经发生了重大变化。基于近代学科体系的学校教育学制开始塑造着新一代的中国人，民国教育系统拒绝接纳中医的理由之一是中医不“科学”，当时所谓的不科学主要是指知识系统杂乱，缺乏学科分化。因此后来各地兴办中医学校，就注意参考西医学校的课程体系进行课程设计，从而也催生了近代意义上的中医教材。随着教学活动开展，广东中医药专门学校着手编定教材。卢乃潼时期有近10种已完成，嗣后其他各科也陆续告成，1929年已有“讲义数十科”，[55]基本完成了与整个教学进程配套的教材，后来还根据需要有所增添。其中就包括早期认为不必要的一些非中医教材如西法诊断、西药概要、国文、教护学等。广东中医药专门学校的教材的编写情况，据回忆，在办学之初是边编写边教学，学生每次课上拿到的是刚编好印出来的章节散页，课程结束才自行合订成书。教材定型后才整册印行。
民国时，全国各地的中医学校也在各自编写教材。各个学校不但教材不同，连课程安排也多不一致。这本来是由于政府教育部门歧视中医没有制定课程大纲的结果，然而却成为攻击中医者进一步声称中医“没有标准”、“不科学”的新口实。对此，中医界一直在自发努力加以改进。1929年，在抗争南京国民政府教育部饬令中医学校改称传习所的斗争中，为有效反击歧视，全国医药团体联合总会组织了编制学程委员会，拟定学程草案和中医学校教材编辑委员会规程，并于1929年7月7日至7月15日召集全国各学校召开教材编辑委员会会议， 《召集会议公函》说：
卢朋著像
我中医界处此存亡绝续之秋，自以整理学说、广植人材为当务之急，而中医学校实为整理学说、广植人材之府，顾常以未入学系扼于教部，此次并有一律改称传习所毋庸教部行政机关立案之布告，影响中医前途，殊为重大，本会选派代表赴京请愿，均以未入学校系统为借口，而中医学校程度参差，教材庞杂，亦为不能加入学系原因之一。良以教部虽欲准我立案，如无统一之学程教材，亦苦无标准以资准驳也。[56]会议地点定于上海黄家阙路上海中国医学院内举行，参加者有广东、浙江、江苏、上海等地院校代表。其中广东中医药专门学校代表为陈任枚、卢朋著、胡真，另有广东光汉中医专门学校代表卢宗强参加。会议上，陈任枚被推举为主席，卢朋著代表广东中医药专门学校向大会提供了“药物学”、“方剂学”教材样张作为参考。卢朋著同时还提交“中医课程须加法医学一科案”议案，指出：“诚能将法医学一科，编写课本，加入讲授，则岂惟取得医权，即外国领事裁判权，亦无难收回矣！”[57]
会议经过九天的讨论，达成了一系列决议案。首先，明确了编写全国中医统一教材的指导思想：
（1）教材须根据中国固有学理发挥之，不能取毛去髓，故求迎合。
（2）教材须经全国医林公认适当方可采用。
（3）须有科学化，不掺杂虚伪文字致失价值。
（4）须有真实效验，人人可学可用。[58]
其次，审定通过了五年全日制中医专门学校应开设的各门课程及教学时数。生理、解剖、病理、诊断、药物、国文各240小时，内科（含伤寒杂病温病）780小时，幼科240小时，医经、医学通论各140小时，外科、妇科各120小时，党义、军事、卫生、眼科、伤科、喉科、产科、花柳、理化、细菌、医学史各80小时，方剂、化学各100小时，外国文160小时，针灸、推拿、法医各40小时，合计以上各科教学时数为4 460小时，统一课程科目以符部颁医学专科之标准。
第三，审定了五年全日制中医学校各年度的教学安排。第一学年十科：生理、解剖、国文、外国文、药物、医学史、理化、医学通论、党义、军事。第二学年十科：党义、军事、国文、外国文、药物、内科、病理、诊断、细菌、医化学。第三学年六科：国文、外科、内科、病理、诊断、方剂。第四学年十科：临症实习、喉科、外科、幼科、卫生、内科、针灸、方剂、妇科、法医学。第五学年八科：产科、眼科、针灸、伤科、推拿科、花柳病学、医经、临症实习。五年授课时间统计占十分之七，临症实习占十分之三。
此次会议，广东中医药专门学校发挥了重要作用，卢朋著报告说：“此次我校赴会，备受欢迎，而讲义之丰富，尤为各校之冠，实至名归，厥有由来。”[59]会议所确定的课程大纲，“其决定学科，与本校原日课程，大致相同”，[60]这也体现了学校在会议中的主导作用。会议原拟由参加会议的各所学校认领撰写各科教材，但通盘考察后觉得时机未成熟，于是请各校将所用课本，择善送教材委员会，并通告全国医士，如有合乎上述学说标准或学科分量之作品，可寄送到会，以便采用或资参考。各省教材送到者，“经委员评判，亦以本校（广东中医药专门学校）所编者为最完备”。[61]1931年成立的中央国医馆也曾致力于统一中医学校教材。1933年中央国医馆发出第1012号馆令，向各校征集教材，以广东中医药专门学校选送者最多，为84册。焦易堂访问该校，亦称许说“收广东中（医）药专科学校（讲义）者颇多”。[62]
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