李时珍在中药界吹响了中医改革的号角后，临床医学也迎来了变革的时代，在明末清初瘟病学派就悄然兴起，叶天士和薛雪“继承”了吴又可的衣钵。叶天士创立了卫气营血辨证这一新的辨证体系，而薛雪则被一代文豪袁枚称为“天生一不朽之人”。关于叶、薛俩人的故事很多，相传他俩开始并不和，叶天士的书房题名“踏雪”；薛雪也不示弱将书房命名为“扫叶”，据说他们两个最后还是和解了，并被合称为瘟病学派的创始人。
这里插一个故事：薛雪老年时百无聊赖，于是赶时髦，看了些理学方面的书，也写了几篇关于理学的论文。不想在薛雪死后，其后人在他的墓志中只字不提医，而说他是研究理学的。墓志寄给名士袁枚，袁枚曾经病危，是薛雪使他起死回生，所以心存感激。当看过墓志后义愤填膺，发出：“自是而一瓢先生（薛雪的号）不传矣，朽矣……在理学中未必增一伪席，而方伎中转失一真人矣。岂不悖哉!岂不惜哉!”的感叹。这个故事说明一个问题，中国为什么科技领先上千年后，在清朝被欧洲赶上甚至超过！其中一个原因就是研究自然科学的人社会地位低下，而研究那些华而不实的理论的人却窃据高位，中国传统文化朴实的特色遭到了破坏，动摇了其发展的基础。
叶、薛的后辈、清朝名医——吴鞠通因参与《四库全书》医书部分的抄写检校工作，而解决了北京户口。不久正值北京地区“非典流行”，当时的医生墨守伤寒治法不知变通，致使许多患者因治疗不当而死亡。吴鞠通运用叶天士之法奋力抢救，挽救了数十生灵，因而名声大振。此后他撰写了《温病条辨》七卷，对温病学说做出了杰出的贡献。
吴鞠通对中医学的贡献，在于对中医立法上的革新和理论上的完善，他在张仲景创立的六经辨证和叶天士创立的卫气营血辨证方法之后，大胆地改革，提出温病的三焦辨证学说，是在中医理论和辨证方法上的又一创举。“三焦辨证”法就是将人体分为上、中、下三焦。上焦以心肺为主，中焦以脾胃为主，下焦则包括肝、肾、大小肠及膀胱。由此创立了一种新的人体脏腑归类方法，这种方法十分适用于温热病体系的辨证和治疗，诊断明确，便于施治。《温病条辨》是针对流行病学提出的，是对《伤寒杂病论》这一实用内科学的补充。吴鞠通不但有理论发挥而且留下了诸多有效的方剂，如银翘散、桑菊饮、清营汤、清宫汤等都是后世医家常用的。可以说他使中医的基本治法在外感病和热性病方面得到了进一步的完善，其实质是中医对流行病学的研究成果。因为《温病条辨》实用性很强，加上没有什么过激的言论，立足点只不过是对《伤寒杂病论》的补充，而且他彻底脱离了吴又可的思路，尤其是将病因又返回到中医的风、寒、暑、湿、燥、火六淫理论，恢复了所谓传统思维方法，所以并没有受到过多的争议，并且被列入了中医四大经典著作。
但《温病条辨》被称为四大经典之一，实在牵强。首先从时间跨度上看，另外三部距今都有2000余年的历史，而《温病条辨》只有200年；其次从篇幅上看，《内经》最长，《伤寒杂病论》约占《内经》的一半，而《温病条辨》只有1/10多些；最后从内容上看，《温病条辨》虽然也创立了三焦辨证的理论，但和《内经》《伤寒杂病论》比则是小巫见大巫，所以将他剔除出四部经典也不无道理。
在清代，中国已经开始走下坡路，无论是政治上、经济上还是科技上欧洲都在超越中国。但是在医学上，清初因为有瘟病学派的兴起，加上“种痘术”这一预防天花技术的日臻成熟，可以说在当时中国的医学还是领先于世界的。
“种痘术”是人痘接种术，有人说起源于宋朝，有人说是明朝，但关于这方面的专著是在清朝才出现的。种痘术有4种方法：痘衣法、痘浆法、旱苗法和水苗法，其中痘衣法成功率很低，痘浆法危险性很高，经常出现与自然感染没有区别的症状，所以遭到淘汰。后两种方法又分成两派，一派是湖州派，取患者痘出较为顺利者为苗进行接种；另一派是松江派，他们以人工接种的痘痂为苗，而且认识到苗传越久，毒性越低，并将7次传种之后的苗称为熟苗，几乎无毒性。显然松江派的技术最为先进，据说其效果与牛痘相近，只是采集较为麻烦。公元1682年时，康熙皇帝曾下令各地种痘，并成立了专门的政府机构，而在这一时期中国人口数量也随之迅速膨胀。
后来此技术传到欧洲，被发扬光大，成为现代免疫学的鼻祖。17世纪中、后叶，沙皇俄国专门派人来学习“种痘术”，此后这项技术沿着丝绸之路传到土耳其，1718年英国贵族梅林夫人将此技术带回英国。但欧洲并未获得取熟苗的技术，梅林夫人带到英国的只是过时的——在中国已经被淘汰了的技术。当时欧洲的一些保守势力极力反对这项技术的推广，法国启蒙思想家伏尔泰，对此提出了尖锐的批评，他说：“我听说100年来中国人一直就有这种习惯，这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。”英国医生琴纳据说最初就是一位种痘医生（可以肯定至少是受到种痘术的启发），因为发现人痘种植后仍可产生严重的病情，于是致力于这方面的研究，在1796年第一次种植牛痘成功，因此，获得了无数的荣誉，他被称为“免疫学之父”。
牛痘在19世纪初传入中国，并逐渐得以推广，但从推广速度和传播费用多以民间组织承担上看，清朝的种痘局并未起到真正的作用。直到民国初年，在上海种痘、牛痘和药物预防仍然并存。在传播过程中，除极少数以种痘为业的人和药铺出于自身利益而阻挠外，主流的中医界对此项技术是持肯定的态度的。有人就发出过“既种之后不受沾染，由一人而至于百人，积百人而推之天下，久久则天壤间永无痘患，岂非大快事哉”（《牛痘新编》），至今这一大快事已经成为现实。顺便说一下，在《牛痘新编》中记载，在我国山东也出现过取牛苗接种的事情，但因缺乏史料记载故难以考证，如果能够找到足够的证据，现代免疫学之父的荣誉又该属于谁呢？
开创免疫学如此伟大的发明，在中国却得不到重视，几乎没有人为此而喝彩，相反许多人却千方百计地在否认这一事实。现在免疫学确实似乎和中医一点关系都没有了，也难怪中医们对此不感冒；而在一些西医眼里中医永远是或多或少的骗人罢了，免疫学的开创这样伟大的发明怎么会出自他们之手，当然不能承认了。有人甚至提出琴纳完全没有接触过中医种痘术，是在完全封闭的环境中，独立完成的这项发明。
所以不得不啰唆几句：首先，像开创免疫学这样伟大的发明，很难想象是在一个没有理论指导；没有思想萌芽；没有临床积累的情况下，仅凭一人之力在短短几十年间就能够完成的。回顾中医发明人痘的过程：在《内经》中就提出了“治未病”的理论；晋朝葛洪就有了免疫学思想的萌芽，并开始付诸实践；传说在唐宋时期就有了种人痘的方法，但并没有确切的证据，在明朝种痘术就有了较为明确的记载，清朝开始有这方面专门的书籍问世，技术也日臻成熟，其中松江派的技术更是具有了疫苗灭毒性的思维。而且有的书里曾经记载牛痘在山东古来有之，但缺乏旁证，也无法考证是早于琴纳还是晚于琴纳。反观琴纳，18世纪初欧洲教会还认为“疾病是上帝用来警告世人，提醒他们信奉上帝”“天花是上帝的天恩，凡人不能逆天行事”，有些国家竟出令禁止种痘，伏尔泰为此发出了呼吁。所以琴纳是不可能有任何理论指导，也不可能有什么思想萌芽的，临床实践也是来自于当时欧洲种痘的同行。琴纳是伟大的，他发现了当时种痘术的许多问题，于是在此基础上进行了改革，而第一次接种牛痘的过程和种痘术也是如出一辙。毋庸置疑琴纳是在中医种痘术的基础上才发明牛痘的，没有中医的种痘术，西医想开创免疫学还不知道要等到哪年哪月！
免疫学的发明人是谁其实并不重要，重要的是中医应该取其精华，去其糟粕，但究竟什么是精华，什么又是糟粕呢？这才是我们真正应该思考的问题。
随着欧洲文艺复兴时代的到来，欧洲的同行们战胜了封建保守势力的阻挠，重新开始了某项医学研究，从而为西医步入近代化进而步入现代化，为全面超越中医打下了坚实的基础，这项研究就是——医学解剖学研究！
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