目前，有3种普遍采用的制定指南的方法，包括成立起草制定指南小组、Delphi调查法和二者并用的方法。制定指南小组——常常是选出大约10人来确定指南所要覆盖的问题，他们先表达各自的观点，然后讨论意见不同之处。经过讨论，再次提出各自的观点，于是组织者据此进行分析来得出小组观点。这些碰头会减少了误解的风险并能够暴露观点差异的产生原因。而Delphi调查法——是先进行两轮或是更多轮的信函问卷调查。这种做法允许更大和更多地在地域上分散的社团得以参与，并可以避免少数人意见偏激的影响。然而，该方法澄清和消除观点差异的机会更加有限。第三种方法——由RAND率先采用，综合了以上两种方法的优点，在首轮评估中使用信函调查问卷，而第二轮中采用碰头会的方式。
但是，这些方法产生了三个主要的方法学问题和实践上的问题。
首先，尽管过程是程序化的，但作出判断的理由往往未达到充分透明的程度。而且只说清楚了过程中影响结果的方面。这些影响包括小组的组成（例如，与全科医生相比专科人员倾向于过分强调他们所采用干预方式的合理性），是否使用了文献综述以及汇总判断意见的过程。
第二个问题是小组成员在临床工作中所面临的资源限制如何影响他们的观点。国际上不同指南的差异提示，医疗保健体系所能获得的资源水平与文化和机构组织因素一起，对指南会有影响。
第三个要考虑的问题是可靠性，尤其当采用指南制定小组的方法时。这种方法的长处在于提供一个供详细讨论的论坛，但这点恰恰也会成为它的弱点，因为它可能会得出代表性不强因而结果不可靠的意见。Delphi调查法采用了人数更多的小组，显示出小组内和小组间的更大的可靠性。因此要在这二者间把握平衡——既要保持小组人数足够少以使人们可以面对面地讨论，来展现每个人的推论，又要保持小组人数足够多来保证制定出可靠的指南。
最后，考虑到所涉及的时间和费用，目前实践过程中制定指南的工作程序是否能持续下去。例如在英国，NICE至少要花费18个月时间，并召集制定指南小组的专家开多达15次会议来制定一个可能每2年就要修订一次的指南。在西班牙，制定指南的人员必须要为资料收集设计13种版本，并设立10个工作小组来制定一个指南。这些意味着指南只能覆盖小部分医疗卫生领域，而且也许不可能经常及时地更新指南。
所以，临床指南的制定中存在着诸多不完善的地方，这也给指南的权威性带来影响。因此，指南的制定应遵循以下原则：①使每一个指南的目标明白无误——例如，有效性，成本效益比，公平性；②提供制定指南小组内部意见不一的原因及有关信息——例如，对研究文献的解释差异，个人经验差异，对成本的不同理解或是不同反应；③不仅发表针对一个建议达成共识的信息，也发表对此建议支持力度方面的信息。
1 张鸣明，李幼平．循证医学简史．中华医史杂志，2002，32（4）：230－233
2 Sackett DL，Sharon E．Evidence based medicine：How to practice and teach evidence－based medicine．New York：Churchill Livingstone，2000：1－10
3 王家良，刘鸣．21世纪的临床医学——循证医学．北京：人民卫生出版社，2000：1－2
4 Sackett DL，Rosenberg WM，Gray JA，et al．Evidence－based medicine：What it is and what it isn’t？Br Med J，1996，312（312）：71－72
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