北宋以前，《伤寒杂病论》由王叔和搜集编次后，复遇五胡之乱而大部散失，即使有存者，由于“江南诸师所秘”，遂不复见。在孙思邈著《千金要方》时，为不能见而叹息不已，此后，虽见到了《伤寒杂病论》，并把它载入《千金翼方》中，但仍未引起广泛注意而影响不大。因此，温病虽属“广义”伤寒之一，但在宋代以前之外感病，多各承师传而寒、温分别论治，并不局限于治伤寒法来统治温病。
到了北宋仁宗嘉佑年间，林亿、高保衡等校正《伤寒论》十卷，经当时多位名医各抒己见，经官方校正刊行，才使得这一历经劫难的医学典籍得以广泛流传。但正是由于《伤寒论》辨证论治理法的精详，而温病在彼时还无系统理论作指导，所以使更多的医家在临床上对伤寒理论更为重视，甚至以伤寒理论指导温病的治疗。加之当时正值“理学”风起，“法先王”思想盛行，这些“道统”观念，也反映到医学领域，如宋王朝官刊《伤寒论》“序”就说：“盖祖述大圣人之意”，而许叔微在《伤寒百证歌》自序中，也认为“论伤寒不读仲景书，犹如为儒者不知有孔子六经也”。学术界已陷入“泥古宗景”的泥坑，思想僵化，认为《伤寒论》是为广义伤寒而立，遂开以《伤寒论》统治温病之风，这也是后世寒、温学派争论的根由。
依前所述，疫病以温性居多，寒性较少，而且东汉末年的气候特点又和其后有较大差异，所以用辛温药居多的伤寒方剂治疗疫病，临床效果肯定不理想。在当时医学界大环境的影响下，疫病学理法方药的研究进展十分缓慢，甚至对于一些已有的经验、理论继承也不尽人意，所以在这一时期中医疫病学的发展处于低潮，甚至略有衰退。
但值得一提的是，北宋医家庞安时把伤寒与温病区分开来，并指出天行温病乃乖候之气所致。还特别指出，五大温热证即“春有青筋牵，夏有赤脉攒，秋有白气狸，冬有黑骨温，四季有黄肉随”，均属乖候之气所致，“与伤寒大异”也。伤寒皆为冬伤于寒，但可发于四时，无流行性；而五大温热证有流行性，所感乖候之气绝不同于六淫之邪，这可能是后来温病学家吴又可倡言“戾气”之所本。人体感受这种乖候之气，即可“即时发病”，也可“未即发病”，这与后来温病学家倡导的伏邪学说颇有相似之处。在治疗上庞氏善用大剂石膏，为后来医家所效法。总之，庞安时对疫病的阐发可谓后学的先行者，在这一时期显得尤为难能可贵。
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