（一）跨库检索
中国学术文献网络出版总库通过统一检索平台实现跨库检索，并提供简单检索、标准检索、高级检索、专业检索、引文检索、学者检索、科研基金检索、句子检索、工具书及知识元检索、文献出版来源检索等方式，用户能够在一个页面下完成所有数据库的检索。
在进入中国学术文献网络出版总库后，系统默认的页面为跨库标准检索页面。
1．简单检索 可通过输入感兴趣的关键词，得到相关文献。
2．标准检索 标准检索页面是跨库检索默认的检索页面。
在标准检索中，检索过程可以用时间、文献来源、支持基金、作者等检索控制条件进行检索范围限定，也可根据文献内容特征在全文、题名、主题、关键词或中图法分类号等字段输入检索词，系统可提供对检索词的扩展功能，即通过点击检索框后的扩展按钮标志，系统会推荐以输入词为中心词的一组相关词，以供参考选择。检索初步完成后，对检索结果进行分组分析和排序分析，反复筛选修正检索式则可以得到更加理想的结果。
3．高级检索 其功能跟标准检索相似，但提供有检索项内或检索项间的逻辑组配，即“并且”、“或者”、“不含”。这三个逻辑关系的优先级是一样的，系统按照“从左到右，从上到下”的原则进行运算。
4．专业检索 提供用“字段名＋检索词＋逻辑关系”的格式进行检索的功能。在检索过程中，“AND”、“OR”、“NOT”直接按照从左到右的顺序进行运算，没有优先级。如果想改变运算次序，可以用“（）”来实现。
5．引文检索 是指以检索参考文献为出发点，根据文献的引用关系，在中国引文数据库内找到引用该文的文献。
6．学者检索 是指通过学者姓名、单位、研究方向等信息，查找学者发表的全部文献及被引下载情况，从而全方位地了解学者的主要研究领域及研究成果情况。对检索到的同名学者，用户可选择对同名学者进行合并。
7．科研基金检索 是指通过科研基金名称，查找科研基金资助的文献。基金列表提供了基金名称导航。
8．句子检索 即在同一个句子或同一段落中同时包含输入的检索词。同句指两个标点符号之间，同段指五句之内，只限在单库检索时使用。
9．知识元检索 是将文献总库中的学术术语、学者、概念、数字、图形、表格等知识元信息抽取出来，从而提供有关知识元的事实检索。
10．文献出版来源检索 主要用于检索CNKI收录的来源期刊，根据期刊的荣誉类别、收入源（指定被收入库的著名检索工具）、核心期刊入选、被引频次或刊名来查找期刊。检索结果提供期刊的详细浏览功能。
（二）单库检索
CNKI也可以选择其中一个或多个数据库进行检索。点击需要使用的数据库名称，即可进入该数据库，进行单库检索。单库检索功能更完备，检索应答时间相对较短。
1．中国学术期刊网络出版总库 曾用名“中国学术期刊全文数据库”，简称CJFD，是目前世界上最大的连续动态更新的中文期刊全文数据库。中国学术期刊网络出版总库收录了国内8 200多种重要期刊，以学术、技术、政策指导、高等科普及教育类为主，同时收录部分基础教育、大众科普、大众文化和文艺作品类刊物，内容覆盖自然科学、工程技术、农业、哲学、医学、人文社会科学等多个领域，全文文献总量达2 200多万篇，收录年限从1994年至今（部分期刊回溯到创刊年），共分两个模块。
（1）文献检索：在文献检索功能中，提供快速检索、标准检索、专业检索、作者发文检索、科研基金检索、句子检索及来源期刊检索等功能，这些检索功能与跨库检索中的检索功能基本相同。
（2）期刊导航：在期刊导航功能中，提供按照专辑浏览、学科分类浏览，以及某种特定期刊检索等功能。
2．中国博士论文全文数据库 是目前国内相关资源完备、质量高、连续动态更新的数据库。该数据库收录了自1999年以来，全国357家博士授予单位的博士论文。该数据库分10个专辑，数据每日更新。在本数据库中，提供了一些学位论文所独有的字段，如“导师”、“第一导师”、“导师单位”、“论文级别”、“学位授予单位”、“学位年度”等。该数据库提供文献检索、学位授予单位导航、博士学位论文电子期刊三个模块。
（1）在文献检索模块中有快速检索、标准检索、专业检索、科研基金检索和句子检索五种检索功能。这些检索功能与跨库检索功能基本一致。
（2）学位授予单位导航中提供按照地区浏览、按照学科浏览，以及按照学位授予单位直接检索等功能。
（3）在博士学位论文电子期刊中同样提供相关的浏览与检索功能。
3．中国优秀硕士学位论文全文数据库 收录了1999年以来460家硕士授予单位的优秀硕士论文，分为10个专辑，数据每日更新。该数据库的模块与检索方法同中国博士学位论文全文数据库。
4．中国引文数据库 创建于1989年，数据来源于中国学术期刊（光盘版）电子杂志社出版的源数据库产品中的文献和参考文献，这些数据库包括中国期刊全文数据库，中国优秀博、硕士学位论文全文数据库，中国重要会议论文全文数据库，中国重要报纸全文数据库，中国图书全文数据库，中国年鉴全文数据库等。目前实现了期刊、图书、论文、报纸类文献的引用文献和被引用文献的链接。
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