疫苗的流通渠道单一，一般为疾控中心、代理商及医院。
按照《疫苗流通和预防接种管理条例》规定，一类疫苗由政府统一采购，免费提供。其操作模式一般是，由省（区）政府的采购中心根据省级的疾控中心报备进行规模招标，药企能否中标主要依赖于招标的组织方，即政府采购中心以及当地省疾控中心的需求口径。
一位市级疾病预防控制中心负责人介绍，各预防接种点需要什么疫苗，都由接种点根据自己的需要上报，然后由该中心汇总后报到省里统一采购。二类疫苗的采购管理一度和一类疫苗类似。
2005年6月1日，《疫苗流通和预防接种管理条例》实施后，以往二类疫苗运作模式发生改变——疫苗从昔日行政部门集中进购、供应，变为县（区）一级疾控机构、接种点均可自主从厂家直接进购。此《条例》一出，业界沸腾，盛赞疫苗市场由疾病预防控制中心系统控制的局面将彻底结束，疫苗流通渠道将产生巨大变革。
不过，实际情况并非如此。最终除少数品种的二类疫苗通过市疾控部门进购外，多数二类疫苗由各县（市）、区一级疾控机构自主进购，再向辖区接种点销售，罕有接种点自主进购二类疫苗的情况。
“每个地区的流通都不同，有时候我们的疫苗通过了市级疾控中心采购备案，但接种点有权拒绝我们进入。”上述上海一家生物制药企业的内部人士告诉财新记者。
换句话说，2005年的《条例》成了一纸空文，多个省份或明或暗地都回归了集中采购体制。一方面，业内人士认为集中管理有利于运输和存储的规范；另一方面，则是疾控中心不愿放弃经济利益。
疫苗的销售价和出厂价之间有很大的价差，各级疾控中心逐级加价销售。以2013年5月贵州省物价局《关于规范第二类疫苗价格管理及相关事宜的通知》为例。通知规定，通过省疾控中心统一供应的二类疫苗，以实际购进即公开招标的中标价为基础，按不超过10%的加价率供应市（州）疾控中心，市（州）疾控中心再以实际调拨价为基础，按不超过10%的加价率供应县（市、区）疾控中心，到县（市、区）级疾控中心时候，再以实际调拨价为基础，按不超过15%加价率供应接种单位，接种单位（包括各级疾控中心的直属接种单位、承担预防接种工作的乡镇和社区医疗卫生机构）再以实际调拨价为基础，按15%的加价率向适宜人群接种。四级加价下来，疫苗到消费者身上的价格已经远远高于中标价。
在四川遂宁市安居区食药局工作的刘欣近日在一篇名为《浅析加价调拨二类疫苗的问题与对策》的文章中写到，从编制和财政拨款上看，疾控中心作为政府举办的公益事业类单位，其享受全额财政拨款。而疾控中心在调拨二类疫苗过程中加价销售的行为，却未见改变的迹象。
刘欣认为，这种模式容易导致行业垄断。尤其是，虽然一些二类疫苗质量更好，但由于现有定价机制，其对一类疫苗的市场格局更难以撼动。
按照国家规定，疫苗只能通过各个接种点对公众接种，别无其他渠道，所有接种点都归疾控系统领导，所以疾控中心控制住了各个接种点的进货渠道，就等于控制住了所有疫苗的市场。同时，刘欣认为，疾控中心加价调拨二类疫苗的过程实际上就是购进销售二类疫苗的过程，就是一个盈利经营的过程。
由于采购供应渠道独立，系统内部容易形成利益共同体。上级采购，下级调拨，终端使用，层层加码，价格越高，利润越大。采购什么厂家，使用什么剂型，购进多少数量，购进价格多少往往由一个几个人就决定了。
康泰生物能够在很短的时间里进入全国近30个省的市场，也曾引发业界不少猜想。
国家食药总局12月24日公布的数据显示，此次康泰生物乙肝疫苗在产品有效期内的共198批次4403万余支，相关产品销售到27省（区、市）。而通过查看多个招标网站和招标、中标公告可以看到，康泰生物多次被定为“单一来源”方式进行采购。而对于为什么会以这种方式进行采购，受访的疾控部门却不愿回答。
“由于是国家埋单，一类疫苗采购数量和金额一般由疾控部门决定，中间的加价环节更加隐蔽，运作空间更大。”业内人士表示，使用环节的贿赂空间甚至延伸到了招标环节，含有回扣成本的疫苗价格高出普通疫苗，但更容易销售，劣币驱逐良币的现象难以避免。
虽然疫苗流通走疾控环节在一定程度上规范了市场，但如何加强对这一模式的有效监管，同样是确保疫苗安全的重要环节。
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