1896年《南洋公学纲领》称“南洋公学本系大学”，1898年《南洋公学章程》称“上院即头等学堂”，都说明南洋公学与北洋大学堂一致，目标都是仿照外国教育制度建成大学。所不同的是，北洋、南洋两校在人才培养方向和学制设置上有所差异，这也正体现了南洋公学是借鉴北洋大学堂的办学经验而建的。盛宣怀在比较两校时明确表示：“（轮船、电报）两局捐办南、北洋两公学，一则专教政学，一则兼教艺学。”（注：盛宣怀：《遵查轮电两局款目酌定报效银数并陈办理艰难情形折》（光绪二十五年七月，1899年8月），《愚斋存稿》第3卷，第10页。）“北堂兼艺学，南堂重政学。”（注：盛宣怀：《致张之洞函》，（约光绪二十九年，1903），盛档：044670。）
可见，盛宣怀希望南洋公学在人才培养上与北洋大学堂有所区别。早先一年创办的北洋大学堂以培养机械、矿冶、电机等工程技术人才为主，即所谓重在“艺学”；南洋公学则是一所专门培养行政、外交、法律、经济商务等方面人才的学堂，即盛宣怀自称的“政学”。正如福开森在1902年为盛宣怀所拟《南洋公学宗旨抒陈》中说：“其时北洋大学堂讲求化学、机器、铁路诸学，故南洋公学不便重复，即以政治、理财为宗旨也。”（注：《南洋公学宗旨抒陈》（光绪二十八年，1902），盛档：116397-2。）
对于“政学”人才的培养方向，1898年《南洋公学章程》“设学宗旨”开宗明义地说：
公学所教，以通达中国经史大义、厚植根柢为基础；以西国政治家、日本法部、文部为指归，略仿法国国政学堂之意。而工艺、机器、制造、矿冶诸学，则于公学内已通算化、格致诸生中，就质性相近者，令其各认专门，略通门径，即挑出归专门学堂肄习。其在公学始终卒业者，则以专学政治家之学为断。（注：《南洋公学章程》（光绪二十四年四月二十四日，1898年6月12日），《愚斋存稿》第2卷，第23页。）
盛宣怀又在同年所上《筹集商捐开办南洋公学折》中说：“环球各国学校如林，大率形上形下，道与艺兼。惟法兰西之国政学堂，专教出使、治政、理财、理藩四门……学堂系士绅所设，然外部为其教习，国家于是取材。臣今设南洋公学，窃取国政之意，以行达成之实。于此次钦定专科，实居内政、外交、理财三事。”（注：盛宣怀：《筹集商捐开办南洋公学折》（光绪二十四年四月二十四日，1898年6月12日），《愚斋存稿》第2卷，第23-28页。）直接指明南洋公学是仿照法国国政学堂，专教“出使、治政、理财、理藩”之学，以“内政、外交、理财”为公学所授三门专业，培养新式政治家人才为目的。
从1897年正式开办，到1903年初的6年时间内，南洋公学基本遵循原定办学宗旨，按照办学章程所定学制和人才培养宗旨，于1897年建立师范院，当年11月开办附属外院，接着于1898年3月设立中院，1901年设立“专教中西政治、文学、法律、道德诸学”的经济特科班，1902年设立政治班，以为上院之预备，意在培养政治、法律类专门人才，所派留学生也多肄习政治、法律、经济、商务等专业。直至1902年10月，盛宣怀呈奏《南洋公学历年办理情形折》中还称上院“视西国专门学校，肄习政治、经济、法律诸科”。（注：盛宣怀：《南洋公学历年办理情形折》（光绪二十八年九月，1902年10月），《愚斋存稿》第8卷，第31页。）
南洋公学政学培养方向的确立与实施，反映了盛宣怀教育理念的一次根本性转变与提升，在我国近代教育史上也具有重要意义，其具体表现在以下几点：
第一，标志着盛宣怀的西学观从技术层面上升至政治制度层面。甲午战争的失败，使盛宣怀觉悟到西学不仅止于军事、技术两端，所谓“泰西之学皆系有用之学，一事一物均有实际”。（注：《天津头等学堂、二等学堂招生启事》（光绪二十一年九月，1895年10月），上海图书馆编：《上海图书馆藏盛宣怀档案萃编》下册，上海古籍出版社2008年版，第394页。）主张将学习西学的领域从军事、技术等“西艺”扩展至政治、法律、财政等“西政”，从器物层面扩展至制度层面。1895年创设北洋大学堂时，已将“律例”即法律添入头等学堂科目之一，南洋公学则专教内政、外交、理财，以培养政治家为目的，标志着盛宣怀由西艺而西政的西学观的全面转变。
第二，体现了盛宣怀在设学目标上的自我突破。此前盛宣怀创设的各类洋务学堂，都围绕自己所办、所管工业企业，直接为企业培养所需专门技术人才。创设北洋大学堂时已经开始有所变化，而南洋公学则更进一步，突破为自身实业领域培养人才的局限，着眼于为国家广育法律、政治、外交、商务等各类人才。
第三，顺应并实践了甲午之后我国新式教育发展的最新思潮。甲午之前，新式教育以西方语言、技术教育为主，属西艺教育。甲午战败后，朝野人士深受刺激，体认到日本明治维新厉行法政改革，才使国家臻于强盛，仅习西方语言技术是远远不够的，于是西政教育思想应运而生。1896年梁启超在《变法通议》中极力鼓吹学习西方应以西政为主，西艺为辅。（注：梁启超：《变法通议·学校余论》，《饮冰室合集》（文集之一），第62页。）1898年张之洞在《劝学篇》中，将学校课程分为西政、西艺两科，并认为政先于艺。盛宣怀创办以西政为教育宗旨的南洋公学，首先实践了西政教育思想，拓展了我国教育学习西方的领域，推动了教育现代化的发展进程。
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