南宋时，朝廷与舟山之间，由于宋高宗赵构（1107 1187）的关系而密切。
这种关系就记载在宋宝庆《四明志·昌国县志》、明天启《舟山志》、清光绪《定海厅志》等舟山地方志中。
建炎三年（1129）十一月，金兵又一次挥兵南侵。南宋高宗皇帝仓皇逃离临安（今杭州）。
宋宝庆《四明志》卷 《叙遗》记载，赵构是坐船逃离临安的，第一天就出了钱塘江口，到达了绍兴海边的钱清堰。对下一步的逃亡路线，大臣有了不同的意见。最后，临海人吕颐浩奏告说：“金人擅长以骑兵取胜，今天我们如果丢掉海船改就车驾，必然会被金人追上，所以必须继续走海路。另外，金人久居北方，不能耐热，江浙地热，他们不能久留。等到他们撤退后，陛下再复还江浙。这样彼入我出，彼出我入，此乃兵家之奇计也。”赵构认为“此事可行”，“遂决策，趋四明”，也就是继续沿海路，向宁波沿海一带逃避。
可是由于人多船少，于是规定，普通卫士，“不得过两口”。卫士们不同意，结果引发了一场血腥的争斗，很多卫士被杀。
皇帝继续往海上避难的决心是不会改变的。几天后，御舟抵达了定海县（今镇海）。可是镇海毕竟仅仅是沿海地区，它的北、西、南三面紧靠大陆，金人的骑兵很容易追上来。于是继续往海上走，最终，他们来到了昌国县，也就是现在的舟山本岛。
赵构他们先是在岑港那边上了岛，然后继续向岛深处的群山峻岭躲避，因此至今留下了许多与皇上有关的遗迹、地名之类。例如舟山本岛西乡片中曾有个乡叫紫微（2001年，紫微、石礁两乡合并为双桥镇后，紫微为双桥镇下辖的社区之一），显然是沾有“皇恩”的。《浙江区划地名溯源》写道：
（紫微乡）据光绪《定海厅志》记载：“紫微尖山，县西北十五里，一名宋家尖山，盘纡幽秀，古名紫皮，宋时属富都乡茹候村。宋建炎三年，宋高宗赵构避金兵人海，曾泊此登岸，故更名紫微。”[3]
金兵缺乏渡海船只，无法入海追击。随即金兵攻破了越州（今绍兴），又向明州（今宁波）气势汹汹地压来。守御宁波的浙东置制史张俊无心作战，只想逃跑，向赵构“奏乞海舟”。赵构哪里有什么船？就手书一封给张俊，许诺他如果“捍贼成功，当封王爵”。张俊没有办法，只好在宁波“遂留”，准备迎敌，“揭榜通衢，劝谕迎敌，士皆思奋”。可是事实却是，官兵们“奋勇”的是向居民抢掠，在城中抢掠不够，还出城抢，环城30里都遭到了烧抢。
绍兴丢了，宁波乱了，赵构觉得舟山也不安全了，于是继续向温州、台州一带的海上避难。
宋高宗在舟山待的时间并不长，加之是避难，人心惶惶，所以在舟山也没有什么建树，只留下一些民间传说。在明天启《舟山志·寺观》“道隆观”条下，有这样的记载：“去城一里，南东岳行祠……建炎间，金虏追高宗于此登岸，砍殿。柱血流。虏畏，道去。境藉以安。”
舟山定海城南，滨海处，原有一座道隆山（现已消失，留下一个小弄堂的名称叫道隆山弄）。这“道隆观”就建在这小山头上，传说宋高宗曾到过这里。金兵到此，找不到宋高宗，就拿这道隆观泄愤，用刀剑乱砍。不料一刀下去，大殿的柱子上竟然流出血来，吓得金兵立即撤退，再也不敢在舟山撒野了。
宋高宗避难海上，保持了安全，让他这个从内陆（他当康王时候的封地是今河南商丘）来的人切身感受到了海洋也是边疆，也可以御敌，而且这海疆有时候比陆地的边疆还安全。他的这次避难直接启发了后来的南明小朝廷，多年后舟山又成了南明鲁王朱以海和部属张苍水退守的最后屏障。
元泰定元年（1324），离宋高宗避难海上的建炎三年（1129）只有195年，元代文人吴莱到舟山做了一次长时间的旅行。“泰定元年夏六月，自庆元（今宁波）桃花渡觅舟而东。”（吴莱《甬东山水古迹记》）他的诗题就是经历 《登岸泊道隆观，观有金人闯海时斫柱刀迹，因听客话蓬莱山紫霞洞二首》，其一云：“东都昔奔溃，南海纷战艘。檐楹偶潜伏，部伍争遁逃。将施攻城火，尚见斫柱刀。”
这是一个文人记录并考察过的历史片段。
元朝继承了宋朝的建制，将巡检司扩大到了五处，分别为螺头、岑江、三姑、岱山、北界，驻兵20～30名不等。其中，北界为泗礁岛古地名。据元大德《昌国州图志》：“北界巡检司，在蓬莱乡之第五部，弓兵三十名”。北界巡检司即在今泗礁山。
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