穿透性角膜移植术中的并发症，多数是可以避免或防止的。
1．麻醉并发症 已知的球后麻醉并发症包括针头刺穿眼球、球后出血、视神经损伤、麻药注入硬脑膜内。采用球周麻醉发生眶尖部损伤的机会很小，但刺穿眼球的机会增加。
2．固定环缝合时巩膜穿孔 固定环主要用于小儿、玻璃体切除眼、大直径角膜移植术、无晶体眼等，防止眼球塌陷。一般固定环直径为18～20mm固定在巩膜表面。如果缝针从后向角膜方向进针，即使穿破巩膜，损伤视网膜的概率也小些。有时可因为刺穿睫状体发生出血，但多不会影响手术。
3．植片损伤 从湿房保存的眼球钻取角膜时，注意环钻要放置在角膜中央，垂直钻切，防止植片边缘倾斜。当角膜一旦钻穿，立即停止，避免在无前房状况下继续钻切损伤角膜内皮。剩余未钻穿的部分，在黏弹剂保护下用角膜剪与角膜表面垂直，沿环钻切痕弧度剪切。确信植片完全游离才能移动植片，否则，可能造成后弹力层撕脱等危险。如果是从内皮面冲切角膜片，并且反复多次冲切，容易造成内皮的不必要损伤，使植片边缘不整齐。环钻要锋利，否则也会造成内皮损伤或后弹力层脱离等。一般植片要稍大于植床直径，要细心核对，不要将环钻拿错。常规要先取植片，后制备植床。植片制备好后，还要用黏弹剂或保存液保护，防止植片干燥。
4．植床制备并发症
（1）植孔偏位是初学者常见的并发症。最好先用选定的环钻在受体角膜上压痕，确认位置满意后再加压钻切。
（2）后弹力层脱离在水肿角膜（大泡性角膜病变）有时可能发生。因此在用剪刀等器械时，确信进入前房后再前进，最好在黏弹剂支撑前房条件下操作。
（3）眼内组织损伤包括虹膜、晶状体等。主要是在环钻时切穿角膜后未能及时停止钻切动作造成。在剪切角膜时也可能损伤虹膜和晶状体。因此，对经验不足的医师，不要刻意钻通全层角膜。在环钻深度达到约2／3角膜厚度后，用尖刀片切透，在前房用黏弹剂支撑条件下用角膜剪完成植孔。对轻微虹膜损伤可不处理，如果必要，可用10－0尼龙线进行虹膜成形术。对晶体透明者，术前要充分缩瞳。对已发生晶体损伤者，视情况行囊外摘除和人工晶体植入手术。对发生晶体脱位者，视严重程度二期处理或囊内晶体摘除联合前段玻璃体切除术。
5．出血 除血管化角膜出血外，手术器械误伤虹膜或分离虹膜粘连也可造成虹膜出血，但多能很快止血。对严重角膜感染，在撕除虹膜表面渗出膜时常发生较多出血，可先用BSS液轻轻冲洗片刻，再用黏弹剂涂盖虹膜表面。最严重的是脉络膜暴发性出血，虽然少见，但在穿透性角膜移植手术中的发生率要高于其他内眼手术，一旦发生，眼内容物会被脉络膜上腔出血逼出眼外。因此必须立即缝合植片闭合创口。如果情况紧急，可用手指暂时封堵植孔，再换用临时人工角膜缝合固定于角膜植床上。闭合植孔同时，可行巩膜切开（距角膜缘5～15mm），切口要足够大（甚至4个象限均做切开），使脉络膜上腔血液能顺利引流，以缓解其对眼内组织的压力。待出血停止后再择期行玻璃体手术。
6．眼眶压或眼压增高 会造成虹膜和晶体前移，使角膜植片缝合困难。常见原因包括麻醉不充分、球后出血、开睑方式不当等。术前给予静脉滴注甘露醇等高渗剂、充分缩瞳、眼球加压软化等，能有效预防和控制术中眼眶压或眼压的增高。手术开始时，如发现麻醉不充分，可给予补充麻醉。
7．植片损伤或丢失 罕见。在放置植片时要用黏弹剂保护好，防止干燥。在移动植片时也要加倍小心。如果没有备用植片，只好将取下的自体角膜片再缝回原位。
8．缝线放置不当 缝线放置不当会造成创口漏水、散光、创口愈合不良等问题。间断缝线常发生的问题是方向偏斜（非放射状）、跨度不均、深浅不一、张力不均等。必要时个别缝线可拆除重新缝合。连续缝合偶有断线发生，可在线头长端接线。初学者最好事先用双针，如一头断线，用另一端缝针从反方向缝合。
9．创口漏水 植片缝合固定并用BSS冲洗前房后，应仔细检查创口有无漏水。缝线过深穿过角膜全层使针孔处可渗水，多不用处理而自行闭合。创口漏水可适当加密缝合。但如果是因为组织缺损或瘢痕收缩等使创口闭合不严，通过过紧的缝线闭合创口会产生明显的散光。必要时可向前房注入空气泡。
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