殖民统治的开始

达·伽马回来的6个月后，葡萄牙国王又派遣了另外一支由佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔领导的追踪探险队前往印度。卡布拉尔如期到达印度，途中还发现了巴西（虽然有些历史学家认为其他葡萄牙探险家可能在此前很早就发现了巴西）。同达·伽马一样，他们也载着大批香料返回葡萄牙。但是卡布拉尔的有些船员在卡利卡特被杀害，因此，1502年国王又派遣瓦斯科·达·伽马率领一支有20条航船的舰队去那里执行讨伐使命。

达·伽马在这次探险中的行为极其残忍。

1524年9月，印度马拉巴的人民，个个脸都绷得紧紧的，人们既愤怒而又恐惧，这是因为新上任的葡萄牙总督名叫达·伽马，这是一个心狠手辣的家伙，对于他的残忍，印度人民早就领教过了。还是在20年前，1502年10月的一天，从麦加开来一艘大船，船上装满了货物，还有400余名旅客，有男的，有女的，有老人，有小孩。身为葡萄牙的海军上将，达·伽马立即指挥海军将货船截住，他们像强盗一样，把所有的货物抢了过来。但是，他们比强盗还凶狠，他们把连水手在内的船上400多人，反锁在船舱里，点上一把火，一个不剩地烧死在海里，那焦臭味，随风飘了几百里。连达·伽马手下的一个军官，看到这惨象，也不寒而栗地说：“我一生永远忘不了这一天。”然而达·伽马却对着大海狂笑起来。据一名葡萄牙目击者叙述：“……在持续了长时间的战斗之后，司令以残暴和最无人性的手段烧毁了那只船，烧死了船上所有的人。”达·伽马几乎以杀人为快，时隔不久，在卡利卡特，因为这里的阿拉伯人不肯向他屈服，他便出动武装，将近千名阿拉伯人逮捕，一一割耳断手，然后将这些人塞满一只船，将船推进海里，任凭它在海上漂荡，最终葬入鱼腹。达·伽马以此为乐趣。这就是达·伽马在印度人民心目中留下的印象。

船队途经基尔瓦时，达·伽马背信弃义把该国国王埃米尔扣押到自己的船上，威胁埃米尔臣服葡萄牙并向葡萄牙国王进贡。到达印度的卡利卡特后，达·伽马又蛮横地要求扎莫林把所有的伊斯兰教徒都从这个城市驱逐出去。正当扎莫林犹豫不决之时，达·伽马就捕杀和致残了38名印度渔夫，并随后对这个城市狂轰滥炸。扎莫林虽极其愤怒，但却无可奈何，最后只得答应了达·伽马的要求。1503年2月，达·伽马满载着从印度西南海岸掠夺来的大量价值昂贵的香料，乘着印度洋的东北季风，率领13艘船返回葡萄牙，同年10月回到了里斯本。据说，达·伽马此次航行掠夺而来的东方珍品：香料、丝绸、宝石等其所得纯利竟超过第二次航行总费用的60倍以上。

由于达·伽马开辟印度新航路的成功，像葡萄牙这样一个人口当时仅为150万的小国竟囊括东大西洋、西太平洋、整个印度洋及其沿岸地区的贸易和殖民权力。由于新航路的发现，自16世纪初以来，葡萄牙首都里斯本很快成为西欧的海外贸易中心。葡萄牙、西班牙等国的商人、传教士、冒险家云集于此，从此起航去印度、去东方掠夺香料，掠夺珍宝，掠夺黄金。这条航道为西方殖民者掠夺东方财富而进行资本的原始积累带来了巨大的经济利益。无怪乎西方人直至400年后的1898年，仍念念不忘达·伽马对开辟印度新航道的贡献而举行纪念活动。

由于这些功绩，葡萄牙国王重赏达·伽马，授予他各种头衔，赠给他许多财产、津贴及其他奖项。1524年，达·伽马又被任命为印度副王。同年4月以葡属印度总督身份第三次赴印度。遗憾的是他到达印度几个月后，便一病不起，于1524年12月去世。后来他被重新安葬在里斯本附近。