2000多年来，精绝国掩埋在“死亡之海”中，它的辉煌和废弃一直是萦绕在人们心头的未解之谜。
当年的斯坦因闯入尼雅古城遗址时，眼前的一切，令他百思不得其解：在废弃的遗址中，当年的文书还完好的封存在屋内，储藏室里厚积的谷子还有橙黄的颜色，房厅屋宇的门还是关着的……时间看似停止，人们仿佛刚刚离开这里，一些文书藏在一个陶罐里边，就埋在自己的院子里沙子底下。似乎人们离开时还以为能够重新回来。那么，是什么原因导致了尼雅城能够像庞贝那样，在几千年后，还能给我们展示出最原始的风貌呢？又究竟发生了什么事，使得主人仓促间离开了这里，还抱着重返的念头？他们为什么并没有返回？
遗址出土的木简中曾反复提到苏毗人的侵略，称苏毗人性情悍勇，经常攻击精绝州，威胁着它的安全。可见，这里的战争是经常发生的。那么，是不是突如其来的战争使这片绿洲被废弃，使精绝人被迫迁徙到其他地方？
这种情况是可能的。但是，既然是有组织的撤退，为什么撤退了的人们没有带走重要的官方文书呢？而且，在尼雅遗迹中，没有任何战争痕迹，所有出土的古尸，都是平静而又安详的，大礼安葬，陪葬物丰富。他们的墓葬，尽显太平盛世的风貌。所有的房屋遗址，都是完整的。如何解释这不合理的一切呢？
也有人说，精绝可能是毁于自然条件的恶化，此说与楼兰古国消失于全球气候变化类似。由于西域的气候异常干燥，沙漠化的进程非常迅速，而其中的河流也经常改道或者消失。如果养育精绝州的尼雅河改变了流向，或者水量减少，如果风沙干扰了精绝人的生活，那么，精绝人确实可能放弃曾经世代生活的土地。
但是，现在人们并没有在尼雅遗址周围找到关于尼雅河大规模改道的证据，同时也并未在尼雅河上游发现任何人类聚居点的遗迹，没有多少证据能说明尼雅河突然断流，导致精绝王国覆灭。有学者反驳，即便是由于环境恶化，精绝举国迁移。可是，为什么没有开封的各类文书还整齐地放置在屋内墙壁旁？如果是因为环境的改变而搬迁，精绝人就更没有理由丢弃下官方的文件落荒而逃了。
人们试图继续寻找一切蛛丝马迹，考古学家在尼雅遗址的一所房子废墟中发现一只狗的遗骸。它的脖子上拴着绳子，绳子的另一端拴在柱子上。显然，主人离去时忘了解开绳子，这只狗活活饿死了。究竟发生了什么事，让主人匆匆离开，连爱犬的绳子都忘了解？或许，他以为一会儿就能回来，才没有考虑爱犬的生存问题？如果说精绝的居民真的集体迁徙了，他们究竟迁到了哪里？
难道几千精绝居民都在1600年以前的某一天突然同时消失了？这样的事情又是如何发生的？来历是谜，去向是谜。精绝国给人留下太多的疑惑和不解，不得不遗憾地说，也许，我们再也无法知道答案了。
近百年来，在塔里木盆地的瀚海大漠之中，人们发现了一个又一个的沙埋古城：
楼兰古城，位于古孔雀河下游，罗布泊干湖盆西岸。
伊循遗址（即米兰古堡），位于古米兰河下游。
汉且末古城，位于车尔臣河下游。
精绝古城（今尼雅遗址），位于尼雅河尾闾，北距今民丰县县城150公里。
玛利塔格古戎堡，位于和田河中游。
皮山国古城，距今皮山县城东北170公里处。
上述古城和古堡遗址在地图上显示的一条痕迹，就是古丝绸之路南道的大致走向和地理位置。
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