原子弹的制造并不在芝加哥实验室，而是在新墨西哥州的洛斯-阿拉莫斯，由后来被称为原子弹之父的奥本海默任实验室主任。第一批原子弹就是在“曼哈顿计划”下的洛斯-阿拉莫斯实验室完成的。奥本海默于1904年4月22日生于纽约，1925年毕业于哈佛大学，1927年在格丁根大学获博士学位。1929年至1942年在加利福尼亚大学以及加利福尼亚理工学院任教与做研究工作，1942年负责筹组了洛斯-阿拉莫斯实验室，成为美国第一批原子弹的主要技术负责人。
当时在芝加哥所谓的冶金实验室工作的一大批原子科学家们，那么努力地为做成反应堆，实现链式反应而忘我工作，其巨大的动力来自这样的信念：“在原子军备竞赛方面一定要赶过希特勒，只有比希特勒早掌握原子武器，才能制止希特勒使用原子武器。”他们相信，既然经过努力，在芝加哥能建立反应堆，则在德国的某个地方也一定早都有了。在1942年12月，芝加哥冶金实验室的原子科学家们中间，还传开了这样的谣言，说希特勒打算在圣诞节那天在美国某大城市进行一次空袭，投下的肯定不是普通的炸弹，会散布很多放射性微尘。这种谣言使得很多科学家也赶快把自己的家搬到乡下去，芝加哥的卫戍司令部的指挥部也开始在各地设置盖格计数器，准备来探测放射性。
但是，从谍报人员的了解中，终于明白了实际上德国人没有原子弹。
既然德国人没有原子弹，那么干吗还要做呢？这个问题同样困惑着美国的原子科学家们。在芝加哥冶金实验室里对这个问题讨论得很热烈，最后的结论是这样，他们要继续努力下去的理由是：“如果我们不设计这种武器，不向全世界指出原子弹的可怕性质的话，那么迟早会有一个不文明的大国不声不响地、在绝密的情况下制造这种武器。为了维护世界和平，至少让人们了解自己所处的境地。”
尼尔斯·玻尔，这个为原子弹的制造在理论上，以及在人才的聚集上都做了重要贡献的人，现在觉得反应堆的研究应该转向原子能的和平利用；他在一次会议上说：“人类需要新的能源，这种新的能源我们已经发现，而且也进行了研究。但我们要关心的是将来这种能源要用于和平的目的，而不是破坏的目的。”另外，玻尔觉得需要给美、英的首脑提一些重要的建议，认为在没有制造出原子弹以前或在还没有使用它以前，让当时世界上三个大国——美国、英国和苏联之间就原子能利用的总监督问题达成协议。意思是让大家把原子能用于和平目的，不要制造原子武器。
由于保密，不知美国总统罗斯福听了玻尔的建议后说了些什么，显然是没有同意玻尔的建议。据说英国首相丘吉尔在半个小时内沉默地听了玻尔的讲话后，突然站起来打断了玻尔的讲话，转身对他的科学顾问摇了摇头，向顾问说：“他（指玻尔）究竟说了些什么？是关于政治还是关于物理？”
大家还记得西拉德，那位为了促使美国制造原子弹而努力去找爱因斯坦写信给美国总统罗斯福的人，他参加芝加哥反应堆的试验，是费米的最得力的同事之一。他像《一千零一夜》中那个渔夫一样，想把那个被他放出的妖魔，在没有害人以前再重新装入瓶子。在1939年，他担心的是德国可能在美国之前做成原子弹，他为了此事去找爱因斯坦；五年以后，到1945年，他担心的是美国可能要用原子弹去轰炸别国，他又去找爱因斯坦。他要爱因斯坦又写信给美国总统罗斯福，连同西拉德的报告一起送给这美国最高领导人，企图对美国总统说明：“原子弹给美国带来的某种军事上的优势将由于政治上和战略上的严重损失而化为乌有。”
罗斯福总统同意他们的意见了吗？
可惜得很，虽然爱因斯坦的信与西拉德的报告都很有说服力，但罗斯福都没有看到，信和报告原封不动地放在总统的办公桌上，而罗斯福却在1945年4月12日突然逝世了。新任总统是杜鲁门。
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