这种审美情感并不是达到完美的高级程度的理论所产生的唯一反应。它也说服我们看见理论中的自然分类。
现在，首先要问，何谓自然分类？例如，博物学家在提出脊椎动物的自然分类时意味着什么？
他所设想的分类是一个不涉及具体个体，而涉及抽象、涉及种的智力操作群；这些种按群排列起来，较特殊的在较一般的之下。为了形成这些群，博物学家考虑各种器官——脊柱、头盖骨、心脏、消化道、肺、鳔，不是它们在每一个体中呈现的特殊的和具体的形式，而是对同一群中的所有种都适合的、抽象的、普遍的、图式的形式。在这些通过抽象而如此理想化的器官中，他进行比较，注意类似和差异；比如，他宣布鱼鳔类似于脊椎动物的肺。这些同源性是纯粹理想的关联，而不涉及实在的器官，而只涉及在博物学家心智中形成的概括的和简化的概念；分类只是概括所有这些比较的摘要表。
当动物学家断言这样的分类是自然分类时，他意指他的理性在抽象概念中建立起来的那些理想关联，对应于在他的抽象中汇集和包含的相关动物之间的实在关系。譬如，他意味着，他在形形色色的种之间注视到的或多或少显著的相似，恰当地讲，是组成这些种的个体之间的或多或少密切的血缘关系的指标；他通过阶梯瀑布似的东西表现纲、目、科、属的部类，从而产生系统树，各种脊椎动物在这棵树上从同一树干和树根伸出枝条。这些家族亲缘关系只能通过比较解剖确立；从本质上把握它们并厘清它们，是生理学家和古生物学家的职责。无论如何，当博物学家沉思他的比较方法把秩序引入混在一起的众多动物时，他无法断定这些关系，这种证明超越他的方法。如果生理学家和古生物学家有一天向他证明，他设想的关系不存在，进化论假设遭到反驳，那么他可能继续相信，他的分类勾画的蓝图描绘了动物之间的实在关系；他也许承认，他在这些关系的本性方面，而不是在它们的存在方面受到欺骗。
实验定律在物理学家创造的分类中找到它的位置的简洁方式，以及给予这个定律群以如此完美秩序的突出明晰性，以势不可当的方式劝诱我们，这样的秩序不是来自机灵的组织者强加在定律上的纯粹任意的群集的结果。在不能说明我们的确信，也无法摆脱它的情况下，我们在这一体系的精密秩序中看到借以辨认自然分类的标志。即便不要求说明潜藏在现象——我们把现象的定律群集在一起——之下的实在，我们也感到我们的理论确立的群集对应于事物本身之间的实在的亲缘关系。
在每一个理论中寻求说明的物理学家深信，它用光振动把握了我们感官以光和颜色的形式向我们揭示的质的恰当而密切的基础；他相信以太，认为其部分受到这种振动激励的物体处于急剧的往复运动之中。
当然，我们并不具有这些幻想。在光学理论课程中，当我们谈到光振动时，我们不再想象实在物体的实在往复运动；我们仅仅设想抽象的量，即纯粹的、几何学的表达。正是周期地变化的长度，帮助我们陈述光学假设，并通过规则的运算恢复支配光的实验定律。对我们的心智来说，这种振动是描述，而不是说明。
但是，在许多摸索之后，当我们成功地借助这种振动系统阐明了基本假设时，当我们在这些假设勾画的蓝图中看到此前以如此混乱的方式被如此之多的细节塞满的广大光学领域变得有秩序和有组织时，我们可以相信，这种秩序和组织是反映实在的秩序和组织的图像；用理论汇集在一起的现象，例如干涉带和层着色，实际上是光的同一性质的稍微不同的表现；被理论分开的现象，例如衍射光谱和色散光谱，有健全的理由断定实际上是本质不同的。
这样一来，物理学理论从未给我们以实验定律的说明；它从未揭示潜藏在可感觉的外观之下的实在；但是，它变得越完备，我们就越理解，理论用来使实验定律秩序化的逻辑秩序是本体论秩序的反映；我们就越是猜想，它在观察资料之间确立的关系对应于事物之间的实在关系； [12] 我们就越是感到，理论倾向于自然分类。
物理学家不能解释这一确信。供他使用的方法被局限于观察资料。因此，它不能证明，在实验定律之间建立的秩序反映超越经验的秩序；这更加是他的方法无法猜测与理论确立的关系对应的实在关系之本性的理由。
不过，尽管物理学家无力为这一确信辩护，但是他也无力使他的理性摆脱它。他徒劳地充满这样的观念：他的理论没有能力把握实在，它们仅仅有助于给实验定律以概要的和分类的描述。他无法强迫自己相信，能把在初次遇到的如此歧异的大量定律如此简单、如此方便地秩序化的体系，会是纯粹人为的体系。由于服从帕斯卡（Pascal）认为是“理性不了解”的心灵的那些理性之一的直觉，他断言他信仰随着时间的推移在他的理论中更清楚、更如实地反映出来的实在的秩序。
于是，对借以构造物理学理论的方法的分析，以十足的证据向我们证明，这些理论不能作为实验定律的说明提出；相反地，作为不能被这种分析辩护、同样不能被它挫败的信仰行为却使我们确信，这些理论不是纯粹人为的体系，而是自然分类。因此，我们在这里可以应用帕斯卡的深刻思想：“我们无能为力证明哪一个东西不能被任何教条主义战胜；我们拥有不能被任何皮朗（Pyrrhon）怀疑论战胜的真理的观念。”
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