Ⅰ型微卫星标记，即位于基因组外显子区域的简单重复序列，是微卫星标记（Microsatellite）中的重要成员。相比Ⅱ型微卫星标记而言（位于基因组内含子区简单重复序列），Ⅰ型微卫星除具有多态性高、共显性遗传、符合孟德尔分离方式等微卫星标记共有的优点外（李莉好等，2007），还具有其独特的、极具应用价值的特点：① Ⅰ型微卫星为功能基因提供直接的分子标记，其多态性能够更好地解释个体的性状差异（Chen et al，2001；Thiel et al，2003）；② Ⅰ型微卫星标记具有更好的种间通用性（Cordeiro et al，2001），利于标记的种间通用以及种间比较作图等研究；③ 在物种EST序列数据丰富的前提下，Ⅰ型微卫星发掘相对便捷。
为发掘三疣梭子蟹I型微卫星标记，本研究运用生物信息学方法，从NCBI数据库下载13985条EST序列，经过拼接获得2612条unigene。在上述unigene中共搜索到287个微卫星位点，表明三疣梭子蟹EST微卫星丰度为11.0%（287/2612）。核心序列为二核苷酸至六核苷酸，重复次数不少于五次，其中127个微卫星位点（44.3%）属于没有插入删除或错配的完美型微卫星位点。
三疣梭子蟹EST微卫星位点主要为二核苷酸重复序列，287个微卫星位点中共有173个位点为二核苷酸重复序列，占总数的60.3%；其次为三核苷酸重复序列，共有79个位点，占总数的27.5%；四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复序列则出现较少（图15）。微卫星位点核心序列重复次数的分析显示，大多数位点的重复次数为10～30，占总数的68.3%。随着重复次数的增高，位点数依次减少。平均重复次数为25次（图16）。在二核苷酸重复类型中，出现最多的是AC/GT类型，共有93个位点，占总数的53.8%；其次为AG/CT类型，共64个位点，占总数的37.0%；而AT与GC类型均较少出现（图17）。
图15 微卫星位点类型（核苷酸碱基数目）分布
图16 微卫星位点类型（重复次数）分布
选取14个完美型二核苷酸重复序列微卫星位点进行多态性检测，所选位点核心序列重复次数在11～67次之间。在三疣梭子蟹胶洲湾野生群体（30只）中的多态性检测结果显示9个座位获得清晰扩增条带，其中8个座位呈现多态性，占检测位点总数的57.1%。8个多态性位点在测试群体中共检测到33个等位基因，位点平均等位基因数为4.13。这些多态性位点的平均多态信息含量（PIC）、平均遗传杂合度（H）和平均有效等位基因数（Ne）分别为0.57、0.63和3.1，其中6个位点的PIC值都大于0.5，呈现高度多态性特征。利用spss13.0软件对所选位点核心序列重复次数和PIC值进行相关性分析，结果显示所选位点核心序列重复次数与PIC值不存在相关性（P . 0.05）。
图17 二核苷酸型微卫星位点碱基类型分布
（作者：李晓萍，宋来鹏，吕建建，刘萍，李健，高保全，刘振辉，宋协法）
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