某些情况下，不应鼓励母亲们进行母乳喂养。这些情况包括：
● 新生儿半乳糖血症（先天性不具有代谢半乳糖——乳糖的一种组成成分的能力）。
● 对婴儿有致命危险的严重的母体感染，如痰培养结核杆菌阳性。人类T淋巴细胞相关性病毒感染以及乳房上活性态的单纯性疱疹也是母乳喂养的禁忌。在美国和其他工业国家，人类免疫缺陷病毒（HIV）阳性的女性不适合母乳喂养，因为乳汁中含有该病毒。然而在发展中国家，这个问题相对要复杂得多。母乳抗感染的特性可以保护婴儿免受高病死率的腹泻和呼吸道感染的侵袭，这一点比经母乳喂养传播HIV的危险更为重要。
● 母体所需的一些可以经乳汁分泌的特定药物会对婴儿产生有害影响（for an extensive listing of specific drugs，详见Lawrence & Lawrence，1999）。
● 母亲不愿意母乳喂养。
在某些特殊的疾病状况下，只要有保健人员的仔细监督，都容许母乳喂养：
● 婴儿患有苯丙酮尿症（PKU）：人类乳汁中苯丙氨酸含量相对较少，当苯丙氨酸水平被密切监测时，许多PKU婴儿都能够接受完全的或部分的母乳喂养。
● 严重的“哺乳性黄疸”（血清胆红素浓度达到20mg/dl）：人乳中含有可抑制胆红素结合和排泄的抑制因子，因此对于一些严重的高胆红素血症，儿科医师可能会建议暂时停止母乳喂养。在接受12～24h的配方奶喂养后，胆红素通常会降低，可继续母乳喂养。这种情况下需要告诉母亲：她们的乳汁对婴儿并无危害，且在母乳喂养被暂时停止期间需要借助吸奶器将乳汁排净。
● 乙型肝炎：对于乙肝携带者，只要她们的婴儿在出生时接种了乙肝免疫球蛋白，并在出院前进行了乙肝疫苗接种，她们便可以进行母乳喂养。
一些特定的食物和生活方式对于哺乳的成功或婴儿的健康不利。
● 酗酒和滥用药物：母亲在哺乳期间饮酒会损害她们的射乳反射。除此之外，酒精及其他药物可经母乳分泌。对于母体饮酒是否对婴儿的运动发育有害，一直都有争议。如果女性选择在哺乳期饮酒，那么她最好将酒的饮用量限制在每天不超过1份，尤其不要每天都饮酒。药物的滥用，包括苯异丙胺、可卡因、海洛因、大麻以及盐酸苯环利定（安琪儿粉）都应当在哺乳期被避免。
● 咖啡和咖啡因：每天饮用3杯或更多量的咖啡的女性乳汁中铁的含量比每天饮用不超过3杯的母亲大约低1/3。母亲摄入的咖啡因中仅有1%可进入乳汁，但是婴儿却不能与成人一样有效地代谢及排泄咖啡因。已经注意到一些其母亲摄入咖啡因的婴儿易兴奋且有失眠症，而明显具有这些症状的母亲应当被建议将她们所摄入的来自咖啡、茶、巧克力、软饮料以及非处方药物的咖啡因的量限制在每天300mg以内。
● 吸烟：吸烟应当被禁止。尼古丁会出现在乳汁中，但是对婴儿的主要危险来自“被动吸烟”——在家庭环境中暴露于烟草污染物下。这会增加患哮喘和其他呼吸系统疾病的危险。
● 食物中的抗原类物质：当有特应性疾病（一种过敏反应，有可能是遗传性的；以哮喘、枯草热或因暴露于特殊的抗原类物质而产生的荨麻疹）家族史时，有证据（Kramer and Kakuma，2003）证明哺乳母亲避免摄入抗原类食物可减少她们的婴儿患特异性疾病的危险。一些常见的抗原类食物包括花生、坚果、牛奶、鸡蛋和贝类。
● 辛辣的和“产气”食物：有时候哺乳期妇女会被告知要避免“产气的食物”，如洋葱、卷心菜、豆荚类、巧克力以及辛辣食物。该种理论没有什么依据。极个别的母亲会发现她摄入的一些食物与她的婴儿出现皮疹、腹泻或烦躁有相关性。从她的饮食中避食这些食物便可以轻易解决这个问题。
● 鱼体内的二甲基汞：详见前面“妊娠”部分所讨论过的建议。
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