在昆明期间，梅贻琦仍像在北平清华时一样忙于校务，但他的心情是很不平静的，时常忧愤山河沦陷，思念亲朋故旧和他付出了心血的清华园。1944年3月，他得知老母病故于北平，无法奔丧，十分悲痛。他一生不喜以诗文抒发感情，只是作作演讲，因此留下的文字很少。1941年梅贻琦五十三岁生日，顾毓琇提笔写了一首贺诗:
天南地北坐春风，设帐清华教大同。
淡泊高明宁静志，雍容肃穆蔼和衷。
诲人自有宗师乐，格物原参造物功。
立雪门墙终未足，昆池为酒寿高松。
梅贻琦随即与顾诗唱和道:
敢言程雪与春风，困学微忱今昔同。
廿载切磋心有愧，五年漂泊泪由衷。
英才自是骅骝种，佳果非缘老圃功。
回忆园中好风景，堂前古月照孤松。
梅贻琦极为重视学生的思想品德教育，他曾说:“教授责任不尽在指导学生如何读书，如何研究学问。凡能领学生做学问的教授，也能指导学生如何做人，因为求学与做人是两相联的。凡能真诚努力做学问的，他们做人亦必不取巧、不偷懒、不作伪，故其学问事业终有成就。”
一次梅贻琦和闻一多、吴晗等教授晚饭后在潘光旦家中谈论政局及校局颇久，至夜间十二点始散。梅贻琦在日记中写道:“余对政治无深研究，于共产主义亦无大认识，但颇怀疑;对于校局则以为应追随蔡孑民(元培)先生兼容并包之态度，以恪尽学术自由之使命。昔日之所谓新旧，今日之所谓左右，其在学校，应均予以自由探讨之机会，情况正同。此昔日北大之所以为北大，而将来清华之为清华，正应于此主义也。”
西南联大的校训是“刚毅坚卓”，突出了严格的科学作风和一丝不苟的治学精神。教师们的敬业精神是有口皆碑的。闻一多每天在昏暗的油灯下备课至深夜，他讲《楚辞》时，手执四易其稿的《天问疏证》逐字讲解。朱自清开设的新课文辞研究，开始时尽管只有一名学生选修，他仍按时授课。沈从文教授各种体裁的文章写作，从不命题，无论学生写什么，他都一一认真评改，有时一篇批文达三四百字。潘光旦右腿膝盖以下截肢，行动不便，每次上课都是雇人抬到课堂为学生上课。冯友兰爱穿长袍马褂，虽略有口吃，但他讲课从来不看讲稿。
曾在联大就读的杨振宁深有感触地说:“西南联大物理系那时的教师阵容非常强，西南联大的教学风气非常认真。我们那时候所念的课，一般老师准备得很好，学生习题做得很多。”
梅贻琦一向认为:一所高水平的大学，仅有大师是不够的，还必须有浓郁的学术氛围和高质量的学术成果。1941年至1945年，国民政府教育部连续举办的五次学术评奖中，西南联大获奖项目占总数的40%多，涵盖文理法工各科。文法商三科发表学术论文上千篇，出版学术专著百余部。
陈寅恪、闻一多、朱自清、钱穆、冯友兰、贺麟、金岳霖等是公认的学术大师。陈省身的微分几何、华罗庚的堆垒素数论、吴大猷的多元分子镇谱和结构、吴有训的X射线、赵九章的大气涡漩运动、赵忠尧的中子同位素研究或达到当时的国际领先水平，或为后来的重大成就打下了坚实基础。
西南联大在八年抗战期间，毕业2522人，其中后来蜚声国际的科学家与国内知名专家学者，较之国内其他大学都多。北大、南开、清华三校虽有不同的历史和学风，而八年合作无间，取长补短，相得益彰。梅贻琦以集思广益、兼容并包之精神，内创学术自由之环境，外树民主堡垒之称号，卓有成效地完成了战时教育的使命。
陈岱孙在《国立西南联合大学校史》序中写道:“回顾一下，不久人们就不得不承认西南联大，在其存在的九年中，不只是形式上弦歌不辍，而且是在极其艰苦的条件下，为国家培养出一代的国内外知名学者和众多建国所需要的优秀人才。西南联大，这所其实体虽然今日已不复存在的大学，但其名字所以能载入史册，其事迹所以值得人们纪念者，实源于此。”
冯友兰撰写的《国立西南联合大学纪念碑》文曰:“联合大学之始终，岂非一代之盛事，旷百世而难遇者哉!”清华在昆明举办校庆时，张伯苓自重庆来电称，清华与南开是“通家之好”，因为梅贻琦是南开中学第一届学生。冯友兰说北大清华更是通家之好，北大文学院院长胡适是清华人，而自己这个清华文学院的院长又出自北大。梅贻琦说三校有九年共患难的历史，过去休戚相关，现在休戚相关，将来也要休戚相关。
梅贻琦执掌清华大学和西南联大期间，出的人才特别多，涌现了一大批卓尔不群的学术大师和享有国际声望的著名科学家。我国现代文、理、法、工、农各门类独立的科学技术的创建人、奠基人许多都产生或会集于清华和西南联大。如陈寅恪、朱自清、闻一多、赵元任、王力、郑天挺、冯友兰、金岳霖、贺麟、陈达、潘光旦、肖公权、钱端升、陈岱孙、熊庆来、杨武之、吴有训、周培源、叶企孙、任之恭、赵九章、翁文灏、袁复礼、顾毓琇、杨石先，以及钱三强、钱学森、钱伟长、华罗庚、陈省身、王竹溪、王铁崖、杨振宁、李政道、李远哲等。可谓英才济济，灿若星河。
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