2007年，李连杰先生与中国红十字总会合作设立“中国红十字会李连杰壹基金计划”，以独立运作的慈善计划和专案的形式在中国大陆开展公益事业。[137]2008年10月，为了保证公益项目更高效的实施，在中国红十字总会、上海市民政局等多方主管机构的指导和支持下，上海李连杰壹基金公益基金会以私募基金会的形式注册成立。作为“中国红十字会李连杰壹基金计划”的执行机构，上海李连杰壹基金公益基金会严格按照《基金会管理条例》开展各项业务活动，向“中国红十字会李连杰壹基金计划”进行专项的汇报与结算，并接受年度审计。2010年12月3日，深圳壹基金公益基金会在深圳市民政局的大力支持下正式注册成立，拥有独立从事公募活动的法律资格。“中国红十字会李连杰壹基金计划”及“上海李连杰壹基金公益基金会”已清算注销，其项目、资金及工作人员已由深圳壹基金公益基金会承接。2011年1月11日深圳壹基金公益基金会举行揭牌仪式，宣布深圳壹基金正式成立，此举标志着壹基金成为具备独立的法人资格、公募资格的基金会。据悉，这是国家民政部门积极推进社会慈善管理体制改革创新，大力支持社会公益慈善事业发展的重要举措。
然而，壹基金的公募基金之路并不一帆风顺。尽管在2008年后多次的灾难中筹款过亿，壹基金领导层始终担心，因缺乏独立的财务和项目系统，无法满足捐赠人对捐款去向等的信息要求。[138]于是，他们决定走上“独立之路”。中国政府对涉及不特定公众募款的社会组织的注册管理较为严格，法律要求公募基金会在提起注册申请前，先确认一家有政府背景的业务主管单位。现实中如果申请机构的发起单位（个人）缺少政府背景，往往会难以获得有业务主管资质单位的接纳。民间机构在民政部发起申请注册公募基金会，30多年来并无先例。李连杰最高曾拜会到全国政协的官员，马云曾专程在海南的酒店为壹基金组织研讨会；冯仑和王石在北京亦动用了影响力。2010年初，时任的7位企业家理事都已在申请文书上签字。这就是如今理事会和发起单位结构的最早源头。这份文件送往民政部后，没有获得正式答复。不久李连杰公开说，“壹基金因身份危机可能中止”。最终，深圳市2010年末从民政部获得了“先行先试”授权，壹基金才得以公募基金会的名义在当地注册。杨鹏等特意向主管单位的负责人申请，邀请当地民政局官员出任监事会监事长，监督理事会和执行团队的工作。壹基金监事长、深圳市民间组织管理局局长马宏承认壹基金比较特殊，“我们并不要求在所有民间机构担任监事，事实上也没有这个精力。”
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